Locus 5366

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,332,400 – 17,332,520
Length 120
Max. P 0.637262
window8571

overview

Window 1

Location 17,332,400 – 17,332,520
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 71.83
Mean single sequence MFE -47.75
Consensus MFE -23.91
Energy contribution -23.92
Covariance contribution 0.00
Combinations/Pair 1.61
Mean z-score -1.61
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 0.21
SVM RNA-class probability 0.637262
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17332400 120 + 20766785
AAGGUUAAUGGUGUUGCAACCAUCGGCGGAACUGCAGACGCGGCACGUCCUGGAAUCGGAGGGAUCUGAGCAGGUGAGUGAUGAACUGCAUCCUCGGUGCGUAAUGCCAUUCAACAAUGU
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>DroVir_CAF1 37541 120 + 1
CAAAUCGAUUGUGUUGCAAGCAUUGUCACUGCUGCAGACGCGGCAGGUGCUGGUAUUGCUGGGAUCCGUGCAGCUUAAGCUGGAGCUACAGCCGCGAUAGGUGACAUCGUUCUUCAACGU
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>DroPse_CAF1 56217 120 + 1
CAAAUCGAUGGUGUUGCAUCCGUUGGCGCCGCUGCAGAUGCGGCAAGUGCGGGAGUCACUGGGGUCCGAGCAGCUCAGGCUGGAGCCGCAGCCCCUGUGGGUCACGCCGUCGAGCAGGGU
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>DroGri_CAF1 32334 117 + 1
CAAGUCGAUGGUGUUGCAGGCAUUGUCG---CUGCAGAUGCGGCAGGUGUUCGAAUCACUGGGAUCCGAGCAGCUCAAGCUGGAGCCACAACCGCGAUGGGUGAUAUCAUUUACCAAAGU
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>DroMoj_CAF1 41685 120 + 1
CAGGUUGAUCGUGUUGCAGUCAUUGCCGCUGCUGCAGACGCGACAGGUGCUCGGAUUGCUGGGAUCCGAGCAGCUCAAGCUGGAGCUGCAGCCGCGAUAGGUCACCUCAUUGAGCAGCGU
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>DroAna_CAF1 36180 120 + 1
UAGGUUGACGGUGUUGCAGCCAUCCAAGGCACUGCAGAUGCGACAGGUGCGUGGAUCCGAGGGAUCGGAGCAGCUCAGGGUGGAGUUGCAGCCUCGAUGAGUUACACCGUCGACCAAAGU
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>consensus
CAAGUCGAUGGUGUUGCAGCCAUUGGCGCCGCUGCAGACGCGGCAGGUGCUGGAAUCGCUGGGAUCCGAGCAGCUCAAGCUGGAGCUGCAGCCGCGAUGGGUCACACCAUUGACCAAAGU
......((((((((..(...((((((.((..((((....))))..........................(((((((......))))))).)).)))))).)..))))))))......... (-23.91 = -23.92 +   0.00)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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