Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,392,649 – 18,392,760 |
Length | 111 |
Max. P | 0.567735 |
Location | 18,392,649 – 18,392,760 |
---|---|
Length | 111 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.76 |
Mean single sequence MFE | -39.46 |
Consensus MFE | -26.32 |
Energy contribution | -26.72 |
Covariance contribution | 0.39 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.39 |
Structure conservation index | 0.67 |
SVM decision value | 0.07 |
SVM RNA-class probability | 0.567735 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18392649 111 + 20766785 CUA------CGGCUUUAU---UAAAUCCAUGCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAGCCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAGGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU ...------..(((((..---.((((((.........))))))(((((((...(((((((((..(((.....)))((((.....))))........))))))))).)))))))))))).. ( -43.00) >DroSec_CAF1 29431 111 + 1 CUA------CGCCUUUAU---UAAAUCCGUUCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAGCCGUCUCAGCUUUUCAGCCUGAAGGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU ...------.((((....---.(((((((.......)))))))(((((((...(((((((((..(((.....)))((((.....))))........))))))))).))))))))).)).. ( -45.70) >DroSim_CAF1 32179 111 + 1 CUA------CGCCUUUAU---UAAAUCCGUUCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAGCCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAGGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU ...------.((((....---.(((((((.......)))))))(((((((...(((((((((..(((.....)))((((.....))))........))))))))).))))))))).)).. ( -43.20) >DroEre_CAF1 30004 111 + 1 CUA------CGGCAUUAU---UAAAUCCAUGGUCCUCGGAUUUGGCCAGCAACCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAAGGGUGUAUCUCCGUCUAGACGCUGAGGUGAGUUGGCCAAGGCAU ...------..((.....---.((((((.........))))))(((((((...(..((((((......((((....))))........((....))))))))..).)))))))...)).. ( -34.80) >DroYak_CAF1 30127 111 + 1 CUA------CGGCAUUAU---UAAAUCCAUGGUCGUCGGAUUUGGCCAGCAACCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAACGGUGUGUCUCCGUCCAGACGCUGGGGUGAGUUGGCCAGGGCAU ...------(((((((((---.......))))).))))..((((((((((.(((((.((((.........)))).)))))((((((......))))))........)))))))))).... ( -37.60) >DroAna_CAF1 27713 120 + 1 CUAGACGCACCGCAUUUUGGCUGUUUGGAUUGUCGUCGGACUUGGCAAGCAACUUUCUUAGCUUCUCCGCCUGGAAAUUCGUCUCACCAUCCGGCCGUUGAGGGGCAUUAGACAGAGCGU ....((((.(((.....)))((((((((.((((((.......))))))............(((((((((.(((((..............))))).))..))))))).)))))))).)))) ( -32.44) >consensus CUA______CGGCAUUAU___UAAAUCCAUGCUCUUCGGAUUUGGCCAGCAACCGUCUCAGUUUUUCAGCCUGAAAGGGUGUGUCCCCAUCCAGACGCUGGGGCGAGUUGGCCAGAGCAU ......................................(.((((((((((...(((((((((......((((....))))..(((........)))))))))))).)))))))))).).. (-26.32 = -26.72 + 0.39)
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