Locus 5572

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,808,017 – 17,808,137
Length 120
Max. P 0.963647
window8927 window8928

overview

Window 7

Location 17,808,017 – 17,808,137
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.72
Mean single sequence MFE -51.30
Consensus MFE -25.71
Energy contribution -26.68
Covariance contribution 0.98
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -2.66
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 1.56
SVM RNA-class probability 0.963647
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17808017 120 + 20766785
GGCGUUGUGGCUCAGCUCCAACUGGUGCAACUGGUGCAUGUGGGUCAGCUCCAGCGGCAGGUGGGUGAUGUUGUUGUGCUGCAGGUUCAGCACCUGCAGAUGCUGCGGCAGUUUCCUCAG
(.(((((..(((..((.(((....(((((.....))))).))))).)))..))))).)..(.(((...((((((.(((((((((((.....)))))))).))).))))))...))).).. ( -48.10)
>DroVir_CAF1 109568 120 + 1
GGCAUUGUGGCCCAGCUCCAGCUGCUGCAAGUGCUGCAGAUGGGUCAACUCCAUGGGCAGGGACGUGAUAUCGUUGUGCUGCAAAUUGAGAACCUGCAAAUGUUGCGGCAGCUUCACCAG
(((......))).......(((((((((((....((((((((((.....)))))..((((.((((......))))...))))...........)))))....)))))))))))....... ( -40.40)
>DroGri_CAF1 101094 120 + 1
GUUAUUGUGUCCCAGUUCCAGCUGCUGCAGAUGAUGCAGAUGUGUUAGCUCAAUCGGCAGAUACGUGAUGUCAUUGUGCUGCAGAUUGAGGACCUGCAAGUGCUGCGGCAGUUUAAGCAG
..............(((..(((((((((((....(((((....(((..(((((((.((((.((((((....)).)))))))).)))))))))))))))....)))))))))))..))).. ( -46.60)
>DroMoj_CAF1 118080 120 + 1
AUGGUUGUGACCCAGUUCCAGCUGCUGCAGAUGCUGCAAGUGUGUCAGCUCGAUUGGCAGCGUUGUGAUGUCAUUGUGCUGCAAGUUGAGCACCUGCAGCUGCUGCGGCAGCUUCAACAA
..(((....)))..(((..(((((((((((..((((((.((((.((((((......((((((..(((....)))..)))))).)))))))))).))))))..)))))))))))..))).. ( -58.30)
>DroAna_CAF1 82865 120 + 1
GGCAUUGUGGCUCAGCUCCACCUGUCGCAGCUGACUCAUGUGGGUCAGCUCCAGUGGCAGGUGGGUGAUGUUGUUGUGCUGCAGGUUCAGGACCUGCAGGUGCUGCGGCAGCUUCCUUAG
(((((.(..((...((.((((((((((((((((((((....)))))))))...)))))))))))))...))..).)))))(((((((...)))))))(((.((((...))))..)))... ( -62.90)
>DroPer_CAF1 84070 120 + 1
GUCGUUGUGACCGAUCUCCAGCUGCUGCAGGUGCUGCAGGUGGGUGAUUUCGAUGGGCAGGUUCGUGAUGCUGUUGUGCUGCAGGUUCAGAAUCUGCAGGUUCAGCGGCAGCUUCACCAG
(((((((.((((((((((((.((((.((....)).)))).)))).)))).......((((((((.(((..((((......))))..))))))))))).)))))))))))........... ( -51.50)
>consensus
GGCAUUGUGGCCCAGCUCCAGCUGCUGCAGAUGCUGCAGGUGGGUCAGCUCCAUCGGCAGGUACGUGAUGUCGUUGUGCUGCAGGUUCAGAACCUGCAGGUGCUGCGGCAGCUUCACCAG
...................(((((((((((....(((.....((......))....)))...................((((((((.....))))))))...)))))))))))....... (-25.71 = -26.68 +   0.98)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 17,808,017 – 17,808,137
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.72
Mean single sequence MFE -40.27
Consensus MFE -20.84
Energy contribution -20.90
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.26
Structure conservation index 0.52
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.894156
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17808017 120 - 20766785
CUGAGGAAACUGCCGCAGCAUCUGCAGGUGCUGAACCUGCAGCACAACAACAUCACCCACCUGCCGCUGGAGCUGACCCACAUGCACCAGUUGCACCAGUUGGAGCUGAGCCACAACGCC
...((....))((..((((..((((((((.....)))))))).............((.((.(((.(((((.((((.....)).)).))))).)))...)).)).)))).))......... ( -39.50)
>DroVir_CAF1 109568 120 - 1
CUGGUGAAGCUGCCGCAACAUUUGCAGGUUCUCAAUUUGCAGCACAACGAUAUCACGUCCCUGCCCAUGGAGUUGACCCAUCUGCAGCACUUGCAGCAGCUGGAGCUGGGCCACAAUGCC
(..((..((((((.((((...((((((((..(((((((((((....(((......)))..)))).....)))))))...))))))))...)))).))))))...))..)........... ( -40.10)
>DroGri_CAF1 101094 120 - 1
CUGCUUAAACUGCCGCAGCACUUGCAGGUCCUCAAUCUGCAGCACAAUGACAUCACGUAUCUGCCGAUUGAGCUAACACAUCUGCAUCAUCUGCAGCAGCUGGAACUGGGACACAAUAAC
.........((((.((((....(((((((.(((((((.((((.....((....)).....)))).))))))).......)))))))....)))).))))..................... ( -33.60)
>DroMoj_CAF1 118080 120 - 1
UUGUUGAAGCUGCCGCAGCAGCUGCAGGUGCUCAACUUGCAGCACAAUGACAUCACAACGCUGCCAAUCGAGCUGACACACUUGCAGCAUCUGCAGCAGCUGGAACUGGGUCACAACCAU
..(((..((((((.((((..((((((((((.(((.((((((((....((....))....))))).....))).)))..))))))))))..)))).))))))..)))(((.......))). ( -49.80)
>DroAna_CAF1 82865 120 - 1
CUAAGGAAGCUGCCGCAGCACCUGCAGGUCCUGAACCUGCAGCACAACAACAUCACCCACCUGCCACUGGAGCUGACCCACAUGAGUCAGCUGCGACAGGUGGAGCUGAGCCACAAUGCC
....((.((((((....))..((((((((.....))))))))..............(((((((....((.(((((((.(....).))))))).)).)))))))))))...))........ ( -45.40)
>DroPer_CAF1 84070 120 - 1
CUGGUGAAGCUGCCGCUGAACCUGCAGAUUCUGAACCUGCAGCACAACAGCAUCACGAACCUGCCCAUCGAAAUCACCCACCUGCAGCACCUGCAGCAGCUGGAGAUCGGUCACAACGAC
...((((.((((..(.((...((((((.........)))))))))..)))).))))......(((.((((....)..(((.((((.((....)).)))).))).))).)))......... ( -33.20)
>consensus
CUGAUGAAGCUGCCGCAGCACCUGCAGGUCCUCAACCUGCAGCACAACAACAUCACGAACCUGCCAAUGGAGCUGACCCACCUGCAGCACCUGCAGCAGCUGGAGCUGGGCCACAACGAC
.......((((((.((((...((((((((.....))))))))...................(((....((......)).....)))....)))).))))))................... (-20.84 = -20.90 +   0.06)

alignment

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secondary structure

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