Locus 5624

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,898,981 – 17,899,139
Length 158
Max. P 0.855319
window9014 window9015 window9016

overview

Window 4

Location 17,898,981 – 17,899,099
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.47
Mean single sequence MFE -43.09
Consensus MFE -26.73
Energy contribution -27.45
Covariance contribution 0.72
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.37
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.00
SVM RNA-class probability 0.534315
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17898981 118 - 20766785
GAACGUCUGCGAUCGAUCCGUGAUGUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACCCGCAGUGCGGUGUGCUGUCGAACCCUCUGGGGCAGGAUUUCGCAGUAGUAGUCA
..((..((((((..((((((((....)))....(((.((((((.((((((((...((((((((.....))).)))))))))))))..)))))).))).)))))))))))..))..... ( -57.10)
>DroVir_CAF1 21841 118 - 1
GAACGUCUGCGAGCGAUCCGUUACAUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACGCUCAGUUUUGUAUGCUGCCUCACGUCCUGCGGCAACACCACACAGUAAUAGUCA
((.(.(((((((.(((((((......)).)))))))))))).).))(((....(((((....))))).((..(((.((((((..........)))))))))..)).........))). ( -44.00)
>DroGri_CAF1 22237 118 - 1
GAACGUCUGCGAACGAUCCGUAACAUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGAUAGCCGGGCGCCAACACUCAGCGUUGUAUACUGCUCCACUUUGUCCGGCAAUAUCUGACAUUUGUAGACA
((.(.(((((((.(((((((......)).)))))))))))).).))((((((((((((.........((((........))))......))))))))..))))............... ( -40.06)
>DroWil_CAF1 26630 118 - 1
GAACGUCUGCGAACGAUCCGUUAUGUCGAGACCGUCGCAAAGGAUCGACAGCCGAGCGCCCACCAUCAACGAUGUAUGCUGUCGAAUUUGUUCUGGCAAUACCAAACAAUAAUACUCA
(((((..(((((.((.((((......)).)).))))))).....((((((((.(......)..((((...))))...))))))))...)))))(((.....))).............. ( -28.60)
>DroMoj_CAF1 22456 118 - 1
GAACGUCUGCGAUCGAUCCGUGACAUCGCGACCGUCGCAGAGGAUCGACAGCUUGGCGCCCACACUCAGAGCUGUGUGCUGCCUCACGCCCUGCGGCAACACCUCGCAGUAGUAGUCG
((.(.(((((((.((...((((....))))..))))))))).).))(((.(((.((((..(((((........))))).)))).......((((((.......)))))).))).))). ( -43.10)
>DroAna_CAF1 45253 118 - 1
GAACGUCUGCGAUCGAUCAGUGAUGUCACGGUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACCCUCAGAGUUGUGCGCUGUCGAACGUCCUGCGGCAGGAUAACACAGUAGUAGUUC
((((.(((((((.(((((.(((....)))))))))))))))...((((((((.(((......))).....(.....)))))))))..((((((...))))))............)))) ( -45.70)
>consensus
GAACGUCUGCGAUCGAUCCGUGACAUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACCCUCAGAGUUGUAUGCUGCCGAACGUCCUGCGGCAACACCACACAGUAGUAGUCA
((.(.(((((((.(((((((......)).)))))))))))).).))....(((((((((..(((........)))..)).)))..........))))..................... (-26.73 = -27.45 +   0.72)

alignment

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Window 5

Location 17,899,021 – 17,899,139
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.05
Mean single sequence MFE -48.07
Consensus MFE -38.34
Energy contribution -37.07
Covariance contribution -1.27
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -2.25
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.81
SVM RNA-class probability 0.855319
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17899021 118 + 20766785
CACACCGCACUGCGGGUGGGCGCCCGGCUGUCGAUCCUCUGCGACGAUCGCGACAUCACGGAUCGAUCGCAGACGUUCAGGCAGGGCGACCACCACAAGCUCGAGUGUCGAACCUAUC
.((((((..((...(((((.(((((.(((...((.(.((((((((((((.((......))))))).))))))).).)).))).))))).)))))...))..)).)))).......... ( -54.00)
>DroVir_CAF1 21881 118 + 1
CAUACAAAACUGAGCGUGGGCGCCCGGCUGUCGAUCCUCUGCGACGAUCGCGAUGUAACGGAUCGCUCGCAGACGUUCAAGCAGGGCGACCGUCACAAGCUCGUGUGCCGCACGUACC
..(((......((((((((((((((.(((...((.(.((((((((((((.((......))))))).))))))).).)).))).))))).))..)))..))))(((.....)))))).. ( -49.90)
>DroGri_CAF1 22277 118 + 1
UAUACAACGCUGAGUGUUGGCGCCCGGCUAUCGAUCCUCUGCGACGAUCGCGAUGUUACGGAUCGUUCGCAGACGUUCAAGCAGGGCGACAAUCACAAGCUCGAGUGCCGCACCUAUC
.......((((((((((((.(((((.(((...((.(.((((((((((((.((......))))))).))))))).).)).))).))))).)))).....)))).))))........... ( -44.70)
>DroWil_CAF1 26670 118 + 1
CAUACAUCGUUGAUGGUGGGCGCUCGGCUGUCGAUCCUUUGCGACGGUCUCGACAUAACGGAUCGUUCGCAGACGUUCAAGCAGGGUGACCACCAUAAGUUAGAAUGUCGAACAUAUA
...(((((....(((((((.(((((.(((...((.(.((((((((((((.((......))))))).))))))).).)).))).))))).)))))))......).)))).......... ( -42.00)
>DroMoj_CAF1 22496 118 + 1
CACACAGCUCUGAGUGUGGGCGCCAAGCUGUCGAUCCUCUGCGACGGUCGCGAUGUCACGGAUCGAUCGCAGACGUUCAAGCAAGGCGACCACCACAGGCUCGUCUGCCAAACGUUCC
((.(((((.(((.(.((((.((((..(((...((.(.((((((((((((.((......))))))).))))))).).)).)))..)))).))))).)))))).)).))........... ( -46.60)
>DroAna_CAF1 45293 118 + 1
CGCACAACUCUGAGGGUGGGCGCCCGGCUGUCGAUCCUCUGCGACGACCGUGACAUCACUGAUCGAUCGCAGACGUUCAGGCAGGGCGACCACCACAAGCUCGAGUGUCGAACCUAUC
((.(((.(((.((((((((.(((((.(((...((.(.(((((((((((.(((....))).).))).))))))).).)).))).))))).))))).....)))))))))))........ ( -51.20)
>consensus
CACACAACACUGAGGGUGGGCGCCCGGCUGUCGAUCCUCUGCGACGAUCGCGACAUCACGGAUCGAUCGCAGACGUUCAAGCAGGGCGACCACCACAAGCUCGAGUGCCGAACCUAUC
.........((....((((.(((((.(((...((.(.((((((((((((.((......))))))).))))))).).)).))).))))).))))....))................... (-38.34 = -37.07 +  -1.27)

alignment

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Window 6

Location 17,899,021 – 17,899,139
Length 118
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.05
Mean single sequence MFE -50.17
Consensus MFE -38.99
Energy contribution -40.72
Covariance contribution 1.73
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.95
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.50
SVM RNA-class probability 0.758555
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17899021 118 - 20766785
GAUAGGUUCGACACUCGAGCUUGUGGUGGUCGCCCUGCCUGAACGUCUGCGAUCGAUCCGUGAUGUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACCCGCAGUGCGGUGUG
.(((((((((.....)))))))))(((((.(((((.((.(((.(.(((((((.(((((.(((....))))))))))))))).).)))...)).))))).)))))(((...)))..... ( -59.30)
>DroVir_CAF1 21881 118 - 1
GGUACGUGCGGCACACGAGCUUGUGACGGUCGCCCUGCUUGAACGUCUGCGAGCGAUCCGUUACAUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACGCUCAGUUUUGUAUG
....(((((((.((..((((..(((..((.(((((.((((((.(.(((((((.(((((((......)).)))))))))))).).)))..))).)))))))))))))).)).))))))) ( -53.40)
>DroGri_CAF1 22277 118 - 1
GAUAGGUGCGGCACUCGAGCUUGUGAUUGUCGCCCUGCUUGAACGUCUGCGAACGAUCCGUAACAUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGAUAGCCGGGCGCCAACACUCAGCGUUGUAUA
.....(((((((.((.((....(((.(((.(((((.((((((.(.(((((((.(((((((......)).)))))))))))).).)))..))).))))).)))))))))).))))))). ( -51.20)
>DroWil_CAF1 26670 118 - 1
UAUAUGUUCGACAUUCUAACUUAUGGUGGUCACCCUGCUUGAACGUCUGCGAACGAUCCGUUAUGUCGAGACCGUCGCAAAGGAUCGACAGCCGAGCGCCCACCAUCAACGAUGUAUG
..........(((((.......(((((((.(.(.(.((((((.(.(.(((((.((.((((......)).)).))))))).).).)))..))).).).).)))))))....)))))... ( -29.30)
>DroMoj_CAF1 22496 118 - 1
GGAACGUUUGGCAGACGAGCCUGUGGUGGUCGCCUUGCUUGAACGUCUGCGAUCGAUCCGUGACAUCGCGACCGUCGCAGAGGAUCGACAGCUUGGCGCCCACACUCAGAGCUGUGUG
...........((.((.((((((.(((((.((((..((((((.(.(((((((.((...((((....))))..))))))))).).)))..)))..)))).)))).).))).))))).)) ( -50.40)
>DroAna_CAF1 45293 118 - 1
GAUAGGUUCGACACUCGAGCUUGUGGUGGUCGCCCUGCCUGAACGUCUGCGAUCGAUCAGUGAUGUCACGGUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACCCUCAGAGUUGUGCG
.(((((((((.....)))))))))(((((.(((((.((.(((.(.(((((((.(((((.(((....))))))))))))))).).)))...)).))))).))))).............. ( -57.40)
>consensus
GAUAGGUUCGACACUCGAGCUUGUGGUGGUCGCCCUGCUUGAACGUCUGCGAUCGAUCCGUGACAUCGCGAUCGUCGCAGAGGAUCGACAGCCGGGCGCCCACCCUCAGAGUUGUAUG
.....(((((.....)))))(((..((((.(((((.((((((.(.(((((((.(((((((......)).)))))))))))).).)))..))).))))).))))...)))......... (-38.99 = -40.72 +   1.73)

alignment

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