Locus 5881

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,581,419 – 18,581,570
Length 151
Max. P 0.993095
window9441 window9442

overview

Window 1

Location 18,581,419 – 18,581,532
Length 113
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.03
Mean single sequence MFE -45.52
Consensus MFE -26.67
Energy contribution -26.65
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.29
Mean z-score -2.62
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 2.37
SVM RNA-class probability 0.993095
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18581419 113 - 20766785
AUGAGCAUCCUUGGCGGUCACCUGUGGCUGUGUGCACUUCAGGUGCACGUGAAGCAGUCGCGGA---GCUCCAAGGGCUGCUUAGAAUAAU-GCACAACUGAGGCGAAUUCCUAUCU
.(((((((((((((.(((...((((((((((((((((.....)))))).....)))))))))).---)))))))))).))))))((((..(-((.(......)))).))))...... ( -43.90)
>DroPse_CAF1 7142 109 - 1
AUGAGCGGCCCUUGCGUUCACCGGUAGCUGUGUGCACUUCAGGUACACGUGAAGCAGCUUCAGG---UGCGCUUGGGUCGCUUAGAACAAU-GCACAACUGAGGCAAAAUCUC----
.((((((((((..(((..((((...((((((...(((...........)))..))))))...))---)))))..))))))))))......(-((.(......)))).......---- ( -43.70)
>DroSim_CAF1 3321 113 - 1
AUGAGCAUCCUUGGCGGCCACCUGUGGCUGUGUGCACUCCAGGUGCACGUGAAGCAGUCGCGGG---GCUCCAAGGGCUGCUUAGAAUAAU-GCACAACUGAGGCGAAUUCCCAUUU
.(((((((((((((.((((.((.((((((((((((((.....)))))).....)))))))))))---)))))))))).))))))((((..(-((.(......)))).))))...... ( -49.40)
>DroMoj_CAF1 5426 111 - 1
AUGAGCACGCGCGGCGUCUGACC--GCCUGUGUGCACUCCAGGUGCACGUGAAGCAGCUGCGGGCAGCGUCCACGUGUUGCUUAGAACUAUAGCACUACUGAGACAGCUACCA----
.((((((((((.((((.(((.((--((((((((((((.....)))))).....))))..)))).))))).)).)))).))))))......((((............))))...---- ( -42.90)
>DroAna_CAF1 5627 106 - 1
AUGAGCACUCUUGGCGGCCACCUGUGGCUGUGUGCACUUCAGGUGCACGUGAAGCAGCUGCGGGU--GCUCCAGGGCGUGCUUAGACUAAU-GCACAACUGAGC-----UCCUA---
.(((((((((((((.(((.(((((..(((((((((((.....)))))).....)))))..)))))--))))))))).))))))).......-((........))-----.....--- ( -49.80)
>DroPer_CAF1 5290 109 - 1
AUGAGCGGCCCUUGCGUUCACCGGUAGCUGUGUGCACUUCAGGUACACGGGAAGCAGCUUCAGG---UGCGCUUGGGUCGCUUAGAACAAU-GCACAACUGAGGCAAAAUCUC----
.((((((((((..(((..((((.....((((((((.(....)))))))))((((...)))).))---)))))..))))))))))......(-((.(......)))).......---- ( -43.40)
>consensus
AUGAGCACCCUUGGCGGCCACCUGUGGCUGUGUGCACUUCAGGUGCACGUGAAGCAGCUGCGGG___GCUCCAAGGGUUGCUUAGAACAAU_GCACAACUGAGGCAAAUUCCC____
.((((((.(((..(.((...((((.((((((((((((.....)))))).....)))))).))))....)).)..))).))))))................................. (-26.67 = -26.65 +  -0.02)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 18,581,458 – 18,581,570
Length 112
Sequences 6
Columns 115
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.84
Mean single sequence MFE -45.28
Consensus MFE -27.53
Energy contribution -26.82
Covariance contribution -0.71
Combinations/Pair 1.52
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.61
SVM decision value 0.09
SVM RNA-class probability 0.580079
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18581458 112 - 20766785
AGGUUGUGCAGGGGUACAGAACAUGGCAUCAUGUGGCCAUGAGCAUCCUUGGCGGUCACCUGUGGCUGUGUGCACUUCAGGUGCACGUGAAGCAGUCGCGGA---GCUCCAAGGG
...((((((....))))))..((((((........)))))).....((((((.(((...((((((((((((((((.....)))))).....)))))))))).---))))))))). ( -47.90)
>DroVir_CAF1 5251 113 - 1
AUGUUGUGCAGGGGUACAGAACAUGGCAAAAUGUGGCCAUGAGCGUGCGUGACGUCUGCCC--GCCUGUGCGCACUCCAGGUGCGCGUUAAGCAGCUGCGGGUGGCGUCCACGAG
(((((((((....))))....((((((........))))))))))).(((((((((.((((--((((((((((((.....)))))).....))))..))))))))))).)))).. ( -51.50)
>DroPse_CAF1 7177 112 - 1
AUGUUGUGCAGGGGUACAGAACAUGGCAUUAUGUGGUCAUGAGCGGCCCUUGCGUUCACCGGUAGCUGUGUGCACUUCAGGUACACGUGAAGCAGCUUCAGG---UGCGCUUGGG
.......((((((((...(..((((((........))))))..).))))))))((.((((...((((((...(((...........)))..))))))...))---)).))..... ( -42.90)
>DroGri_CAF1 2669 113 - 1
AUGUUGUGCAGGGGUACGGAACAUGGCAAAAUGUGGCCAUGAGCAUCCUUGGUGUCUGCUC--CGCUCUGUGCACUCCAGGUGCAUGUUAAACGGCUGUGGGUGGCGUCCAUGUG
....((..(((((...((((.((((((........)))))).(((..(.....)..)))))--)))))))..))...((.(((.((((((..((....))..)))))).))).)) ( -37.00)
>DroMoj_CAF1 5462 113 - 1
AUGUUGUGCAGGGGUACAGAACAUGGCAUUAUGUGGCCAUGAGCACGCGCGGCGUCUGACC--GCCUGUGUGCACUCCAGGUGCACGUGAAGCAGCUGCGGGCAGCGUCCACGUG
.....(..(.(((((......((((((........)))))).(((((((.((((......)--)))))))))))))))..)..)(((((..((.((((....)))))).))))). ( -49.10)
>DroPer_CAF1 5325 112 - 1
AUGUUGUGCAGGGGUACAGAACAUGGCAUUAUGUGGUCAUGAGCGGCCCUUGCGUUCACCGGUAGCUGUGUGCACUUCAGGUACACGGGAAGCAGCUUCAGG---UGCGCUUGGG
..(((((((((((((...(..((((((........))))))..).)))))))).(((.((((((.(((.........))).))).))))))))))).(((((---....))))). ( -43.30)
>consensus
AUGUUGUGCAGGGGUACAGAACAUGGCAUUAUGUGGCCAUGAGCAUCCCUGGCGUCCACCC__GGCUGUGUGCACUCCAGGUGCACGUGAAGCAGCUGCGGG___CGUCCAUGGG
...((((((....))))))..((((((........)))))).........((((....(((..((((((((((((.....)))))).....))))))..)))...))))...... (-27.53 = -26.82 +  -0.71)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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