Locus 5560

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,758,802 – 17,758,901
Length 99
Max. P 0.641867
window8912

overview

Window 2

Location 17,758,802 – 17,758,901
Length 99
Sequences 6
Columns 110
Reading direction forward
Mean pairwise identity 84.84
Mean single sequence MFE -34.65
Consensus MFE -24.56
Energy contribution -24.78
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -2.65
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.641867
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17758802 99 + 20766785
---UGUCCUAGACAACUUUGCAGUCAGCUGGGAACAGCUGAAACGACGCCCAG-----GCGAUGCGAGAGAUACGUAUCUGCUGGAUG---CAAACUGUAUCUACUGCAG
---((((...))))....((((((((((((....)))))))...........(-----((((((((.......)))))).)))(((((---(.....)))))).))))). ( -35.50)
>DroSec_CAF1 26711 99 + 1
---UGUCCUAGACAACUUUGCAGUCAGCUGGGAACAGCUGAAACGACGCCCAG-----GCGAUGCGAGAGAUACGUAUCUGCUGGAUG---CAAACUGUAUCUACUGCAG
---((((...))))....((((((((((((....)))))))...........(-----((((((((.......)))))).)))(((((---(.....)))))).))))). ( -35.50)
>DroSim_CAF1 26379 99 + 1
---UGUCCUAGACAACUUUGCAGUCAGCUGGGAACAGCUGAAACGACGCCCAG-----GCGAUGCGAGAGAUACGUAUCUGCUGGAUG---CAAACUGUAUCUACUGCAG
---((((...))))....((((((((((((....)))))))...........(-----((((((((.......)))))).)))(((((---(.....)))))).))))). ( -35.50)
>DroEre_CAF1 28470 104 + 1
--UUGUCCUAGACAAGUUUGCAGUCAGCUGGGAACAGCUGAAGCGAGGGCCAGCGAUGGCGAUGCGAGAGAUACGUAUCUGUUGGAUG---CA-ACUGUAUCUACUGCAA
--(((((...)))))..(((((((((((((....)))))))((((...((((....))))((((((.......))))))))))(((((---(.-...)))))).)))))) ( -40.20)
>DroYak_CAF1 29245 99 + 1
---UGUCCUAGACAACAUUGCCAUCAGCUGGGAACAGCUGAAACGACGGCCAG-----GCGAUGCGAGAGAUACGUAUCUGUUGGAUA---CAAACUGUAUCUACUGCAA
---((((...))))..((((((.(((((((....)))))))...(.....).)-----)))))(((..(((((((((((.....))))---).....))))))..))).. ( -33.80)
>DroAna_CAF1 27588 97 + 1
GGCGGUCCUAGAAAA-------GUCAGCUGGGAACAGCUGUAAAAAUGC-UAA-----GCGAUGCGGAAGAUAUGUAUCUGCGGGAUGGUGAAAAUUGUAUCUACAGCAG
.((.(((((......-------..((((((....)))))).........-...-----((((((((.......)))))).))))))).)).....((((....))))... ( -27.40)
>consensus
___UGUCCUAGACAACUUUGCAGUCAGCUGGGAACAGCUGAAACGACGCCCAG_____GCGAUGCGAGAGAUACGUAUCUGCUGGAUG___CAAACUGUAUCUACUGCAG
....((((...............(((((((....))))))).................((((((((.......)))))).)).))))........(((((.....))))) (-24.56 = -24.78 +   0.22)

alignment

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secondary structure

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