| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 18,006,925 – 18,007,033 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.804632 |
| Location | 18,006,925 – 18,007,033 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 74.62 |
| Mean single sequence MFE | -58.37 |
| Consensus MFE | -22.74 |
| Energy contribution | -23.52 |
| Covariance contribution | 0.78 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -2.21 |
| Structure conservation index | 0.39 |
| SVM decision value | 0.63 |
| SVM RNA-class probability | 0.804632 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 18006925 108 - 20766785 AGGCGGUGGCGGCUGCAGUGCAGCAACAGCUGGCAGCCG---G------AGUGGGCUUGCCUCCAGGAGCUAUUGGUGCCGCUUCGG---CCAGUAGUCGAGGCUCCUUUGCCGCCGCCC .(((((((((((((((....((((....))))))))))(---(------((.(......)))))(((((((.(((((((.((....)---)..))).)))))))))))..))))))))). ( -60.00) >DroVir_CAF1 27471 114 - 1 AGGCAGUCGCCGCAGCUGUGCAGCAACAACUGGCGGGCGUGGG------CGUCGGAGUGCCUCCGGGCGCCAUCAAUGCAGCAUCAGCGGCCAGCGCGCGUGGCUCGUUUGCAGCUGCAC .(((....)))(((((((((((((.((..(((((..((((.((------((((((((...)))).))))))....)))).((....)).))))).....)).))).))..)))))))).. ( -53.20) >DroGri_CAF1 34001 120 - 1 AGGCCGUCGCUGCUGCAGUGCAACAGCAGCUGGCAGGCGUUGGAGUUGGUGUCGGAGUUCCACCCGGUGCUAUCAAUGCAGCAUCGGCGGCCAGUGCUCGUGGCUCAUUUGCCGCCGCAU .((((((((.(((((((..((..((((.(((....)))))))..))(((..((((........))))..)))....))))))).)))))))).((((..(((((......))))).)))) ( -59.90) >DroEre_CAF1 22359 108 - 1 AGGCGGUGGCGGCUGCAGUGCAGCAGCAACUGGCAGCCG---G------AGUGGGCUUGCCUCCAGGUGCUAUUGGUGCCGCAUCGG---CCAGUAGUCGCGGCUCCUUUGCUGCCGCCC .(((((..(((((((((((((....)).))).))))))(---(------(((.((((((....)))))(((((((..((((...)))---))))))))..).)))))...))..))))). ( -57.90) >DroYak_CAF1 19666 108 - 1 AGGCGGUGGCGGCUGCAGUGCAGCAGCAGCUGGCAGCCG---G------AGUGGGCUUGCCACCAGGAGCUAUUGGUGCCGCAUCGG---CCAGUAGUCGGGGCUCCUUUGCUGCCGCCC .(((((..(((((((((((((....))).)).))))))(---(------(((.((....)).((..((.((((((..((((...)))---))))))))).)))))))...))..))))). ( -57.60) >DroMoj_CAF1 26232 108 - 1 AGGCUGUAGCUGCCGCUGUGCAGCAGCAGCUGGCGGGCGUGGG------CG------UGCCACCGGGCGCCAUCAAUGCAGCCUCAGCGGCCAACGCACGCGGCUCAUUCGCCGCGGCGC .((((((((((((.(((....))).))))))(((..((((.((------((------(.(....).)))))....)))).)))...))))))..(((.((((((......))))))))). ( -61.60) >consensus AGGCGGUGGCGGCUGCAGUGCAGCAGCAGCUGGCAGCCG___G______AGUGGGCUUGCCACCAGGAGCUAUCAAUGCAGCAUCGG___CCAGUACUCGCGGCUCCUUUGCCGCCGCCC ..(((((.(((((...((((((((....)))((((..(................)..)))).....)))))......)))))...................(((......)))))))).. (-22.74 = -23.52 + 0.78)
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