Locus 5631

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,924,889 – 17,925,077
Length 188
Max. P 0.718454
window9024 window9025 window9026

overview

Window 4

Location 17,924,889 – 17,925,006
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.53
Mean single sequence MFE -51.20
Consensus MFE -23.38
Energy contribution -23.34
Covariance contribution -0.05
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -2.05
Structure conservation index 0.46
SVM decision value 0.33
SVM RNA-class probability 0.691064
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17924889 117 + 20766785
GCCUCACCGCCCGGAAUGGUCGUCAGUGCGGCCAGCUUCAAUGGCCGAAAUG---CCGGACUGGGUAAUGCCGGCGGUGGCGGAAUCAUGGCCAAUAGCAUCGUGGCCACCACUGGCGGU
.....(((((((((..(((.(((.....((((((.......))))))..)))---)))..))))))...(((((.((((((.(.......((.....))....).)))))).)))))))) ( -52.20)
>DroVir_CAF1 1229 111 + 1
GACUCAC---CUUGCAUGGUGGUCAGCUCGGCCAGUUUUAAUGGGCGCAACG---CUGGCCUGGGCAAUGCUGGCGGCG---GGAUAAUGGCAAAUACCAUUGUUGCUGCCGCUGGUGGU
(((.(((---(......))))))).(((((((((((...............)---)))))).))))...((..((((((---(((((((((......)))))))).)))))))..))... ( -54.96)
>DroPse_CAF1 1313 117 + 1
GCCUCGCCGCCCGGAAUGGUGGUCAGUGCGGCCAGUUUCAAUGGUCGGAAUG---CAGGCCUGGGCAACGCCGGCGGUGGCGGUAUAAUGGCAAAUAGCAUUGUGGCCACCACAGGCGGC
.....((((((.(...(((((((((...((((((.......)))))).((((---(..(((.......(((((....))))).......))).....))))).)))))))))).)))))) ( -51.84)
>DroWil_CAF1 2265 120 + 1
GCUUCGCCACCUGGAAUGGUUGUCAGCGCGGCUAGUUUCAAUGGGCGUAAUGCUGCCGGAAUGGGUAAUGCCGGCGGUGGCAUUAUGACAGCCAAUAGCAUUGUGGCUGCCGCAGGCGGU
...((((((((......))).......(((((.(((..(((((((((((((((..(((...(((......))).)))..)))))))....))).....)))))..)))))))).))))). ( -51.00)
>DroMoj_CAF1 1286 111 + 1
GAAUCAC---CUUGCAUGGUGGUUAGCUCAGCCAAUUUUAAUGGACGCAACG---CUGGCAUGGGCAAUGCCGGCGGUG---GGAUAAUGGCCAAUACCAUUGUGACUGCCACAGGCGGU
.((((((---(......)))))))......(((..................(---(((((((.....))))))))((..---(.(((((((......)))))))..)..))...)))... ( -42.70)
>DroAna_CAF1 1179 117 + 1
GCCUCACCACCGGGCAUGGUUGUCAGCGCAGCCAGUUUCAAUGGCCGGAAUG---CCGGGCUCGGCAACGCCGGCGGCGGCGGGAUCAUGGCUAACAGCAUCGUUGCCGCCACUGGAGGU
(((((....((((((.(((((((....)))))))..........((((....---)))))))))).......(((((((((((.....((.....))...)))))))))))....))))) ( -54.50)
>consensus
GCCUCACC_CCUGGAAUGGUGGUCAGCGCGGCCAGUUUCAAUGGCCGCAAUG___CCGGCCUGGGCAAUGCCGGCGGUGGCGGGAUAAUGGCCAAUAGCAUUGUGGCCGCCACAGGCGGU
((((.((.(((......))).)).)).)).(((........(((...........))).....)))..((((.(.((((((..(((((((........))))))))))))).).)))).. (-23.38 = -23.34 +  -0.05)

alignment

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Window 5

Location 17,924,929 – 17,925,037
Length 108
Sequences 6
Columns 108
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.11
Mean single sequence MFE -46.85
Consensus MFE -23.50
Energy contribution -23.78
Covariance contribution 0.29
Combinations/Pair 1.48
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.39
SVM RNA-class probability 0.718454
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17924929 108 + 20766785
AUGGCCGAAAUGCCGGACUGGGUAAUGCCGGCGGUGGCGGAAUCAUGGCCAAUAGCAUCGUGGCCACCACUGGCGGUGGCAUCGGUGGCGCUGUGCCGCCUAACAUGC
.((((((....(((((.(........))))))(((......))).))))))...((((.((.((((((......))))))...((((((.....))))))..)))))) ( -47.30)
>DroVir_CAF1 1266 105 + 1
AUGGGCGCAACGCUGGCCUGGGCAAUGCUGGCGGCG---GGAUAAUGGCAAAUACCAUUGUUGCUGCCGCUGGUGGUGGAAUUGGUGGUGCUGUGCCGCCAAUAAGGC
...((((((.(((((.((....(..(((..((((((---(((((((((......)))))))).)))))))..)))...)....))))))).))))))(((.....))) ( -49.50)
>DroPse_CAF1 1353 108 + 1
AUGGUCGGAAUGCAGGCCUGGGCAACGCCGGCGGUGGCGGUAUAAUGGCAAAUAGCAUUGUGGCCACCACAGGCGGCGGCAUUGGUGGCACAGUGCAGCAGACCAUGC
((((((.........((((((((...)))...((((((..(((((((........))))))))))))).))))).((.((((((......)))))).)).)))))).. ( -48.70)
>DroMoj_CAF1 1323 105 + 1
AUGGACGCAACGCUGGCAUGGGCAAUGCCGGCGGUG---GGAUAAUGGCCAAUACCAUUGUGACUGCCACAGGCGGUGGAAUUGGUAACACUGUGCAGCCUAUACGGC
......(((.(((((((((.....)))))))))(((---((.......))..(((((...(.((((((...)))))).)...))))).)))..))).(((.....))) ( -41.00)
>DroAna_CAF1 1219 108 + 1
AUGGCCGGAAUGCCGGGCUCGGCAACGCCGGCGGCGGCGGGAUCAUGGCUAACAGCAUCGUUGCCGCCACUGGAGGUGGGAUUGGCGGCACUGUACCACCCAAUAUGC
...(((((..(((((....)))))...)))))(((((((((((..((.....))..))).))))))))....(.(((((.....(((....))).))))))....... ( -45.90)
>DroPer_CAF1 1212 108 + 1
AUGGUCGGAAUGCAGGCCUGGGCAACGCCGGCGGUGGCGGUAUAAUGGCAAAUAGCAUUGUGGCCACCACAGGCGGCGGCAUUGGUGGCACAGUGCAGCAGACCAUGC
((((((.........((((((((...)))...((((((..(((((((........))))))))))))).))))).((.((((((......)))))).)).)))))).. ( -48.70)
>consensus
AUGGCCGGAAUGCAGGCCUGGGCAACGCCGGCGGUGGCGGGAUAAUGGCAAAUAGCAUUGUGGCCACCACAGGCGGUGGCAUUGGUGGCACUGUGCAGCCGAACAUGC
...((((....(((......)))..((((.(.((((((..(((((((........))))))))))))).).))))..........))))................... (-23.50 = -23.78 +   0.29)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 17,924,966 – 17,925,077
Length 111
Sequences 6
Columns 117
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.55
Mean single sequence MFE -38.65
Consensus MFE -21.87
Energy contribution -20.93
Covariance contribution -0.94
Combinations/Pair 1.67
Mean z-score -1.50
Structure conservation index 0.57
SVM decision value -0.05
SVM RNA-class probability 0.510093
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17924966 111 + 20766785
CGGAAUCAUGGCCAAUAGCAUCGUGGCCACCACUGGCGGUGG---CAUCGGUGGCG---CUGUGCCGCCUAACAUGCGUUACCGUCCCGCUGCCCCCUACCAGUUUGUCAAGAAAUA
.((.....((((((.........)))))).....((((((((---...((((((((---((((........))).)))))))))..)))))))).....))................ ( -43.40)
>DroVir_CAF1 1302 109 + 1
--GGAUAAUGGCAAAUACCAUUGUUGCUGCCGCUGGUGGUGG---AAUUGGUGGUG---CUGUGCCGCCAAUAAGGCAUUACCGUCCCGCUGCCCCAUAUCAAUUUGUCAAGAAAUA
--.(((((.((((...((....))...))))...((..((((---.(((((((((.---....)))))))))..(((......)))))))..))..........)))))........ ( -34.60)
>DroPse_CAF1 1390 111 + 1
CGGUAUAAUGGCAAAUAGCAUUGUGGCCACCACAGGCGGCGG---CAUUGGUGGCA---CAGUGCAGCAGACCAUGCGCUACCGUCCCGCUGCUCCCUAUCAGUUUGUCAAAAAAUA
........((((((((.((((((((.((((((...((....)---)..))))))))---))))))(((((.....(((....)))....)))))........))))))))....... ( -40.90)
>DroWil_CAF1 2345 117 + 1
CAUUAUGACAGCCAAUAGCAUUGUGGCUGCCGCAGGCGGUGGUGGUCUGGGUGGCGGACAAGUGCCGCCAAAUAUGCGUUACCGUCCCGCUGCCCCCUAUCAGUUUGUGAAGAAAUA
........((((((.........)))))).(((((((..((((((...(((..((((((..(((.(((.......))).))).)).))))..))).)))))))))))))........ ( -42.30)
>DroMoj_CAF1 1359 109 + 1
--GGAUAAUGGCCAAUACCAUUGUGACUGCCACAGGCGGUGG---AAUUGGUAACA---CUGUGCAGCCUAUACGGCAUUACCGUCCCGCCGCCCCCUACCAGUUUGUUAAGAAAUA
--..(((((((......)))))))(((((.....((((((((---...((((((..---(((((.......)))))..))))))..))))))))......)))))............ ( -36.20)
>DroAna_CAF1 1256 111 + 1
CGGGAUCAUGGCUAACAGCAUCGUUGCCGCCACUGGAGGUGG---GAUUGGCGGCA---CUGUACCACCCAAUAUGCGCUACCGUCCCGCUGGCCCAUACCAGUACGUCAAGAAAUA
.....((.((((.....(((....)))....(((((..((((---(.(..((((.(---(.((((((.......)).).))).)).))))..)))))).)))))..)))).)).... ( -34.50)
>consensus
CGGGAUAAUGGCCAAUAGCAUUGUGGCCGCCACAGGCGGUGG___AAUUGGUGGCA___CUGUGCCGCCAAAAAUGCGUUACCGUCCCGCUGCCCCCUACCAGUUUGUCAAGAAAUA
........((((((.........)))))).....((((((((......(((((((......................)))))))..))))))))....................... (-21.87 = -20.93 +  -0.94)

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