| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,167,377 – 18,167,497 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.881269 |
| Location | 18,167,377 – 18,167,497 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 74.78 |
| Mean single sequence MFE | -53.92 |
| Consensus MFE | -28.35 |
| Energy contribution | -31.83 |
| Covariance contribution | 3.48 |
| Combinations/Pair | 1.36 |
| Mean z-score | -1.94 |
| Structure conservation index | 0.53 |
| SVM decision value | 0.92 |
| SVM RNA-class probability | 0.881269 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18167377 120 + 20766785 GUGGUGACCCAGAUACCCGUCUACACCCUGAACGGAGUGGGGCCGGGCGCACAUCCACUGGCUGUGGGCUGCAAGCCGAUGAGGGUGAGGUGUCCGUCCUGCAGGGGCGAGGUCACCACC (((((((((..((((((......((((((.(.(((..((.((((.....((((.((...)).)))))))).))..))).).)))))).))))))(((((.....))))).))))))))). ( -60.20) >DroSim_CAF1 18240 120 + 1 GUGGUGACCCAGAUACCCGUCUACACCCUAAACGGAGUGGGGGCGGGCGCACUUCCGCUGGCUGUGGGCUCCAAGCCGAUGAGGGUGAGGUGUCCGUCCUGCAGGGGCGAGGUCACCACC (((((((((..((((((......((((((...(((..(((((((....))...(((((.....))))))))))..)))...)))))).))))))(((((.....))))).))))))))). ( -61.20) >DroEre_CAF1 11643 120 + 1 CUGGUGACCGAGAUACCCGUCUACACCCUGAACGCAUUGGGGGCGGAGUCACUUCCGCCGACUGUGGGCACCAAACCGAUGAGGGUGAGGUGUCUGGCCUGCAAGGGCGAGGUCACCACC .((((((((.((((((((((((((((((..........)))(((((((....)))))))...))))))).....(((......)))).))))))).((((....))))..)))))))).. ( -57.10) >DroYak_CAF1 10298 120 + 1 GAGGUGACCCAGAUACGCGUCUACACCCUGAACGCGGUGGGGGCGGGUGCACUGCCACCGACUGUGGGCACCAAGCCGGUGAGGGUGCGGUGUCCGUCCUGCAAGGGCGAGGUCACCACC ..(((((((..(((((((..((.((((.....((((((.(((((((.....))))).)).))))))(((.....))))))).))..)).)))))(((((.....))))).)))))))... ( -65.00) >DroAna_CAF1 9572 120 + 1 GUGGUGACCCAGAUACCAAUUUAUACCCUUAAUGGCGUCGGGUCGGGUGCAAUUCCGCUGACAGUUGGUUGUCAGUCGAUGAGGGUCCGGUGUCCAUCCUGCAAGGGUGAAGUGGAGACC .....(((((.((..(((..(((......))))))..)))))))((((.(...((.((((((((....)))))))).))...).))))(((.((((((((....)))....))))).))) ( -40.40) >DroPer_CAF1 12837 120 + 1 GUCGCGAACCAGCAACCUAUUUAUAAUCUCAAUCAGAUUGGGACAGGAGAUAGCUCGCUGAAAGUUGGCUGGCAGCCGAUGCAAGUUCGAUGUCCCUCCUGCCAAGGUGAGGUGCAGACC (((.(((((((((...((((((....(((((((...)))))))....))))))...))))...((((((.....))))))....))))).((..((((((.....)).))))..))))). ( -39.60) >consensus GUGGUGACCCAGAUACCCGUCUACACCCUGAACGGAGUGGGGGCGGGCGCACUUCCGCUGACUGUGGGCUCCAAGCCGAUGAGGGUGAGGUGUCCGUCCUGCAAGGGCGAGGUCACCACC (((((((((..((((((......((((((......((((((((........))))))))....((.(((.....))).)).)))))).))))))(((((.....))))).))))))))). (-28.35 = -31.83 + 3.48)
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