Locus 5799

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,358,306 – 18,358,506
Length 200
Max. P 0.922080
window9287 window9288 window9289 window9290 window9291

overview

Window 7

Location 18,358,306 – 18,358,426
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.72
Mean single sequence MFE -38.77
Consensus MFE -21.83
Energy contribution -22.20
Covariance contribution 0.37
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -2.08
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.73
SVM RNA-class probability 0.834986
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18358306 120 - 20766785
AAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUUUGUCGUUCGGAUGUGGGCGAUAUUUGUGAUCUUCUGGAUUUUUGCCUUCUGCAUAAAGUUUUCG
...(((((((((...)))))))))...(((((..((((....(((..(((.(((..(((((((((....)))))))))..)))...)))..)))...))))...)))))........... ( -38.70)
>DroPse_CAF1 4322 120 - 1
AGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUGGACUGCAUCUGCCGCUCAGAUGUAGGCGACAUUUGCGAUCUCCUUGACUUUUGCCUGCUGCACAAGGUCUUUG
...(((((((((...)))))))))...(((((((.(((((.((...((((((((((((.....)))))))))((((...))))....)))..)).)))))..)))))))........... ( -41.40)
>DroGri_CAF1 3259 120 - 1
AGCUGCAAUCCAAUUUCGAUUGCAUUAUGCAGCAACAGAAAUUUCUCGAGUGCAUUUGUCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUUGUGAUCUGCUGGACUUUUGCCUGCUGCAUAGGAUCUUUG
...(((((((.......)))))))((((((((((...((((.(((..((..(((..(((((((((....)))))))))..)))..))....))).))))...))))))))))........ ( -42.40)
>DroWil_CAF1 2703 120 - 1
AAUUGGAAAAGAAUUUCGAUUGCAUUCUGCAACAAGAAAGAUUUCUUAAUUGCAUUUGUCGCUCAGAUGUGGGUGAUAUUUGUGAUCUUUUGGAUUUUUGCCUCUUGGACAAGGUCUUUG
......((((((.((((..((((.....))))...))))..........(..((..(((((((((....)))))))))..))..)))))))(((((((..((....))..)))))))... ( -29.80)
>DroMoj_CAF1 3457 120 - 1
AGCUGCAGACGAACUUCGACUGCGUUCUGCAGCAGCAGAAGUUUCUGGAGUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUUGCGAUCUGCUGGACUUUUGUCUGCUGCAUCGCAUCUUUG
.((.((((.((.....)).))))....(((((((((((((((((..(((.((((..((.((((((....)))))).))..)))).)))...))))))))).))))))))..))....... ( -49.50)
>DroAna_CAF1 3716 120 - 1
AACUCCAGAGCAACUUCGACUGCAUCCUGCAACAGCAACGCUUCCUCGAUUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGAUAUUUGUGAUCUGUUGGACUUCUGUUUGCUCCACAAGGUCUUCG
.......((((((..(((.(..(((((.(((...((((((......)).))))...))).....)))))..).)))...))))(((((..(((((........).))))..))))).)). ( -30.80)
>consensus
AACUGCAGACGAACUUCGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUCGAGUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUUGUGAUCUGCUGGACUUUUGCCUGCUGCACAAGGUCUUUG
...(((((.((.....)).)))))...(((((((...((((.(((..((.((((..((.((((((....)))))).))..)))).))....))).))))...)))))))........... (-21.83 = -22.20 +   0.37)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 8

Location 18,358,346 – 18,358,466
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.44
Mean single sequence MFE -43.21
Consensus MFE -20.23
Energy contribution -20.68
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.70
Structure conservation index 0.47
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.771293
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18358346 120 + 20766785
AAUAUCGCCCACAUCCGAACGACAAAUGCACUCAAGGAAGCGCUGCUGCUGCAGUAUGCAGUCAAAAUUCGACUGCAAUUGGAUAAGCAGCAGGCCAAUGGAGCGCUGCAUCAACUGCUU
.....((((((..(((...................))).((.((((((((.((((.(((((((.......)))))))))))....))))))))))...))).)))..(((.....))).. ( -39.01)
>DroVir_CAF1 2852 120 + 1
AAUGUCGCCCACAUCCGAGCGGCAGAUGCAGUCGAGAAACUUUUGCUGCUGCAUAAUGCAGUCGAAGUUGGCUUCGAGCUGAAUGAGCAGCAGUCCAAUGCAGCGCUGCAGCAGCUGUUU
..((((((.(......).))))))............((((....(((((((((...((((.((((((....))))))((((......)))).......))))....))))))))).)))) ( -44.30)
>DroPse_CAF1 4362 120 + 1
AAUGUCGCCUACAUCUGAGCGGCAGAUGCAGUCCAGAAAUCUCUGUUGCUGCAGAAUGCAGUCAAAGUUCGACUGCAACUGAACGAGCAGCAGCCCAAUGGACCGCUGCAUCAUCUGUUU
..(((((((.......).))))))(((((((((((.......((((((((.(((..(((((((.......))))))).)))....)))))))).....)))...))))))))........ ( -47.00)
>DroGri_CAF1 3299 120 + 1
AAUGUCGCCCACAUCCGAGCGACAAAUGCACUCGAGAAAUUUCUGUUGCUGCAUAAUGCAAUCGAAAUUGGAUUGCAGCUGCAUCAGGAGUAGUCCAAUGCAGCGUUGCAUCAAAUGCUU
..((((((.(......).))))))..((((.((....((((((.(((((........))))).)))))).)).))))(((((((..(((....))).)))))))...((((...)))).. ( -39.30)
>DroMoj_CAF1 3497 120 + 1
AAUGUCGCCCACAUCCGAGCGGCAGAUGCACUCCAGAAACUUCUGCUGCUGCAGAACGCAGUCGAAGUUCGUCUGCAGCUGCAGCAGCAGCAGCCCAAUGCAGCGCUGCAUCAGCUGUUU
..((((((.(......).))))))((((((((.((....((.((((((((((((...((((.((.....)).))))..)))))))))))).)).....)).))...))))))........ ( -52.20)
>DroAna_CAF1 3756 120 + 1
AAUAUCGCCCACAUCCGAGCGGCAGAUGCAAUCGAGGAAGCGUUGCUGUUGCAGGAUGCAGUCGAAGUUGCUCUGGAGUUGAAUAAGCAGCAGUGCUAUGGAGCGCUGAAUGACGUGCUU
......((.(.(((((..(((((((((((..........))))..))))))).)))))..((((..((((((.............))))))((((((....))))))...))))).)).. ( -37.42)
>consensus
AAUGUCGCCCACAUCCGAGCGGCAGAUGCACUCGAGAAACCUCUGCUGCUGCAGAAUGCAGUCGAAGUUCGACUGCAGCUGAAUAAGCAGCAGUCCAAUGCAGCGCUGCAUCAACUGCUU
..((((((.(......).)))))).(((((............((((((((.(((...((((.(.......).))))..)))....)))))))).............)))))......... (-20.23 = -20.68 +   0.45)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 18,358,346 – 18,358,466
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.44
Mean single sequence MFE -46.87
Consensus MFE -19.72
Energy contribution -21.31
Covariance contribution 1.59
Combinations/Pair 1.38
Mean z-score -3.46
Structure conservation index 0.42
SVM decision value 1.15
SVM RNA-class probability 0.922080
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18358346 120 - 20766785
AAGCAGUUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUUUGUCGUUCGGAUGUGGGCGAUAUU
..(((.....))).((((((....(((((((((((........(((((((((...)))))))))......)))))))).))).....))))))...(((((((((....))))))))).. ( -50.34)
>DroVir_CAF1 2852 120 - 1
AAACAGCUGCUGCAGCGCUGCAUUGGACUGCUGCUCAUUCAGCUCGAAGCCAACUUCGACUGCAUUAUGCAGCAGCAAAAGUUUCUCGACUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUU
.....((((((((((.((.(((......))).)).)...(((.((((((....))))))))).....))))))))).........(((.(..((((((.....))))))..).))).... ( -45.60)
>DroPse_CAF1 4362 120 - 1
AAACAGAUGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUGGACUGCAUCUGCCGCUCAGAUGUAGGCGACAUU
.....(((((.((((((((((...)))))))))))))))(((.(((((((((...)))))))))..)))..((..(((......)))..(((((((((.....)))))))))))...... ( -51.50)
>DroGri_CAF1 3299 120 - 1
AAGCAUUUGAUGCAACGCUGCAUUGGACUACUCCUGAUGCAGCUGCAAUCCAAUUUCGAUUGCAUUAUGCAGCAACAGAAAUUUCUCGAGUGCAUUUGUCGCUCGGAUGUGGGCGACAUU
..((((((((((((..(((((((((((....))).))))))))))))....((((((..((((........))))..))))))..))))))))...(((((((((....))))))))).. ( -48.50)
>DroMoj_CAF1 3497 120 - 1
AAACAGCUGAUGCAGCGCUGCAUUGGGCUGCUGCUGCUGCAGCUGCAGACGAACUUCGACUGCGUUCUGCAGCAGCAGAAGUUUCUGGAGUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUU
.....((.(((((...(((.((..(((((.((((((((((((.(((((.((.....)).)))))..)))))))))))).))))).)).)))))))).))((((((....))))))..... ( -55.80)
>DroAna_CAF1 3756 120 - 1
AAGCACGUCAUUCAGCGCUCCAUAGCACUGCUGCUUAUUCAACUCCAGAGCAACUUCGACUGCAUCCUGCAACAGCAACGCUUCCUCGAUUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGAUAUU
..(((.(((...(((.(((....))).))).(((((...........))))).....))))))....(((....)))........(((.(..((((((.....))))))..).))).... ( -29.50)
>consensus
AAACAGCUGAUGCAGCGCUCCAUUGGACUGCUGCUCAUUCAGCUGCAGUCCAACUUCGACUGCAUUCUGCAGCAGCAGAAAUUUCUCGAGUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUU
...((((((..((((((...........)))))).....))))))..........(((.((((((.(((.(((.(((((...............))))).)))))))))))).))).... (-19.72 = -21.31 +   1.59)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 18,358,386 – 18,358,506
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.94
Mean single sequence MFE -47.93
Consensus MFE -29.66
Energy contribution -30.05
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.49
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.59
SVM RNA-class probability 0.791655
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18358386 120 + 20766785
CGCUGCUGCUGCAGUAUGCAGUCAAAAUUCGACUGCAAUUGGAUAAGCAGCAGGCCAAUGGAGCGCUGCAUCAACUGCUUUCUGGGCAGGGGACCACACAGAGGCAAAGCGACUGAAUCC
((((((((((.((((.(((((((.......)))))))))))....))))))..(((..((..((...)).((..(((((.....)))))..)).....))..)))..))))......... ( -43.40)
>DroPse_CAF1 4402 120 + 1
CUCUGUUGCUGCAGAAUGCAGUCAAAGUUCGACUGCAACUGAACGAGCAGCAGCCCAAUGGACCGCUGCAUCAUCUGUUUGCGCGGCAGGGGGGCACACAGCGGAAGAGUGACUGCAUCG
(((((((((.(((((.(((((((.......))))))).......(((((((.(((....)).).))))).)).....))))))))))))))..((((((..(....).)))..))).... ( -46.40)
>DroEre_CAF1 8455 120 + 1
CGCUGCUGCUGCAGAAUGCAGUCAAAAUUCGACUGCAGUUGGAUAAGCAGCAGGCCAAUGGAGCGCUGCAUCACCUGUUUUCUGGGCAGGGACCCACACAGUGGCAAAUCGACUGAAUUC
..((((((((.(....(((((((.......)))))))....)...))))))))((((.(((..(.((((....((........)))))).)..))).....))))............... ( -43.90)
>DroYak_CAF1 8591 120 + 1
CGCUGUUGCUGCAGAAUGCAGUCAAAAUUCGACUGCAGUUGAAUGAGCAGCAGGCCAAUGGACCGCUGCAUGACCUGUUUUCUGGGCUGCGACCCACACAGGGGCAAAGCAACUGAAUUC
....((((((.(((((.(((((((..(((((((....)))))))..(((((.((((...)).))))))).))).)))).)))))...(((..(((.....)))))).))))))....... ( -44.20)
>DroMoj_CAF1 3537 120 + 1
UUCUGCUGCUGCAGAACGCAGUCGAAGUUCGUCUGCAGCUGCAGCAGCAGCAGCCCAAUGCAGCGCUGCAUCAGCUGUUUGCGUGGCAUCGGCUCGCAGAGCGGCAGCUGCACUGCAUCC
...(((((((((((...((((.((.....)).))))..)))))))))))((((.....(((((((((((.((.((.....))(((((....)).))).))))))).)))))))))).... ( -62.60)
>DroPer_CAF1 4419 120 + 1
CUCUGUUGCUGCAGAAUGCAGUCAAAGUUCGACUGCAACUGAACGAGCAGCAGCCCAAUGGACCGCUGCAUCAUCUGUUUGCGCGGCAGGGGGGCACACAGCGGGAGAGUGACUGCAUCU
.(((((....)))))(((((((((...(((..((((..(((......)))..((((....(.((((.(((.........))))))))....)))).....))))..)))))))))))).. ( -47.10)
>consensus
CGCUGCUGCUGCAGAAUGCAGUCAAAAUUCGACUGCAACUGAAUGAGCAGCAGCCCAAUGGACCGCUGCAUCACCUGUUUGCGGGGCAGGGGCCCACACAGCGGCAAAGCGACUGAAUCC
..((((((((.(((...((((((.......))))))..)))....))))))))..........(((((.....((((((.....))))))........)))))................. (-29.66 = -30.05 +   0.39)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 18,358,386 – 18,358,506
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.94
Mean single sequence MFE -47.45
Consensus MFE -24.76
Energy contribution -24.82
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.06
SVM RNA-class probability 0.565805
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18358386 120 - 20766785
GGAUUCAGUCGCUUUGCCUCUGUGUGGUCCCCUGCCCAGAAAGCAGUUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCG
((((((((..((((....((((.(..(....)..).))))))))..)))).((((((..((...))..))))))..))))...(((((((((...)))))))))..((((....)))).. ( -41.90)
>DroPse_CAF1 4402 120 - 1
CGAUGCAGUCACUCUUCCGCUGUGUGCCCCCCUGCCGCGCAAACAGAUGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAG
..(((((((((...(((.((((((.((......)))))((((...(((((.((((((((((...)))))))))))))))...))))))).)))...)))))))))((((......)))). ( -50.50)
>DroEre_CAF1 8455 120 - 1
GAAUUCAGUCGAUUUGCCACUGUGUGGGUCCCUGCCCAGAAAACAGGUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAACUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAGCAGCG
...............((((..(((((.(((((((.........)))).))).)).))).....))))((((((((........(((((((((...)))))))))......)))))))).. ( -40.34)
>DroYak_CAF1 8591 120 - 1
GAAUUCAGUUGCUUUGCCCCUGUGUGGGUCGCAGCCCAGAAAACAGGUCAUGCAGCGGUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUUCAACUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGCG
.......((((((..((.(((((.(((((....)))))....)))))....(((((((((....)))).))))).........(((((((((...)))))))))....)))))))).... ( -45.60)
>DroMoj_CAF1 3537 120 - 1
GGAUGCAGUGCAGCUGCCGCUCUGCGAGCCGAUGCCACGCAAACAGCUGAUGCAGCGCUGCAUUGGGCUGCUGCUGCUGCAGCUGCAGACGAACUUCGACUGCGUUCUGCAGCAGCAGAA
.((((((((((.((....(((.((((.((....))..))))...)))....)).))))))))))......((((((((((((.(((((.((.....)).)))))..)))))))))))).. ( -58.90)
>DroPer_CAF1 4419 120 - 1
AGAUGCAGUCACUCUCCCGCUGUGUGCCCCCCUGCCGCGCAAACAGAUGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAG
..(((((((((.......((((((.((......)))))((((...(((((.((((((((((...)))))))))))))))...))))))).......)))))))))((((......)))). ( -47.44)
>consensus
GGAUGCAGUCGCUCUGCCGCUGUGUGGGCCCCUGCCCAGAAAACAGAUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUUCAACUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAG
...................((((........((((..........((....((((((..((...))..))))))....))...(((((((((...)))))))))....))))..)))).. (-24.76 = -24.82 +   0.06)

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