Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,865,410 – 2,865,528 |
Length | 118 |
Max. P | 0.580633 |
Location | 2,865,410 – 2,865,528 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 76.43 |
Mean single sequence MFE | -34.65 |
Consensus MFE | -21.60 |
Energy contribution | -22.80 |
Covariance contribution | 1.20 |
Combinations/Pair | 1.14 |
Mean z-score | -1.31 |
Structure conservation index | 0.62 |
SVM decision value | 0.09 |
SVM RNA-class probability | 0.580633 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2865410 118 + 20766785 ACAGAACAAAGCCAGAUUGGUGGACAGCAUUCGUUCGAUCCAAGAGCGCUUUAUGUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGAGCUUUACCGCCGACGGGUUCUAC--AUACGUACAUAUGUAUAUG ..(((((....((.(.(((((((..(((.(((((((..(((((..(((.....)))..))))).....))))))).)))...)))))))))))))))..--((((((....))))))... ( -31.10) >DroVir_CAF1 16833 106 + 1 ACAAAAAAGCGCCAAAUUGGUGGACAGCAUGCGUUCGAUCCAAGAGCGUUUGAUGUCGUUGGACAGCAGGGUGGGUGCCUUACCGCCCACGGGCUCUAA--AUG--GUC----------A .(((.....((((.....))))((((.((.((((((.......)))))).)).)))).)))((((((...(((((((......)))))))..)))....--...--)))----------. ( -35.61) >DroGri_CAF1 17563 106 + 1 ACAGAAUAUAGCCAAAUUAGUGGACAGCAAGCGUUCGAUCCAAGAGCGUUUGUGGUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGCGCCUUACCGCCAACUGGUUCUAA--ACA--GCC----------A ..........((....(((((((...((((((((((.......))))))))))..)))))))(((((..(((.((((......)))).))).)))))..--...--)).----------. ( -34.00) >DroYak_CAF1 18281 102 + 1 ACAGAACAGAGCCAGAUUGGUGGACAGCAUCCGUUCGAUCCAGGAGCGCUUUAUGUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGUGCCUUGCCGCCGACGGGUUCUAC--A----------------UG .......((((((...(((((((.((((((((((((..(((((..(((.....)))..))))).....))))))))))..)))))))))..))))))..--.----------------.. ( -39.40) >DroMoj_CAF1 17357 108 + 1 GCAAAAUAAUGCCAAAUUCGUGGACAACAUGCGCUCGAUCCACGAGCGUUUGAUAUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGCGCCUUGCCGCCAACGGGCUCUACACAUA--AUC----------A (((......))).......(((.....((.(((((((.....))))))).))..........(((((...((.((((......)))).))..))))).)))...--...----------. ( -33.40) >DroAna_CAF1 15833 100 + 1 ACAGAAUAUGGCCAGAUUGGUGGCCUGCAUCCUCUCGAUCCAGGAGCGUUUGAUGUCAUUGGAGAGCAAGGUAGGAGCCUUGCCACCAACAGGCUCUAG--A------------------ ......((.((((.(.((((((((..((.(((((((..(((((..((((...))))..)))))..)...)).))))))...))))))))).)))).)).--.------------------ ( -34.40) >consensus ACAGAAUAAAGCCAAAUUGGUGGACAGCAUGCGUUCGAUCCAAGAGCGUUUGAUGUCAUUGGAGAGCAGAGUGGGAGCCUUACCGCCAACGGGCUCUAC__AUA____C__________A .(((......(((.....))).((((.((..(((((.......)))))..)).)))).))).(((((...((.((((......)))).))..)))))....................... (-21.60 = -22.80 + 1.20)
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