Locus 5365

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,329,012 – 17,329,132
Length 120
Max. P 0.738350
window8570

overview

Window 0

Location 17,329,012 – 17,329,132
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.53
Mean single sequence MFE -50.57
Consensus MFE -33.99
Energy contribution -37.63
Covariance contribution 3.64
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -2.72
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.44
SVM RNA-class probability 0.738350
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17329012 120 - 20766785
ACUGUUUCGCCAAGUAUGCCACUGAUGGUAAGGUGGAGCUGAUGGGUUGUGCCAGUAGCCAGAAUGAGUCCAGCUUGGAGCAAUGGCAGGAGGGCAAUCUGUUGUAUUCCUGCCAGGGCA
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>DroPse_CAF1 52830 117 - 1
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>DroSec_CAF1 44796 120 - 1
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>DroSim_CAF1 47198 120 - 1
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>DroYak_CAF1 24561 120 - 1
ACUGUUUCGCCAAGUAUGCUACUGAUGGCGGUUUGGAGCUGAUGGGUUGUGCCAGUAGCCAGAAUGACUCCAGCUUGGAGCAAUGGCAGCAGGGCAAUCUGUUGUACUCCUGCCAAGGCA
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>DroPer_CAF1 52011 117 - 1
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>consensus
ACUGUUUCGCCAAGUACGCCACUGAUGGCAAGGUGGAGCUGAUGGGUUGUGCCAGUAGCCAGAAUAGCUCCAGCUUGGAGCAGUGGCAGGAGGGCAAUCUGUUGUACUCCUGCCAGGGCA
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alignment

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secondary structure

Postscript

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