| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 17,677,916 – 17,678,023 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.692304 |
| Location | 17,677,916 – 17,678,023 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.58 |
| Mean single sequence MFE | -42.76 |
| Consensus MFE | -26.73 |
| Energy contribution | -27.87 |
| Covariance contribution | 1.14 |
| Combinations/Pair | 1.06 |
| Mean z-score | -2.01 |
| Structure conservation index | 0.63 |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.692304 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 17677916 107 - 20766785 UCCGAGGAGCUGAGGGAGAUGAGCGAGUUACGCUUGAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCUCC-----CGU-------- .............((((...(((((.....)))))......((((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).))))))))...)))))))))-----)..-------- ( -45.20) >DroVir_CAF1 40113 115 - 1 UCGGAGGAGCUGAGCGAGAUGAGCGAAUUGCGCUUUAGUGUGCCUGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGGCGGAGAUGCUAAGAUUAUUGCCUAGGCGGGCACC-----GGCUGUGCCUC ..((.(.(((((((((..((......))..))))...((.(((((.(((((((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))))))))))).))..)-----)))).).)).. ( -49.80) >DroPse_CAF1 38936 112 - 1 UCCGAGGAGCUGAGCGAGAUUAGAGAGUUGCGCUUUAGGGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCCGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCGGGCGGACCCCUCCAACGC-------- .....((((..(((((..(((....)))..)))))..(((((((((.((((((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))))))))))..)))))))).....-------- ( -49.10) >DroWil_CAF1 37693 112 - 1 UCGGAUGAACUGAGCGAGAUGAGGGAAUUGCGCUUGAGAGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGCCAGAGAUGCUAAGAUUAUUACCCAAACGGGCACUCGCAACGG-------- .((........(((((..((......))..)))))..(((((((((.((.(((((.((..(((((((.....)))))))..)).))))).))....)))))))))....)).-------- ( -39.00) >DroMoj_CAF1 51016 107 - 1 UCCGAGGAGCUGAGCGAGAUAAGCGAAUUGCGCUUAAGUGUACCCGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGGCCGAGAUGCUAAGAUUAUUGCACAGACGAGCACC-----AGC-------- ........((((.......((((((.....)))))).((((.......(((((((.((..(((((((.....)))))))..)).)))))))........)))))-----)))-------- ( -30.16) >DroPer_CAF1 36617 112 - 1 UCCGAGGAGCUGAGCGAGAUUAGAGAGUUGCGCUUUAGGGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCCGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCGGCCUUACCCCUCCAACGC-------- .....((((..(((((..(((....)))..)))))..(((((.(((.((((((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))))))))...))))))))).....-------- ( -43.30) >consensus UCCGAGGAGCUGAGCGAGAUGAGCGAAUUGCGCUUUAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUAAGAUUAUUGCCCAGACGGGCACC_____CGC________ .........(((((((.(((......))).))))).))...(((((.((((((((.((..(((((((.....)))))))..)).))))))))....)))))................... (-26.73 = -27.87 + 1.14)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:48:11 2006