Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,308,013 – 18,308,114 |
Length | 101 |
Max. P | 0.835897 |
Location | 18,308,013 – 18,308,114 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 109 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.64 |
Mean single sequence MFE | -32.34 |
Consensus MFE | -22.01 |
Energy contribution | -25.54 |
Covariance contribution | 3.53 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.96 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.73 |
SVM RNA-class probability | 0.835897 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18308013 101 + 20766785 CGGUCGUGGUCAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACUGGGUAAGAUUCUGGAGAUAACCA----AA-CCAUGACACACCAUUUCUCAAUUGCUAGC---AAGC ..((((((((((((....)))))...((((..(((..((((((.....))..))))..)))..)))----).-)))))))..............(((....)---)).. ( -33.40) >DroSec_CAF1 1241 101 + 1 CGGUCGUGGUCAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACUGGGUAAGAUUCUAGAGAUAACCA----AA-CCAGGAAACACCAUUUCUCAAUUGCUAGC---AAGC ((((((((((((((....)))))))))((((....)))))))))(((((......((((((..((.----..-...)).......))))))...)))))...---.... ( -29.80) >DroSim_CAF1 1231 101 + 1 CGGUCGUGGUCAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACUGGGUAAGGUUCUAGAGAUAACCA----AA-UCAGGACACACCAUUUCUCAAUUGCUAGC---AAGC ((((((((((((((....)))))))))((((....)))))))))(((...(((((.((........----..-)))))))..))).........(((....)---)).. ( -33.70) >DroEre_CAF1 1239 104 + 1 CGGUCGUGGACAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACUGGGUAAGAUUUUAGAGAUGCCCA----AA-CAACAUUAAAACAUUUCUCAGUUCCCAGUAACAAGC (((((((.((((((....)))).))....)))))))....((((((...((((..(((((((....----..-...........))))))).))))))))))....... ( -31.43) >DroYak_CAF1 1229 101 + 1 CGGUCGUGGUCAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACUGGGUAAGAUUCUAUAGAUUCCCA----AA-CAGUAAUACACCAUUUCUCGAUACCUUUU---AAGC ((((((((((((((....)))))))))((((....)))))))))((((.((.((....)).))...----..-..(.....)............))))....---.... ( -28.50) >DroAna_CAF1 1216 100 + 1 CGGUCGUGGCCAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACCGGGUAAGAU----GAGUGGCCCACUAAAAUCCGUGCCACUUUUCUCCUCAAUAUCUCUU---UU-- ((((((((..((((....))))..)))((((....)))))))))((..(((.----(((((((..((........))))))))).)))))............---..-- ( -37.20) >consensus CGGUCGUGGUCAGCGUGAGCUGAUCAUUGGCGAUCGUCAGACUGGGUAAGAUUCUAGAGAUAACCA____AA_CCAUGACACACCAUUUCUCAAUUGCUAGC___AAGC ((((((((((((((....)))))))))((((....)))))))))............((((............................))))................. (-22.01 = -25.54 + 3.53)
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