Locus 5563

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	17,773,226 – 17,773,356
Length	130
Max. P	0.998285

overview

Window 6

Location	17,773,226 – 17,773,322
Length	96
Sequences	5
Columns	101
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	89.98
Mean single sequence MFE	-33.40
Consensus MFE	-26.50
Energy contribution	-27.90
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.37
Structure conservation index	0.79
SVM decision value	-0.06
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17773226 96 + 20766785
UUUGGCCACCAAAAGUGGAGCACCAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUC-----CCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGG
(((((...))))).(((((((.......(((((....)))))...-----..)).))))).((((((((.((.....(((....))))))))))))).... ( -32.60)
>DroSec_CAF1 40930 101 + 1
UUUGGCCACCAAAAGUGGAGCACCAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCGCAUCCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGG
(((((...))))).(((((((....((((((((....)))))...)))....)).))))).((((((((.((.....(((....))))))))))))).... ( -35.50)
>DroSim_CAF1 40776 101 + 1
UUUGGCCACCAAAAGUGGAGCACCAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCGCAUCCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGG
(((((...))))).(((((((....((((((((....)))))...)))....)).))))).((((((((.((.....(((....))))))))))))).... ( -35.50)
>DroEre_CAF1 42722 87 + 1
U-UGGCCACCGAAAGUGGAGCACCAGCGGCAGCGGGAGCUGCAUCCA------C------AUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGC-GCACCACGCAUACAGG
.-......((....(((((((....)).(((((....))))).))))------)------.(((((.((((((........)))-)))....)))))..)) ( -31.10)
>DroYak_CAF1 44137 95 + 1
UUUUGCCACCAAAAGUGGAGCACCGGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCA------CAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGG
(((((....)))))(((((((....)).(((((....))))).))))------)..((...((((((((.((.....(((....)))))))))))))..)) ( -32.30)
>consensus
UUUGGCCACCAAAAGUGGAGCACCAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCA___CCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGG
........((....(((((((....)).(((((....))))).............))))).((((((((.((.....(((....)))))))))))))..)) (-26.50 = -27.90 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	17,773,249 – 17,773,356
Length	107
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.97
Mean single sequence MFE	-41.46
Consensus MFE	-39.46
Energy contribution	-39.34
Covariance contribution	-0.12
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-1.97
Structure conservation index	0.95
SVM decision value	3.06
SVM RNA-class probability	0.998285
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17773249 107 + 20766785
CAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUC-----CCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGGACUAUGAGCGUCCUGUGGACAUAAGCACGCGCUC
..((((((((....)))))...-----..((....))...(((.((((((....(((....)))........((((((((.......)))))))))))))).)))))).... ( -41.20)
>DroSec_CAF1 40953 112 + 1
CAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCGCAUCCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGGACUAUGAGCGUCCUGUGGACAUAAGCACGCGCUC
.(((.(((((....)))))....((....((....))...(((.((((((....(((....)))........((((((((.......)))))))))))))).))).))))). ( -42.30)
>DroSim_CAF1 40799 112 + 1
CAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCGCAUCCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGGACUAUGAGCGUCCUGUGGACAUAAGCACGCGCUC
.(((.(((((....)))))....((....((....))...(((.((((((....(((....)))........((((((((.......)))))))))))))).))).))))). ( -42.30)
>DroEre_CAF1 42744 99 + 1
CAGCGGCAGCGGGAGCUGCAUCCA------C------AUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGC-GCACCACGCAUACAGGACCAUGGGCGUCCUGUGGACAUAAGCACGCGCUC
..((((((((....))))).....------.------...(((.((((((.........((-(.....))).(((((((((....).)))))))))))))).)))))).... ( -40.80)
>DroYak_CAF1 44160 106 + 1
CGGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCA------CAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGGACUAUGAGCGUCCUGUGGACAUAAGCGCGCGCUC
.(((.(((((....)))))...((------(((..((....)))))))......))).((((((.(.(((..((((((((.......))))))))..)))..).)).)))). ( -40.70)
>consensus
CAGCGGCAGCAGGAGCUGCAUCCA___CCGCAUCCGCAUAUGCAUGUGUCAUAAGCCAGGCGGCACCAUGCAUACAGGACUAUGAGCGUCCUGUGGACAUAAGCACGCGCUC
.(((((((((....))))).....................(((.((((((....(((....)))........((((((((.......)))))))))))))).)))..)))). (-39.46 = -39.34 +  -0.12)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	17,773,249 – 17,773,356
Length	107
Sequences	5
Columns	112
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	90.97
Mean single sequence MFE	-44.04
Consensus MFE	-36.94
Energy contribution	-37.38
Covariance contribution	0.44
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.66
Structure conservation index	0.84
SVM decision value	0.98
SVM RNA-class probability	0.894162
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17773249 107 - 20766785
GAGCGCGUGCUUAUGUCCACAGGACGCUCAUAGUCCUGUAUGCAUGGUGCCGCCUGGCUUAUGACACAUGCAUAUGCGGAUGCGG-----GAUGCAGCUCCUGCUGCCGCUG
.((((....((..((((((((((((.......)))))))((((((((((((....))).....)).)))))))....)))))..)-----)..(((((....))))))))). ( -43.50)
>DroSec_CAF1 40953 112 - 1
GAGCGCGUGCUUAUGUCCACAGGACGCUCAUAGUCCUGUAUGCAUGGUGCCGCCUGGCUUAUGACACAUGCAUAUGCGGAUGCGGAUGCGGAUGCAGCUCCUGCUGCCGCUG
.(((((((..(..((((((((((((.......)))))))((((((((((((....))).....)).)))))))....)))))..)..)))...(((((....))))))))). ( -45.40)
>DroSim_CAF1 40799 112 - 1
GAGCGCGUGCUUAUGUCCACAGGACGCUCAUAGUCCUGUAUGCAUGGUGCCGCCUGGCUUAUGACACAUGCAUAUGCGGAUGCGGAUGCGGAUGCAGCUCCUGCUGCCGCUG
.(((((((..(..((((((((((((.......)))))))((((((((((((....))).....)).)))))))....)))))..)..)))...(((((....))))))))). ( -45.40)
>DroEre_CAF1 42744 99 - 1
GAGCGCGUGCUUAUGUCCACAGGACGCCCAUGGUCCUGUAUGCGUGGUGC-GCCUGGCUUAUGACACAUGCAUAU------G------UGGAUGCAGCUCCCGCUGCCGCUG
.((.(((..((.((((..(((((((.......)))))))..))))))..)-))))(((......(((((....))------)------))...(((((....))))).))). ( -39.30)
>DroYak_CAF1 44160 106 - 1
GAGCGCGCGCUUAUGUCCACAGGACGCUCAUAGUCCUGUAUGCAUGGUGCCGCCUGGCUUAUGACACAUGCAUAUGCGGAUG------UGGAUGCAGCUCCUGCUGCCGCCG
..(((.(((((.((((..(((((((.......)))))))..))))))))))))..(((......(((((.(......).)))------))...(((((....))))).))). ( -46.60)
>consensus
GAGCGCGUGCUUAUGUCCACAGGACGCUCAUAGUCCUGUAUGCAUGGUGCCGCCUGGCUUAUGACACAUGCAUAUGCGGAUGCGG___CGGAUGCAGCUCCUGCUGCCGCUG
.((((.........(((((((((((.......)))))))((((((((((((....))).....)).)))))))................))))(((((....))))))))). (-36.94 = -37.38 +   0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

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