Locus 5465

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,600,975 – 17,601,090
Length 115
Max. P 0.593694
window8721

overview

Window 1

Location 17,600,975 – 17,601,090
Length 115
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.38
Mean single sequence MFE -49.87
Consensus MFE -29.53
Energy contribution -29.37
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.92
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.593694
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17600975 115 + 20766785
GGUGGUGCUGUAGUGCGCUGUGCCUCUCUGGCGAUUUGGGAAACGACCCGGAUUGCUGGGUGUGGUUGUG---CCCACAUGGGCAUUUGUGCCAUGAUCGGCCGGUCCAUCGUUAUUU
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>DroSec_CAF1 15736 115 + 1
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>DroEre_CAF1 17299 115 + 1
GGUGGUGCUGUAGUGCGCUGUGCCUCUCUGGCGGUUUGGGAAACGACCCGGAUUGCUGGUUGUGGUUGUG---CCCACAUGGGCAUUGGUGCCGUGAUCAGCCGGCCCAUCGUUGUGG
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>DroWil_CAF1 17542 117 + 1
CGUGGUGCUAUAGUGAGCUGUUCCCCUCUGGCGAUUUGGGAACCUUCCUGGAUUUCUAGGCGUAGUGGUGCUACCCACAUGUGCAUUGGUGCCAUGGGCACUUGGUG-GUCCUUCUGG
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>DroYak_CAF1 17053 115 + 1
UGUGGUGCUGUAGUGCGCUGUGCCUCUCUGGCGGUUUGGGAAACGACCCAGAUUGCUGGGCGUGGUUGUG---CCCACAUGCGCGUUGGUGCCAUGGUCAGCCGGCCCAUCGUUGUGG
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>DroAna_CAF1 16486 115 + 1
GGUGGUGCUGUAGUGGGCGGUGCCGCGUUGGCGGUUGGGAAAACGUCCCGGGUUGCUUGGCGUGGUGCUG---CCCACAUGGGCAUUGGUGCCGUGCUCCACGGGCGGAUGGCUUUGU
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>consensus
GGUGGUGCUGUAGUGCGCUGUGCCUCUCUGGCGAUUUGGGAAACGACCCGGAUUGCUGGGCGUGGUUGUG___CCCACAUGGGCAUUGGUGCCAUGAUCAGCCGGCCCAUCGUUGUGG
.((((.((((......((..(((((....(((((((((((......))))))))))))))))..))...........((((.(((....)))))))......))))))))........ (-29.53 = -29.37 +  -0.16)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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