Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 17,618,147 – 17,618,261 |
Length | 114 |
Max. P | 0.795919 |
Location | 17,618,147 – 17,618,261 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 80.12 |
Mean single sequence MFE | -50.58 |
Consensus MFE | -34.64 |
Energy contribution | -35.62 |
Covariance contribution | 0.98 |
Combinations/Pair | 1.37 |
Mean z-score | -1.36 |
Structure conservation index | 0.68 |
SVM decision value | 0.20 |
SVM RNA-class probability | 0.629156 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 17618147 114 + 20766785 GUGCCUGGUCACCGCCGGACGCUGCUGUCCGUUGGCCAUCGCCAGUUGAUUCAAGCCCGGUGGCUUCGGAGCAAAAUUGGGCUUGCCAAAGCUGAUGGCCGGCUUCAUCG---GCAG (((.(((((....))))).)))(((((...((((((((((((...(((...((((((((((.(((....)))...)))))))))).))).)).)))))))))).....))---))). ( -52.90) >DroVir_CAF1 8289 114 + 1 AUGCCGCGCCACCGCCGGCCGCUGAUGCCCGUUGGCGAGCGCCAGUUGCUGCAGGCCCGGCGGCUUUGGCGCAAAGUUUGGCUUGCCAAACCCAAUGGCCGGCUUCUGUU---GCUG ..((((((((((((((((((((....((...(((((....)))))..)).)).)).)))))))...))))))...((((((....)))))).....)))((((.......---)))) ( -55.30) >DroPse_CAF1 12312 114 + 1 GUGCCGCGUCACCGCCGGACGCUGCUGCCCGUUAACCAGAAUCAACUGCUGGAGCCCCGGCGGCUUUGGUGCAAAGUUCGGCUUGCCAAAGCUGAUGGCCGGCUUCUGCU---GCUG ..(((((..(((((((((..(((.(.((..(((..........))).)).).))).)))))))...))..)).....(((((((....))))))).)))((((....)))---)... ( -43.30) >DroMoj_CAF1 23819 114 + 1 AUGUCGUGCCACCGCUGGACGCUGAUGCCCAUUGGCUAACGCCAGCUGCUGCAGCCCCGGCGGCUUUGGCGCAAAAUUUGGCUUGCCAAAGCCAAUUGCUGGCUUCUGUU---GCUG .....(((((((((((((..((((..((...(((((....)))))..))..)))).)))))))...)))))).......(((..((..((((((.....))))))..)).---))). ( -50.00) >DroAna_CAF1 6961 117 + 1 GUGCCUGGUCACCGCCGGACGUUGCUGGCCGUUGGCCAAGGCCAGUUGCUGCAGCCCCGGCGGCUUCGGCGCGAAGUUCGGUUUCCCGAAGCUAAUCGCCGGCUUCGUGGUGUGCUG (((((.((...(((((((..(((((.(((..(((((....)))))..)))))))).)))))))..)))))))......((((..(((((((((.......))))))).))...)))) ( -58.70) >DroPer_CAF1 12301 114 + 1 GUGCCGCGUCACCGCCGGACGCUGCUGCCCGUUAACCAGAAUCAACUGCUGGAGCCCCGGCGGCUUUGGUGCAAAGUUCGGCUUGCCAAAGCUGAUGGCCGGCUUCUGCU---GCUG ..(((((..(((((((((..(((.(.((..(((..........))).)).).))).)))))))...))..)).....(((((((....))))))).)))((((....)))---)... ( -43.30) >consensus GUGCCGCGUCACCGCCGGACGCUGCUGCCCGUUGGCCAGCGCCAGCUGCUGCAGCCCCGGCGGCUUUGGCGCAAAGUUCGGCUUGCCAAAGCUAAUGGCCGGCUUCUGCU___GCUG ..((((.((((..(((((..((((....(.((((((....)))))).)...)))).)))))(((((((((((........))..)))))))))..)))))))).............. (-34.64 = -35.62 + 0.98)
Location | 17,618,147 – 17,618,261 |
---|---|
Length | 114 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.12 |
Mean single sequence MFE | -49.73 |
Consensus MFE | -32.47 |
Energy contribution | -32.92 |
Covariance contribution | 0.45 |
Combinations/Pair | 1.26 |
Mean z-score | -1.82 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | 0.60 |
SVM RNA-class probability | 0.795919 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 17618147 114 - 20766785 CUGC---CGAUGAAGCCGGCCAUCAGCUUUGGCAAGCCCAAUUUUGCUCCGAAGCCACCGGGCUUGAAUCAACUGGCGAUGGCCAACGGACAGCAGCGUCCGGCGGUGACCAGGCAC .(((---(......((((((((((.((((((.(((((((......(((....)))....)))))))...)))..))))))))))...((((......)))))))(....)..)))). ( -50.10) >DroVir_CAF1 8289 114 - 1 CAGC---AACAGAAGCCGGCCAUUGGGUUUGGCAAGCCAAACUUUGCGCCAAAGCCGCCGGGCCUGCAGCAACUGGCGCUCGCCAACGGGCAUCAGCGGCCGGCGGUGGCGCGGCAU ....---.......(((.......((((((((....)))))))).(((((...((((((((.((((..((...((((....))))....))..))).).)))))))))))))))).. ( -56.00) >DroPse_CAF1 12312 114 - 1 CAGC---AGCAGAAGCCGGCCAUCAGCUUUGGCAAGCCGAACUUUGCACCAAAGCCGCCGGGGCUCCAGCAGUUGAUUCUGGUUAACGGGCAGCAGCGUCCGGCGGUGACGCGGCAC ....---.......(((((.((((.(((((((...((........)).))))))).(((((((((.(.((.((((((....))))))..)).).))).)))))))))).).)))).. ( -44.40) >DroMoj_CAF1 23819 114 - 1 CAGC---AACAGAAGCCAGCAAUUGGCUUUGGCAAGCCAAAUUUUGCGCCAAAGCCGCCGGGGCUGCAGCAGCUGGCGUUAGCCAAUGGGCAUCAGCGUCCAGCGGUGGCACGACAU ....---.......((((((....(((((((((..((........)))))))))))((....)).......))))))(((.((((.(((((......)))))....))))..))).. ( -46.90) >DroAna_CAF1 6961 117 - 1 CAGCACACCACGAAGCCGGCGAUUAGCUUCGGGAAACCGAACUUCGCGCCGAAGCCGCCGGGGCUGCAGCAACUGGCCUUGGCCAACGGCCAGCAACGUCCGGCGGUGACCAGGCAC ..............(((((((...((.(((((....)))))))...))))...(((((((((((((..((...((((....))))...))))))....))))))))).....))).. ( -56.60) >DroPer_CAF1 12301 114 - 1 CAGC---AGCAGAAGCCGGCCAUCAGCUUUGGCAAGCCGAACUUUGCACCAAAGCCGCCGGGGCUCCAGCAGUUGAUUCUGGUUAACGGGCAGCAGCGUCCGGCGGUGACGCGGCAC ....---.......(((((.((((.(((((((...((........)).))))))).(((((((((.(.((.((((((....))))))..)).).))).)))))))))).).)))).. ( -44.40) >consensus CAGC___AGCAGAAGCCGGCCAUCAGCUUUGGCAAGCCGAACUUUGCGCCAAAGCCGCCGGGGCUGCAGCAACUGGCGCUGGCCAACGGGCAGCAGCGUCCGGCGGUGACGCGGCAC ..............(((.((....((.(((((....)))))))..))......(((((((((((((..((...((((....))))....))..)))).))))))))).....))).. (-32.47 = -32.92 + 0.45)
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