Locus 5530

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	17,667,143 – 17,667,297
Length	154
Max. P	0.966115

overview

Window 3

Location	17,667,143 – 17,667,257
Length	114
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.59
Mean single sequence MFE	-32.48
Consensus MFE	-26.01
Energy contribution	-26.02
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-1.92
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.46
SVM RNA-class probability	0.747006
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17667143 114 + 20766785
AGCAGGUUUCAGUGAUCUGUCUUUGCCGGCAAAU--GGCU--UAACCACUGC--AGCCACAACUAUAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGC
.(((((((.(((((....(((((((....)))).--))).--....))))).--)))).((((((....))))))......)))......(((((.((((((....)))))))))))... ( -32.00)
>DroSec_CAF1 20549 118 + 1
AGCAGGUUCCAGUGAUCUGUCAUUGCCGGCAAAUCCGGCAAAAAACCACUUC--AGCCACAACUAUAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAUUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGC
.(((((((..((((........(((((((.....))))))).....))))..--)))).((((((....))))))......)))......(((((.((((((....)))))))))))... ( -32.72)
>DroEre_CAF1 20989 114 + 1
AGCAGGUUUCGGUGAUCUGUCAUUGCCGGCAAAU--GGCU--AAACCUUUGC--AGCCACAACUAAAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGGCGUAAUAGCUGAAUGC
.(((((((.(((..((.....))..)))(((((.--((..--...)))))))--)))).((((((....))))))......)))......(((((.((((((....)))))))))))... ( -31.80)
>DroYak_CAF1 32670 116 + 1
AGCAGGUUUCAGUGAUCUGUCAUUGCCGGCAAAU--GGCU--AAACCACUGCACAGCCACAACUAAAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGC
.((((((((.(((.((.((((......)))).))--.)))--)))))..(((((.....((((((....)))))).....))))).....(((((.((((((....)))))))))))))) ( -33.40)
>consensus
AGCAGGUUUCAGUGAUCUGUCAUUGCCGGCAAAU__GGCU__AAACCACUGC__AGCCACAACUAAAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGC
.(((((((.....)))))))...(((((........(((................))).((((((....))))))....)).))).....(((((.((((((....)))))))))))... (-26.01 = -26.02 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	17,667,181 – 17,667,297
Length	116
Sequences	4
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	95.20
Mean single sequence MFE	-26.04
Consensus MFE	-25.30
Energy contribution	-25.30
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.10
Structure conservation index	0.97
SVM decision value	1.59
SVM RNA-class probability	0.966115
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17667181 116 + 20766785
--UAACCACUGC--AGCCACAACUAUAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGCAUCAUAAUUUACCUUGACAUUUAGACCAAUGUCUGCGCAU
--.......(((--(((..............))))))...((((((((..(((((.((((((....)))))))))))....))))..........((((((......)))))).)))).. ( -26.04)
>DroSec_CAF1 20589 118 + 1
AAAAACCACUUC--AGCCACAACUAUAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAUUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGCAUCAUAAUUUACCUUGACAUUUAGACCAAUGUCUGCGCAU
............--.....((((((....)))))).....(((((((((.(((((.((((((....)))))))))))...)))))..........((((((......)))))).)))).. ( -26.70)
>DroEre_CAF1 21027 116 + 1
--AAACCUUUGC--AGCCACAACUAAAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGGCGUAAUAGCUGAAUGCAUCAUAAUUUACCUUGACAUUUAGACCAAUGUCUGCGCAU
--.......(((--(((..............))))))...((((((((..(((((.((((((....)))))))))))....))))..........((((((......)))))).)))).. ( -26.14)
>DroYak_CAF1 32708 118 + 1
--AAACCACUGCACAGCCACAACUAAAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGCAUCAUAAUUUACCUUGACAUUUAGACCAAUGUCUGCGCAU
--.................((((((....)))))).....((((((((..(((((.((((((....)))))))))))....))))..........((((((......)))))).)))).. ( -25.30)
>consensus
__AAACCACUGC__AGCCACAACUAAAAAUAGUUGCACACGUGCAUGAAUUUCGGACUAUUAGACGUAAUAGCUGAAUGCAUCAUAAUUUACCUUGACAUUUAGACCAAUGUCUGCGCAU
...................((((((....)))))).....((((((((..(((((.((((((....)))))))))))....))))..........((((((......)))))).)))).. (-25.30 = -25.30 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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