Locus 5835

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,491,325 – 18,491,485
Length 160
Max. P 0.993868
window9350 window9351 window9352

overview

Window 0

Location 18,491,325 – 18,491,445
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 92.50
Mean single sequence MFE -59.90
Consensus MFE -53.81
Energy contribution -55.88
Covariance contribution 2.06
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.51
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 2.43
SVM RNA-class probability 0.993868
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18491325 120 - 20766785
GCACUGUCUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCGGACUAUCUGCAGAUGGCAUGGGUCAGCGUCUACAAUCGGGAGCAGUGCG
(((((((..(((..((..(((((((((((((......))))))))))(((..((((((((((.....)))))).((((....))))))))..)))...)))..))..)))..))))))). ( -62.80)
>DroSec_CAF1 9932 120 - 1
GCACUGUUUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCAGACCAUCUGCAGAUGGCAUGGGUCAGCGUCUACAAUCGGGAGCAGUGCG
((((((((((((..((..(((((((((((((......))))))))))(((((((((....))).))).(((..(((((....)))))..))))))...)))..))..)))))))))))). ( -67.60)
>DroEre_CAF1 15395 120 - 1
GCUCUGUCUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCAGACUACCUCCAGAUGACAUGGGUCAGCGUCUACAAUCGGAAGCAGUGCG
((.(((..((((..((..(((((((((((((......))))))))))(((((((((....))((((.....))))))))(((.......))))))...)))..))..))))..))).)). ( -56.50)
>DroYak_CAF1 17208 120 - 1
GCUAUGUUUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGCCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGUAGUCUGCCCGACUAUCUUCAACUGGUAUGGGUCAGUGUCUACAAUAGGGAGCAGUGCG
((..((((((((((....(.((((((((((((....)))))))))))).)....)))...((((.(((((((((((........)))).)))).)))...))))....)))))))..)). ( -52.70)
>consensus
GCACUGUCUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCAGACUAUCUGCAGAUGGCAUGGGUCAGCGUCUACAAUCGGGAGCAGUGCG
((((((((((((..((..(((((((((((((......))))))))))(((((((((....))).))).(((..(((((....)))))..))))))...)))..))..)))))))))))). (-53.81 = -55.88 +   2.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 18,491,365 – 18,491,485
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.56
Mean single sequence MFE -44.06
Consensus MFE -36.29
Energy contribution -38.48
Covariance contribution 2.19
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.39
Structure conservation index 0.82
SVM decision value 1.40
SVM RNA-class probability 0.950026
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18491365 120 + 20766785
CAGAUAGUCCGGCAGACUGCCGAAGCACCUGUCCCACCAGCUGCCCCACCAACUGGUGGAUCCCCAGCCGGAGACAGUGCACCACGAACCAUCGUCCGGUUCAUCCUCUGCUAUGCUGAU
((((((((.((((.....))))..((((.((((...((.((((..(((((....))))).....)))).)).)))))))).....(((((.......))))).......))))).))).. ( -44.60)
>DroSec_CAF1 9972 120 + 1
CAGAUGGUCUGGCAGACUGCCGAAGCACCUGUCCCACCAGCUGCCCCACCAACUGGUGGAUCCCCAGCCGGAAACAGUGCACCAGGAACCAUCGUCCGGCUCAUCCUCUGCUAUGCUGAU
.....(((.(((((((..(((...((((.(((....((.((((..(((((....))))).....)))).))..)))))))....(((.......))))))......))))))).)))... ( -40.60)
>DroEre_CAF1 15435 120 + 1
GAGGUAGUCUGGCAGACUGCCGAAGCACCUGUCCCACCAGCUGCCCCACCAACUGGUGGAUCCCCAGCCGGAGACAGAGCACAUGGUAUCAUCAUCCGGCUCAUCGUCUGCUAUGCUGAU
....((((.((((((((.((((..((..(((((...((.((((..(((((....))))).....)))).)).))))).))..(((((...))))).)))).....)))))))).)))).. ( -45.20)
>DroYak_CAF1 17248 120 + 1
AAGAUAGUCGGGCAGACUACCGAAGCACCUGUCCCACCAGCUGGCCCACCAACUGGUGGAUCCCCAGCCGGAAACAUAGCACCAGGAAUCAUCGUCCGGCACUUCGUCUGCUAGGCUGAU
....(((((.(((((((....((((........(((((((.(((....))).))))))).......((((((.......(.....)........)))))).))))))))))).))))).. ( -45.86)
>consensus
CAGAUAGUCUGGCAGACUGCCGAAGCACCUGUCCCACCAGCUGCCCCACCAACUGGUGGAUCCCCAGCCGGAAACAGAGCACCAGGAACCAUCGUCCGGCUCAUCCUCUGCUAUGCUGAU
....((((.((((((((.((((..((((.(((((((((((.((......)).))))))).(((......))))))))))).....(......)...)))).....)))))))).)))).. (-36.29 = -38.48 +   2.19)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 2

Location 18,491,365 – 18,491,485
Length 120
Sequences 4
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.56
Mean single sequence MFE -53.00
Consensus MFE -42.42
Energy contribution -43.30
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.18
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.99
SVM RNA-class probability 0.896798
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18491365 120 - 20766785
AUCAGCAUAGCAGAGGAUGAACCGGACGAUGGUUCGUGGUGCACUGUCUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCGGACUAUCUG
..(((.((((......((((((((.....)))))))).(..(.(((((((((((((....((((((....)))))).)))))))..)))))))..)((((((.....))))))))))))) ( -53.70)
>DroSec_CAF1 9972 120 - 1
AUCAGCAUAGCAGAGGAUGAGCCGGACGAUGGUUCCUGGUGCACUGUUUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCAGACCAUCUG
..........((((((..((((((.....))))))((((((.((((((.(((((((((....).)))))))).((((((.(((......))).)))))))))))).)))))).)).)))) ( -52.00)
>DroEre_CAF1 15435 120 - 1
AUCAGCAUAGCAGACGAUGAGCCGGAUGAUGAUACCAUGUGCUCUGUCUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCAGACUACCUC
.........((((((.....((((((..(((....)))(..(.(((((((((((((....((((((....)))))).)))))))..)))))))..))))))).))))))........... ( -50.80)
>DroYak_CAF1 17248 120 - 1
AUCAGCCUAGCAGACGAAGUGCCGGACGAUGAUUCCUGGUGCUAUGUUUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGCCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGUAGUCUGCCCGACUAUCUU
..(((((....(((((.((..((((..((....))))))..)).)))))..)))))(((.((((((((((((....)))))))))))).(((((((....))).)))))))......... ( -55.50)
>consensus
AUCAGCAUAGCAGACGAUGAGCCGGACGAUGAUUCCUGGUGCACUGUCUCCGGCUGGGGAUCCACCAGUUGGUGGGGCAGCUGGUGGGACAGGUGCUUCGGCAGUCUGCCAGACUAUCUG
.........((((((.....((((((.((....))...(..(.(((((((((((((....((((((....)))))).)))))))..)))))))..))))))).))))))........... (-42.42 = -43.30 +   0.88)

alignment

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