Locus 539

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,840,925 – 2,841,021
Length 96
Max. P 0.696742
window1007

overview

Window 7

Location 2,840,925 – 2,841,021
Length 96
Sequences 6
Columns 110
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 74.44
Mean single sequence MFE -41.23
Consensus MFE -9.85
Energy contribution -11.02
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.59
Structure conservation index 0.24
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.696742
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2840925 96 - 20766785
GG--GUCUGAUGCUGAA-AAAACCGCUCCGAGGGCUUCCAAGAAGC--CCAUUAACUGGGCCUGG-------AUGUCCGGAGAGUUGGUU-UGGC-GAUCGGGAUCCCGA
((--(((((((((..((-..(((..((((..((((.((((....((--(((.....))))).)))-------).)))))))).)))..))-..))-.))))))..))).. ( -42.40)
>DroSec_CAF1 8374 97 - 1
GG--GUCUGAUGCUGGA-AAUACCGCUUCGAGGGCUUCCAAGAAGC--CCAUUAACUGGGCCUGG-------AUGUCCGGAGAGUUGGUU-UUGGUUUUCGAGACCCCGA
((--((((((.((..((-...((((.(((..((((.((((....((--(((.....))))).)))-------).))))...))).)))))-)..))..)).))))))... ( -40.10)
>DroSim_CAF1 7055 96 - 1
GG--GUCUGAUGCUGGA-AAUACCGCUCCGAGGGCUUCCAAGAAGC--CCAUUAACUGGGCCUGG-------AUGUCCGGAGAGUUGGUU-UUGC-GAUCGAGACCCCGA
((--(((((((((....-...(((((((...((((.((((....((--(((.....))))).)))-------).))))...))).)))).-..))-.))).))))))... ( -39.80)
>DroEre_CAF1 7099 96 - 1
GG--GUCUGAAGCUGAA-AGUACCGCUCCGAGGGCUUCCAAAAAGU--CCAUUUACUGGACCUGG-------AUGUCCGAAGAGUUGGUU-UUGG-GAUCGAGACCCCGA
((--((((((..(..((-...(((((((...((((.((((....((--(((.....))))).)))-------).))))...))).)))))-)..)-..)).))))))... ( -37.10)
>DroYak_CAF1 6090 97 - 1
GG--UUCUGAUGCUCAA-AAUACCGCUCCGAGGUCUUCCAAAAAGU--CCAUUUACUGGCACUGG-------AUGCCUGAAGAGUGGGUUUUUGG-GAUCGAGACCCCGA
((--(..((((.(((((-((..((((((..((((..((((....((--(((.....))).)))))-------).))))...))))))..))))))-)))))..))).... ( -36.00)
>DroPer_CAF1 14099 101 - 1
GACAGCCUGAGCCCAAAGAAUGCCGCUCCAUGGG-------GCAGCCGCCGUUCUCCGAUCCUGGGCGGGGGCUGUCGGGUGGAGAGGCA-UCCG-GAUCGGGUCCCCCC
....((((((..((...((.((((.((((((..(-------((((((.((((((.........)))))).)))))))..)))))).))))-)).)-).))))))...... ( -52.00)
>consensus
GG__GUCUGAUGCUGAA_AAUACCGCUCCGAGGGCUUCCAAGAAGC__CCAUUAACUGGGCCUGG_______AUGUCCGGAGAGUUGGUU_UUGG_GAUCGAGACCCCGA
....((((((...........(((((((...((((((.....))))..)).....((((((.............)))))).)))).))).........)).))))..... ( -9.85 = -11.02 +   1.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 09:41:14 2006