Locus 5472

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,611,636 – 17,611,743
Length 107
Max. P 0.708278
window8732

overview

Window 2

Location 17,611,636 – 17,611,743
Length 107
Sequences 6
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.51
Mean single sequence MFE -34.92
Consensus MFE -25.40
Energy contribution -25.32
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.37
SVM RNA-class probability 0.708278
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17611636 107 - 20766785
GUUCAUUGGUCUGCAGGGGCUGUGGCGUCGGUAUGGCAAUGAUAUCGGAUCCAAGCGAGCUGGCCACAUCAACUCCGCUGCUAAUCUGCAAUGGUAUACACA----AAUUA---
((..((((...(((((((((.((((.((.(((.((((...(...(((........))).)..)))).))).)).)))).)))..)))))).))))..))...----.....--- ( -30.30)
>DroPse_CAF1 5588 107 - 1
GCUCAUUGGUCUGCAGAGGCUGUGGGGUGGGUAUGGUCACAAUAUCGGAGCCCAGGGAGCUGGCUAUGUCUACUCCACUGCUGAUCUGUAAUGAAGUAUUCA----AAAUA---
((((((.....(((((((((.(((((((((..((((((.(......).((((....).)))))))))..))))))))).)))..))))))))).))).....----.....--- ( -37.80)
>DroSim_CAF1 804 107 - 1
ACUCAUUGGUCUGCAGGGGCUGUGGAGUCGGUAUGGCAAUGAUAUCGGAUCCAAGCGAGCUGGCCACAUCAACUCCGCUGCUAAUCUGCAAUAGUAUACUCA----AAUUA---
....((((...(((((((((.(((((((.(((.((((...(...(((........))).)..)))).))).))))))).)))..)))))).)))).......----.....--- ( -34.70)
>DroEre_CAF1 754 107 - 1
GCUCAUUGGUCUGCAGGGGCUGAGGCGUCGGUAUGGCUAUGAUAUCGGAGCCAAGCGAGCUGGCCACGUCAACUCCGCUGCUAAUCUGUAAUGGUAUACUCA----AAUUA---
((.(((((((..((((.((((..(((..((((((.......))))))..))).)))(((.((((...)))).)))).))))..)))...)))))).......----.....--- ( -31.90)
>DroMoj_CAF1 16430 113 - 1
GCUCGUUUGUGUGCAGCGGCUGUGGCGUGGGAAUGGCCACGAUUUCAGUAGCCAAGGAGCUGGCCACAUCAACGCCGCUGCUUAUCUGAAAAAGAAAAAUCCGUUAAAU-AUGA
......(..(((((((((((((((((((((......)))).....((((..(....).)))))))))).....))))))))...(((.....)))............))-)..) ( -37.00)
>DroPer_CAF1 5557 107 - 1
GCUCAUUGGUCUGCAGAGGCUGUGGGGUGGGUAUGGUCACAAUAUCGGAGCCCAGGGAGCUGGCUAUGUCUACUCCACUGCUGAUCUGUAAUGAAGUAUUCA----AAAUA---
((((((.....(((((((((.(((((((((..((((((.(......).((((....).)))))))))..))))))))).)))..))))))))).))).....----.....--- ( -37.80)
>consensus
GCUCAUUGGUCUGCAGGGGCUGUGGCGUCGGUAUGGCCACGAUAUCGGAGCCAAGCGAGCUGGCCACAUCAACUCCGCUGCUAAUCUGUAAUGGAAUACUCA____AAUUA___
...........(((((((((.(((((((.((..((((((.....((..........))..))))))..)).))))))).)))..))))))........................ (-25.40 = -25.32 +  -0.08)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:45:44 2006