Locus 5493

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,650,909 – 17,651,026
Length 117
Max. P 0.655910
window8766

overview

Window 6

Location 17,650,909 – 17,651,026
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.06
Mean single sequence MFE -28.66
Consensus MFE -22.30
Energy contribution -21.98
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.59
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.655910
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17650909 117 + 20766785
CGGGUUUUGCAUGUAAAUAUUUGCAUCAGUGGCCGGAUUCUGUGGCUGUGAUAAGAUUAACAGCAGCAUUUACAACCUUAAGAUUGUAAACCUAUGUACCUUUUAUUUAUGGUAGAU---
..(((((((.((((((....))))))))).))))((....(((.(((((..........))))).)))(((((((.(....).))))))))).((.((((..........)))).))--- ( -25.60)
>DroSec_CAF1 4491 113 + 1
CGGGUCUUGCAUGUAAAUAUUUGCAUCAGUGGCCGGAUUCUGAGGCUGUGAUAAGAUUUACAGCAGCAUUUACAACCUUAAGAUUGUAAACCUA----UCUUUUAUUUAUGGUAGAU---
(.(((((((.((((((....))))))))).)))).)....((..(((((((......)))))))..))(((((((.(....).))))))).(((----((..........)))))..--- ( -29.30)
>DroSim_CAF1 10409 113 + 1
CGGGUCUUGCAUGUAAAUAUUUGCAUCAGUGGCCGGAUUCUGAGGCUGUGAUAAGAUUUACAGCAGCAUUUACAACCUUAAGAUUGUAAACCUA----CCUUUUAUUUAUGGUAGAU---
(.(((((((.((((((....))))))))).)))).)....((..(((((((......)))))))..))(((((((.(....).))))))).(((----((..........)))))..--- ( -31.90)
>DroEre_CAF1 4576 116 + 1
CGGGUCUUACAUGUAAAUAUUUGCAUCAGUGUCCGGAUUCUGGGGCUGUGAUAAGAUUUACAGCAGCAUUUACAAACUACAGAUUGUAAACCUA----CCUUUUAUUUAUAGUAGGCUUA
.((((((.((.((((((((..(((.......(((((...)))))(((((((......))))))).)))(((((((.(....).)))))))....----.....)))))))))))))))). ( -30.10)
>DroYak_CAF1 15854 115 + 1
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>consensus
CGGGUCUUGCAUGUAAAUAUUUGCAUCAGUGGCCGGAUUCUGAGGCUGUGAUAAGAUUUACAGCAGCAUUUACAACCUUAAGAUUGUAAACCUA____CCUUUUAUUUAUGGUAGAU___
...((((.((.((((((((..(((.((((..........)))).(((((((......))))))).)))(((((((.(....).))))))).............))))))))))))))... (-22.30 = -21.98 +  -0.32)

alignment

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secondary structure

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