| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,544,508 – 18,544,598 |
| Length | 90 |
| Max. P | 0.586854 |
| Location | 18,544,508 – 18,544,598 |
|---|---|
| Length | 90 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 105 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.29 |
| Mean single sequence MFE | -26.99 |
| Consensus MFE | -18.87 |
| Energy contribution | -18.90 |
| Covariance contribution | 0.03 |
| Combinations/Pair | 1.16 |
| Mean z-score | -1.56 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | 0.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.586854 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18544508 90 + 20766785 ----------CCACUCC---UGGAAUGGUGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGCAGCUUCAGCU-- ----------......(---((((.(((((((((.(..((((((((.......))))))))..).))))).......)))).(((((....))))))))))..-- ( -24.01) >DroVir_CAF1 27447 88 + 1 -------C--UCCAGCCAGUGCGCUCUGCGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGUUUC----G---- -------(--(.(((((((......))).(((((.(..((((((((.......))))))))..).)))))............)))).)).......----.---- ( -20.60) >DroPse_CAF1 27161 91 + 1 -------G--CCCCGCC---UGGUCUGGUGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGUUGCCGGGGAU-- -------.--(((((((---......)))(((.....(.(((((((.((((((.(((((......)))))...)))))).))))))).).....)))))))..-- ( -32.30) >DroSec_CAF1 24511 90 + 1 ----------CCACUCC---UGGAAUGGUGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGCAGCUUCAGCU-- ----------......(---((((.(((((((((.(..((((((((.......))))))))..).))))).......)))).(((((....))))))))))..-- ( -24.01) >DroAna_CAF1 22385 102 + 1 CUCGAUCGCCCCGAUCC---UCGUCUGGUGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGCCGUUGCAGCUUC .......((((((((..---..))).)).))).......(((((((.((((((.(((((......)))))...)))))).)))))))((((((....)))))).. ( -28.70) >DroPer_CAF1 26160 91 + 1 -------G--CCCCGCC---UGGUCUGGUGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGUUGCCGGGGAU-- -------.--(((((((---......)))(((.....(.(((((((.((((((.(((((......)))))...)))))).))))))).).....)))))))..-- ( -32.30) >consensus _______G__CCCCGCC___UGGUCUGGUGGCUAGUUCAACAGCUUUAUUUAUGGGCUGUUUGGGUAGCUUAAAUAAAUCAAGUUGUAGUUGCUGCUGCAGCU__ ..........................((((((.....(.(((((((.((((((.(((((......)))))...)))))).))))))).)..))))))........ (-18.87 = -18.90 + 0.03)
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