Locus 5709

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 18,072,091 – 18,072,211
Length 120
Max. P 0.882050
window9143

overview

Window 3

Location 18,072,091 – 18,072,211
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.22
Mean single sequence MFE -49.54
Consensus MFE -41.68
Energy contribution -41.10
Covariance contribution -0.58
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.84
SVM decision value 0.92
SVM RNA-class probability 0.882050
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 18072091 120 - 20766785
GUGAGGCGGCGAUUGAGCGUUGCGUGGACACGCGCAUCUCGGAGGCCAUGCAGUGCAAGAUCUGCAUGGACCGCGCCAUCAACACAGUGUUCAAUCCGUGCUGUCACGUCAUCGCCUGCG
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>DroVir_CAF1 44088 120 - 1
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>DroGri_CAF1 37920 120 - 1
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>DroWil_CAF1 117669 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 52038 120 - 1
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>DroAna_CAF1 29750 120 - 1
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>consensus
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((((((((..((((((((((((.((.((..((((...........((((((((........))))))))..))))...)).)).))))))))))))..)))).))))............. (-41.68 = -41.10 +  -0.58)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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