Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,323,240 – 18,323,344 |
Length | 104 |
Max. P | 0.696464 |
Location | 18,323,240 – 18,323,344 |
---|---|
Length | 104 |
Sequences | 6 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.34 |
Mean single sequence MFE | -32.42 |
Consensus MFE | -26.09 |
Energy contribution | -26.23 |
Covariance contribution | 0.14 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.87 |
Structure conservation index | 0.80 |
SVM decision value | 0.34 |
SVM RNA-class probability | 0.696464 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18323240 104 - 20766785 AUCGGCUUUUGCUACUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGGGUGAAUUCGAUGUUUUCGGCGGAGAUAUCUGUACAAA----GAAAAAAAGGGUUAU---UA--UCG ...(((....)))((((((..(((..(((....)))..)))..)))))).(((((....(((((.(((((....))))).....----)))))...)))))..---..--... ( -31.30) >DroSec_CAF1 6941 107 - 1 AUCGGCUUUUGCUACUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGGGUGAAUUCGAUGUUUUCGGCGGAGAUAUCUGUGCAAC----AAGAAAAAGGGUUAA--AUGGCGCA ((((((....))(((((((..(((..(((....)))..)))..)))))))....)))).(((((.(((.((....)).)))...----..))))).(.(((..--..))).). ( -32.70) >DroSim_CAF1 6929 107 - 1 AUCGGCUUUUGCUACUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGGGUGAAUUCGAUGUUUUCGGCGGAGAUAUCUGUGCAAC----AAGAAAAAGGGUUAA--AUGGCGCA ((((((....))(((((((..(((..(((....)))..)))..)))))))....)))).(((((.(((.((....)).)))...----..))))).(.(((..--..))).). ( -32.70) >DroEre_CAF1 6943 111 - 1 AUCGGCUGUUGCUACUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGGUUGAAUUCGAUGUUUUCGGCGGAGAUAUCUGUGCAAUGGAAACGGAAAAUGGUUAA--AUAGCUGG ..((((((((...((((((..(((..(((....)))..)))..)))((((....))))((((((.(((.((....)).)))..((....)))))))))))..)--))))))). ( -37.30) >DroYak_CAF1 6996 107 - 1 AUCGGCUUUUGCUACUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGUGUGAAUUCGAUGUUUUCAGCGGAGAUAUCUGUGAAGU----ACGCAAAAUGGUUAA--GUAACUCA .(..(((((((((((.(((..(((..(((....)))..)))..))).)))........(((((((.((((....))))))))).----)))))))..)))..)--........ ( -29.70) >DroAna_CAF1 6704 108 - 1 AUUGGCUGUUGCUGUUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGGGUGAAUUCGAUGUAUUCGGAGGAUAUAUCUGGAAAAU----AGGACAUAUGU-UAUUAAGACAGUA ....((((((.((((((((..(((..(((....)))..)))..)))......(((((((((((.....)))))))).))).)))----))(((....))-).....)))))). ( -30.80) >consensus AUCGGCUUUUGCUACUCAGUUCGUCUGCGGAGACGUGAAUGGGUUGGGUGAAUUCGAUGUUUUCGGCGGAGAUAUCUGUGCAAU____AAGAAAAAGGGUUAA__AUAGCGCA ...(((((((..(((((((..(((..(((....)))..)))..))))))).....((((((((.....))))))))..................)))))))............ (-26.09 = -26.23 + 0.14)
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