Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 18,263,214 – 18,263,319 |
Length | 105 |
Max. P | 0.615030 |
Location | 18,263,214 – 18,263,319 |
---|---|
Length | 105 |
Sequences | 6 |
Columns | 105 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.19 |
Mean single sequence MFE | -38.75 |
Consensus MFE | -28.97 |
Energy contribution | -29.17 |
Covariance contribution | 0.20 |
Combinations/Pair | 1.34 |
Mean z-score | -1.96 |
Structure conservation index | 0.75 |
SVM decision value | 0.17 |
SVM RNA-class probability | 0.615030 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18263214 105 + 20766785 CUACGUCACCGUCCAGGAUGUUCGUGCCAUUAUGGUCGUCCUGGGCGAAGUCGUAACCGAUGACGAUAUUAAGGAUAUCUGCCAAGCAGUCGAUAUGGAUGGCGA ...(((((((((((((((((..((((....))))..))))))))))...((((....))))(((((((((...))))))(((...)))))).....)).))))). ( -37.80) >DroSec_CAF1 60295 105 + 1 CUACGUCACCGUCCAGGAUGUGCGUGCCAUCAUGGUCGUCCUGGGCGAAGUCGUAACCGAUGACGAUAUUAAGGAUAUCUGCCAAGCAGUCGAUAUGGAUGGCGA ...(((((((((((((((((..((((....))))..))))))))))...((((....))))(((((((((...))))))(((...)))))).....)).))))). ( -37.60) >DroSim_CAF1 61768 105 + 1 CUACGUCACCGUCCAGGAUGUGCGUGCCAUCAUGGUCGUCCUGGGCGAAGUCGUAACCGAUGACGAUAUUAAGGAUAUCUGCCAAGCAGUCGAUAUGGAUGGCGA ...(((((((((((((((((..((((....))))..))))))))))...((((....))))(((((((((...))))))(((...)))))).....)).))))). ( -37.60) >DroEre_CAF1 62603 105 + 1 CUACGUCUCCGUCCAGGACCUGCGUGCCAUCAUGGUCGUCCUGGGCGAAGUCGUAACCGAUGAGGACAUUAAGGAUAUCUACCGAGCAGUCGACAUGGAUAACGA .((((.((.((((((((((...((((....))))...)))))))))).)).)))).((.(((..(((.....((.......)).....)))..)))))....... ( -34.60) >DroYak_CAF1 61548 105 + 1 CUACGUCUCCGUCCAGGAUGUGCGUGCCAUCAUGGUCGUCCUGGGCGAAGUCGUAACCGAUGACGACAUUAAGGACAUCUGCCGUGCCGUCGAUAUGGAUGGCGA ....((((.(((((((((((..((((....))))..)))))))))))..(((((........))))).....))))...((((((.((((....)))))))))). ( -43.00) >DroAna_CAF1 60503 105 + 1 CUAUAUCGGUACCCAGGACAUGCGUUCUACUAUGCAGGUCCUGGGCAUCGUUCUAACCGACGACGAAAUCAAUGACAUCUGCCGGGAGGUGGACGUCGACUGUGA .....(((...((((((((.(((((......))))).))))))))..(((((......))))))))..(((.((((.((..((....))..)).))))....))) ( -41.90) >consensus CUACGUCACCGUCCAGGAUGUGCGUGCCAUCAUGGUCGUCCUGGGCGAAGUCGUAACCGAUGACGAUAUUAAGGAUAUCUGCCAAGCAGUCGAUAUGGAUGGCGA ...(((((.(((((((((((..((((....))))..)))))))))))..(((((.....)))))..........(((((.((......)).)))))...))))). (-28.97 = -29.17 + 0.20)
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