Locus 5809

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,402,888 – 18,403,005
Length 117
Max. P 0.698157
window9304

overview

Window 4

Location 18,402,888 – 18,403,005
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.96
Mean single sequence MFE -52.68
Consensus MFE -26.45
Energy contribution -26.93
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.35
SVM RNA-class probability 0.698157
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18402888 117 - 20766785
UCGCUGGAGGUUGACCUUCAGCAGGUGCGAGGACUUCACACC---GUCCGCGGUAAAUCCCCAGCCGGCGGCUGUGACCUGCUGAACAUCGUUGCCGCUGUCUGGCGGAAGGCAUACCGC
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>DroVir_CAF1 5912 120 - 1
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>DroGri_CAF1 6631 120 - 1
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>DroYak_CAF1 6116 117 - 1
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>DroMoj_CAF1 6340 120 - 1
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>DroPer_CAF1 6149 120 - 1
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>consensus
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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