Locus 5736

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,177,372 – 18,177,462
Length 90
Max. P 0.742155
window9183

overview

Window 3

Location 18,177,372 – 18,177,462
Length 90
Sequences 6
Columns 93
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.17
Mean single sequence MFE -34.63
Consensus MFE -19.69
Energy contribution -21.42
Covariance contribution 1.72
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.32
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.742155
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18177372 90 - 20766785
CUAUAACUAUGUGCAAACUACACACCUGUUGGAACCACUGUGGGUGGUUGUGGGGCUGGCUGCUC---CACGACAACCACUGGCGGUGGUCGU
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>DroPse_CAF1 2027 81 - 1
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>DroSec_CAF1 2711 90 - 1
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..........(((.......))).((....)).((((((((..(((((((((((((.....))))---)...))))))))..))))))))... ( -39.90)
>DroSim_CAF1 2714 90 - 1
CUAUAACUAUGUGCAAACUACACACCUGUUGGAACCACUGUGGGUGGUUGUGGGGCUGGCUGCUC---CACGACAACCACUGGCGGUGGUCGU
...((((..((((.......))))...))))((.(((((((.((((((((((((((.....))))---)...))))))))).))))))))).. ( -40.60)
>DroEre_CAF1 2675 90 - 1
CUGUAGCUACGUAUCAACUACACACCUGUUGGCACCACUGUGGGUGGUUGUGGGGCUGGCUGCUC---CACGACGACCACUGGCGGCGGUCGC
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>DroYak_CAF1 2766 90 - 1
CUAUAGCAAUGGAUAAACUACACACCUGUUGGAACCACUGUGGGUGGUUGUGGGACUGGCUGCUC---CACGACAACCACUGGCGGCGGUCUC
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>consensus
CUAUAACUAUGUGCAAACUACACACCUGUUGGAACCACUGUGGGUGGUUGUGGGGCUGGCUGCUC___CACGACAACCACUGGCGGCGGUCGU
........................((....)).(((.((((.(((((((((.((((.....)))......).))))))))).)))).)))... (-19.69 = -21.42 +   1.72)

alignment

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secondary structure

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