Locus 5728

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,153,338 – 18,153,451
Length 113
Max. P 0.999216
window9173 window9174

overview

Window 3

Location 18,153,338 – 18,153,451
Length 113
Sequences 5
Columns 113
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.94
Mean single sequence MFE -36.36
Consensus MFE -31.72
Energy contribution -32.60
Covariance contribution 0.88
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.85
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.963651
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18153338 113 + 20766785
CUGAUGUAUGCGAUUGGCCGCUCAAACGCCACGUAAUUGCUUCAAUCUGAGAGCCCCGCUAUAACCUACAAAGUGCCGCUGAUUAGCGGCAUCUUUUGCUGGCCUAGCGGUAC
.(((.(((((((..((((.........))))))))..))).)))...........((((((...((..((((((((((((....))))))))..))))..))..))))))... ( -35.60)
>DroSec_CAF1 629 113 + 1
UUGAUGAAUGCGAUUGGCCGCUCAAAUGCCACGUAAUUGCUUCAAUCUAAGAGCCCCGCUAUAACCUACAAAGUGCCGCUGAUUACCGGCAUCUUUUGCUGGCGUAGCGGUAC
..((((((.((((((((..((......))..).)))))))))).)))....(((...)))............(((((((((....((((((.....))))))..))))))))) ( -34.40)
>DroSim_CAF1 1817 113 + 1
CUGAUGAAUGCGAUUGGCCGCUCAAACGCCACGUAAUUGCUUCAAUCUGAGAGCCCCGCUAUAACCUACAAAGUGCCGCUGAUUAGCGGCAUCUUUUGCUGGCGUAGCGGUAC
..((((((.(((((((((.........))))....)))))))).)))........(((((((..((..((((((((((((....))))))))..))))..)).)))))))... ( -38.00)
>DroEre_CAF1 659 102 + 1
CUG---------AUUUGCCGCCCAAACGCCACGUAAUUGCUUCAAUCUGAGAGCCCCGCUACAACCGGAAAAGUGCCGCUAAUCAGCGGCAG--UUUGCUGGCGUAGCGGUAC
...---------...((((((....((((((.((....((((........)))).(((.......))).(((.(((((((....))))))).--))))))))))).)))))). ( -36.60)
>DroYak_CAF1 1923 113 + 1
CUGCUGAAUACGAUUGGCCGCUCAAACGCCACGUAAUUGCUUCAAUCUGAGAGAACCGCUAUAACCUACAAAGUGCCGCUAAUCAGCGGCAUCUUUUGCUGGCGUAGCGGUAA
..((....((((..((((.........))))))))...))..............((((((((..((..((((((((((((....))))))))..))))..)).)))))))).. ( -37.20)
>consensus
CUGAUGAAUGCGAUUGGCCGCUCAAACGCCACGUAAUUGCUUCAAUCUGAGAGCCCCGCUAUAACCUACAAAGUGCCGCUGAUUAGCGGCAUCUUUUGCUGGCGUAGCGGUAC
................((((((...((((((.((((..((((........))))..................((((((((....))))))))...)))))))))))))))).. (-31.72 = -32.60 +   0.88)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 18,153,338 – 18,153,451
Length 113
Sequences 5
Columns 113
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 88.94
Mean single sequence MFE -41.68
Consensus MFE -37.00
Energy contribution -37.36
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.60
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 3.44
SVM RNA-class probability 0.999216
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18153338 113 - 20766785
GUACCGCUAGGCCAGCAAAAGAUGCCGCUAAUCAGCGGCACUUUGUAGGUUAUAGCGGGGCUCUCAGAUUGAAGCAAUUACGUGGCGUUUGAGCGGCCAAUCGCAUACAUCAG
(((((((((((((.(((((.(.(((((((....))))))))))))).)))).))))))(((((((((((.(..((......))..)))))))).)))).......)))..... ( -46.30)
>DroSec_CAF1 629 113 - 1
GUACCGCUACGCCAGCAAAAGAUGCCGGUAAUCAGCGGCACUUUGUAGGUUAUAGCGGGGCUCUUAGAUUGAAGCAAUUACGUGGCAUUUGAGCGGCCAAUCGCAUUCAUCAA
((.((((((.(((.(((((.(.(((((........))))))))))).)))..))))))(((((((((((.(..((......))..)))))))).))))....))......... ( -38.00)
>DroSim_CAF1 1817 113 - 1
GUACCGCUACGCCAGCAAAAGAUGCCGCUAAUCAGCGGCACUUUGUAGGUUAUAGCGGGGCUCUCAGAUUGAAGCAAUUACGUGGCGUUUGAGCGGCCAAUCGCAUUCAUCAG
((.((((((.(((.(((((.(.(((((((....))))))))))))).)))..))))))(((((((((((.(..((......))..)))))))).))))....))......... ( -44.20)
>DroEre_CAF1 659 102 - 1
GUACCGCUACGCCAGCAAA--CUGCCGCUGAUUAGCGGCACUUUUCCGGUUGUAGCGGGGCUCUCAGAUUGAAGCAAUUACGUGGCGUUUGGGCGGCAAAU---------CAG
...((((((((((.(.(((--.(((((((....))))))).))).).)).)))))))).((((((((((.(..((......))..)))))))).)))....---------... ( -40.20)
>DroYak_CAF1 1923 113 - 1
UUACCGCUACGCCAGCAAAAGAUGCCGCUGAUUAGCGGCACUUUGUAGGUUAUAGCGGUUCUCUCAGAUUGAAGCAAUUACGUGGCGUUUGAGCGGCCAAUCGUAUUCAGCAG
..(((((((.(((.(((((.(.(((((((....))))))))))))).)))..)))))))..............((...((((((((((....)).))))..))))....)).. ( -39.70)
>consensus
GUACCGCUACGCCAGCAAAAGAUGCCGCUAAUCAGCGGCACUUUGUAGGUUAUAGCGGGGCUCUCAGAUUGAAGCAAUUACGUGGCGUUUGAGCGGCCAAUCGCAUUCAUCAG
...((((((.(((.(((((...(((((((....))))))).))))).)))..))))))(((((((((((.(..((......))..)))))))).))))............... (-37.00 = -37.36 +   0.36)

alignment

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