Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,791,307 – 17,791,406 |
Length | 99 |
Max. P | 0.789545 |
Location | 17,791,307 – 17,791,406 |
---|---|
Length | 99 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.33 |
Mean single sequence MFE | -45.53 |
Consensus MFE | -21.56 |
Energy contribution | -21.48 |
Covariance contribution | -0.08 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.68 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.58 |
SVM RNA-class probability | 0.789545 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 17791307 99 - 20766785 AUUGGGAUACGGAGGACCGUGUCCACCGCCGCCGCCAUGAUGGUGAUGGUGGUGCAUGGACGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGCUGCCGUGAUGUCC ....((((((((....))))))))(((((((.((((.....)))).))))))).(((((..((((((...((.....)).))))))..)))))...... ( -46.90) >DroGri_CAF1 81729 90 - 1 GCUGGGAUACUGAGCGCCAUG-----CGAUGCCGC----AUGGUGAUGAUGAUGCAUCGAUGCGUGCAUCGGAUGGACGAGCAUACUGCCAUGAUGGCC (((((....))...((((((.-----(((((((((----((..(((((......)))))))))).)))))).)))).))))).....(((.....))). ( -36.00) >DroSec_CAF1 58959 99 - 1 AUUGGGAUACGGGGGACCGUGUCCACCGCCGGCGCCAUGAUGGUGAUGGUGGUGCAUGGACGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGCUGCCGUGAUGUCC ....((((((((....))))))))(((((((.((((.....)))).))))))).(((((..((((((...((.....)).))))))..)))))...... ( -51.20) >DroEre_CAF1 60611 99 - 1 AUUGGGAUACGGCGGACCGUGUCCAGCGCCGCCGCCAUGAUGGUGGUGGUGGUGCAUGGACGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGCUGCCGUGGUGUCC ....((((((.((((...((((((((((((((((((((....))))))))))))).)))))))((((((...))))))(((....))))))).)))))) ( -60.70) >DroMoj_CAF1 93908 90 - 1 ACUGGGAUACUGGCCGCCGUG-----CGCCGUCGC----AUGGUGAUGAUGAUGCAUGCCCGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGUUGCCAUGAUGCCC ...(((....(((((((((((-----((....)))----))))))....(((((((((....))))))))).((((....))))...)))).....))) ( -38.70) >DroAna_CAF1 66180 96 - 1 GUUGGGAUACUGGGGGCCAUGACCACUGCCGGC---GUGAUGGUGAUGGUGGUGCAGGGAGGCGUGCAUCGGGUGCACCAGCAUAUUGCCGUGGUGUCC ....((((((((.(((((((.((((..((....---))..)))).)))))((((((.(....).))))))..((((....))))....)).)))))))) ( -39.70) >consensus AUUGGGAUACGGGGGACCGUGUCCACCGCCGCCGC_AUGAUGGUGAUGGUGGUGCAUGGACGCGUGCAUCGGAUGCACCAGCAUGCUGCCGUGAUGUCC ....(((((......(((((......((....)).....))))).(((((((((((((....))))))))(.((((....)))).).)))))..))))) (-21.56 = -21.48 + -0.08)
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