Locus 5907

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	18,634,129 – 18,634,226
Length	97
Max. P	0.963222

overview

Window 3

Location	18,634,129 – 18,634,226
Length	97
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	84.74
Mean single sequence MFE	-39.88
Consensus MFE	-22.80
Energy contribution	-22.68
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-3.48
Structure conservation index	0.57
SVM decision value	1.35
SVM RNA-class probability	0.945543
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18634129 97 + 20766785
AUCUG----------------UGUGUGUCGUAUCUGUGUUUUCGCCGCCAAACGUAUGGGUG--UUCUAGUGUAGGCAGGCGCAGAU-----ACACAGAUACAUUGCCCACAGAUACGUG
(((((----------------((.(((..((((((((((((((((((((..((...(((...--..)))..)).))).)))).))).-----))))))))))..))).)))))))..... ( -38.10)
>DroSec_CAF1 44798 97 + 1
AUCUG----------------UGUGCGUCGUAUCUGUGUUUUCGCCGCCAAACGUAUGGGUG--UUCUGGUGUAGGCAGGCGCAGAU-----ACACAGAUACAUUGCCCACAGAUACGUG
(((((----------------((.(((..((((((((((((((((((((.....(((.((..--..)).)))..))).)))).))).-----))))))))))..))).)))))))..... ( -41.30)
>DroSim_CAF1 41214 97 + 1
AUCUG----------------UGUGCGUCGUAUCUGUGUUUUCGCCGCCAAGUGUAUGGGUG--UUCUGGUGUAGGCAGGUGCAGAU-----ACACAGAUACAUUGCCCACAGAUACGUG
(((((----------------((.(((..((((((((((((((((((((...(((((.((..--..)).)))))))).)))).))).-----))))))))))..))).)))))))..... ( -39.80)
>DroEre_CAF1 47107 104 + 1
AUUUG--------------UGUGUGUGUCGUAUCUGUGUUUUCGCCGCCAAAUGUAUGGGUG--CUCUGGUGUAUGAAGGCACCGAUACGAUACAUAGAUACAUUGCCCACAGCUACGUG
...((--------------(.(((((((((((((.(((((((((.(((((...(((....))--)..)))))..))))))))).))))))))))))).))).......(((......))) ( -39.00)
>DroYak_CAF1 43715 115 + 1
AUCUGUGUACCAGAGUGUGUGUGUGUGUUGUAUCUGUGUUUUCGCCGCCAAAUGUAUGGGUGGGUUCUGGUGUAGGAAGGCACAGAU-----ACAAAGAUACAUUGCCCACAGAUACGUG
((((((((((....)))...((((((.((((((((((((((((..((((((((.((....)).))).)))))...))))))))))))-----))))..))))))....)))))))..... ( -41.20)
>consensus
AUCUG________________UGUGUGUCGUAUCUGUGUUUUCGCCGCCAAAUGUAUGGGUG__UUCUGGUGUAGGCAGGCGCAGAU_____ACACAGAUACAUUGCCCACAGAUACGUG
.....................((((.((.((((((((((......((((.........))))...(((.((((......)))))))......))))))))))...)).))))........ (-22.80 = -22.68 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	18,634,129 – 18,634,226
Length	97
Sequences	5
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	84.74
Mean single sequence MFE	-32.83
Consensus MFE	-19.20
Energy contribution	-19.40
Covariance contribution	0.20
Combinations/Pair	1.08
Mean z-score	-3.58
Structure conservation index	0.58
SVM decision value	1.55
SVM RNA-class probability	0.963222
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18634129 97 - 20766785
CACGUAUCUGUGGGCAAUGUAUCUGUGU-----AUCUGCGCCUGCCUACACUAGAA--CACCCAUACGUUUGGCGGCGAAAACACAGAUACGACACACA----------------CAGAU
.....(((((((.....(((((((((((-----.....((((.(((.......(((--(........)))))))))))...))))))))))).....))----------------))))) ( -35.41)
>DroSec_CAF1 44798 97 - 1
CACGUAUCUGUGGGCAAUGUAUCUGUGU-----AUCUGCGCCUGCCUACACCAGAA--CACCCAUACGUUUGGCGGCGAAAACACAGAUACGACGCACA----------------CAGAU
.....(((((((.((..(((((((((((-----.....((((.(((.......(((--(........)))))))))))...)))))))))))..)).))----------------))))) ( -38.11)
>DroSim_CAF1 41214 97 - 1
CACGUAUCUGUGGGCAAUGUAUCUGUGU-----AUCUGCACCUGCCUACACCAGAA--CACCCAUACACUUGGCGGCGAAAACACAGAUACGACGCACA----------------CAGAU
.....(((((((.((..(((((((((((-----.(.(((..(((.......)))..--..((((......))).)))).).)))))))))))..)).))----------------))))) ( -32.70)
>DroEre_CAF1 47107 104 - 1
CACGUAGCUGUGGGCAAUGUAUCUAUGUAUCGUAUCGGUGCCUUCAUACACCAGAG--CACCCAUACAUUUGGCGGCGAAAACACAGAUACGACACACACA--------------CAAAU
.((((.((.....)).)))).....(((.(((((((((((........))))...(--(..(((......)))..)).........))))))).)))....--------------..... ( -28.10)
>DroYak_CAF1 43715 115 - 1
CACGUAUCUGUGGGCAAUGUAUCUUUGU-----AUCUGUGCCUUCCUACACCAGAACCCACCCAUACAUUUGGCGGCGAAAACACAGAUACAACACACACACACACUCUGGUACACAGAU
.....(((((((..(..(((....((((-----(((((((..(((...(.(((((.............))))).)..)))..)))))))))))...)))..((.....)))..))))))) ( -29.82)
>consensus
CACGUAUCUGUGGGCAAUGUAUCUGUGU_____AUCUGCGCCUGCCUACACCAGAA__CACCCAUACAUUUGGCGGCGAAAACACAGAUACGACACACA________________CAGAU
........((((.(...(((((((((((..........((((......(....).......(((......))).))))...))))))))))).).))))..................... (-19.20 = -19.40 +   0.20)

alignment

secondary structure

dotplot

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:57:50 2006