| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,119,573 – 18,119,693 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.700803 |
| Location | 18,119,573 – 18,119,693 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 77.28 |
| Mean single sequence MFE | -41.55 |
| Consensus MFE | -20.93 |
| Energy contribution | -21.80 |
| Covariance contribution | 0.87 |
| Combinations/Pair | 1.34 |
| Mean z-score | -1.96 |
| Structure conservation index | 0.50 |
| SVM decision value | 0.35 |
| SVM RNA-class probability | 0.700803 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18119573 120 + 20766785 UCCCACAUAAAUCUGACAAUGGGAUGUGGUCACUAUCACCGUUUCCUGUUUGUGGUCGAUGGCCAGAUUUAGAAUCUGGUACAUAUGCUCGGCAUACAGAUUCGUGGGCACCGUAAGGAU .(((((.(((((((.(((((((((..((((.......))))..))))).))))(((.....))))))))))(((((((.....(((((...)))))))))))))))))..((....)).. ( -42.60) >DroVir_CAF1 5860 120 + 1 GCCCACAUAGAUCUGGGCAUGGGCACAGGUGACAAUCACCGUCUCCUGCUUGUGAUCGAUGGCCAGAUUUGUGAUCUGAUAGAGGGGCUCUGCAUAUAUCGAGAUGGGCACCGUUAGCAC ((((.(((((((((((.(((.((((((((((((.......)))....))))))).)).))).)))))))))))((((((((.....((...))...)))).))))))))........... ( -47.20) >DroPse_CAF1 3558 120 + 1 GCCCACAUAGAUCUGGUCAUGGGUGGUGGUUACGAUCACCGUCUCCUGCUUGUGAUCGAUGGCCAGAUUGGUGAUCUGGUACAUGGGCUCAGCAUAGAGUGUGGUGGGAACGGUGAGGAU ...(((...(((((((((((.(((((((((....))))))((.....)).....))).))))))))))).)))((((..(((.((..((((.(((.....))).))))..))))).)))) ( -42.90) >DroGri_CAF1 6903 120 + 1 GCCCACAUAGAUCUGGGCAUGGGCGCAGGUCACAAUUACCGUCUCCUGUUUGUGAUCCACGGCCAGAUUGGUGAUCUGAUAGAGAGACUCAGCAUAGAUGCUGAUGGGCACCGUUAAGAC (((((....((((((.((....)).)))))).........((((((((((...((((....(((.....))))))).))))).)))))((((((....)))))))))))........... ( -46.10) >DroWil_CAF1 3387 120 + 1 GCCCACAUAGAUCUGGGCAUGAGCUGUGGUCACAAUUACCGUCUCCUGUUUAUGAUCAAUGGCCAGAUUACGUAUUUGAUACAUCGGCUCUGCAUACAGAUUAAUGGGCACAGUCAAAAC (((((....((((((.(((.((((((((((((.(((...(((...(((..(((.....)))..)))...))).))))))).)).)))))))))...))))))..)))))........... ( -37.10) >DroAna_CAF1 3648 120 + 1 GCCCACGUAGAUCUGAGAGUGAGCUGUCGUCACGAUCACCGUCUCCUGCUUGUGAUCUAUGGCCAGAUUCCGGAUCUGGUACUGCGGCUCUGAAUACAAAUUAGUCGGCACAGUUAAGAU (((.((...(((.((.....(((((((.((...((((((.((.....))..))))))....((((((((...)))))))))).)))))))......)).))).)).)))........... ( -33.40) >consensus GCCCACAUAGAUCUGGGCAUGGGCUGUGGUCACAAUCACCGUCUCCUGCUUGUGAUCGAUGGCCAGAUUGGGGAUCUGAUACAGAGGCUCUGCAUACAGAUUGAUGGGCACCGUUAAGAC ((((((((.((((((((((.((((.(((((....))))).).))).)))))).)))).)))..(((((.....)))))..........................)))))........... (-20.93 = -21.80 + 0.87)
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