Locus 536

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	2,834,371 – 2,834,551
Length	180
Max. P	0.822149

overview

Window 2

Location	2,834,371 – 2,834,491
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	90.72
Mean single sequence MFE	-46.77
Consensus MFE	-40.30
Energy contribution	-39.67
Covariance contribution	-0.63
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-1.58
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	0.26
SVM RNA-class probability	0.657510
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2834371 120 + 20766785
CCUCCGUAGUUUCCGCGUGGUCCGUGGUCACGAUCGCACUCUGCCUCUGAGAUCUCAUUACUCUCCUUGGAGUCGUUGAAUGAGGAGUUGCUCAUGUCGUGGUUGCGUGGUGGUGGUGGU
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>DroVir_CAF1 31237 120 + 1
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>DroWil_CAF1 1770 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 40363 120 + 1
CCGCCAUAGUUGCCGCGUGGUCCAUGAUCGCGGUCGCAUUCGGCCUCUGAGAUCUCAUUGCUCUCCUUGGAGUCGUUGAACGAGGAGUUGCUCAUGUCGUGAUUACGUGGUGGUGGUGGA
(((((((....((((((((((((..((((.(((..((.....))..))).)))).(((.((.(((((((...........)))))))..))..)))..).))))))))))).))))))). ( -50.00)
>DroAna_CAF1 971 120 + 1
CCGCCAUAGUUGCCACGGGGUCCAUGAUCGCGAUCGCACUCGGCCUCUGAGAUCUCGUUACUCUCCUUGGAGUCGUUGAAUGAGGAGUUGCUCAUGUCGUGGUUACGUGGUGGUGGUGGU
(((((((....((((((..(.(((((((.(((((....(((((...))))).(((((((...(((....)))......))))))).)))))....))))))))..)))))).))))))). ( -47.10)
>DroPer_CAF1 7350 120 + 1
CCGCCAUAGUGGCCGCGUGGUCCGUGAUCGCGGUCGCACUCAGCCUCUGAGAUCUCGUUGCUCUCCUUGGAGUCGUUGAAUGAGGAGUUGCUCAUGUCAUGGUUGCGUGGUGGCGGUGGU
..(((((.((.((((((..(.(((((((...(((.((.(((((...))))).(((((((((.(((....)))..))..))))))).)).)))...))))))))..)))))).)).))))) ( -50.60)
>consensus
CCGCCAUAGUUGCCGCGUGGUCCAUGAUCGCGAUCGCACUCGGCCUCUGAGAUCUCGUUGCUCUCCUUGGAGUCGUUGAAUGAGGAGUUGCUCAUGUCAUGGUUACGUGGUGGUGGUGGU
(((((((....(((((((((.(((((((.((((((...(((((...)))))..(((((((((((....))))).....)))))))).))))....)))))))))))))))).))))))). (-40.30 = -39.67 +  -0.63)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	2,834,451 – 2,834,551
Length	100
Sequences	6
Columns	105
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	78.06
Mean single sequence MFE	-34.08
Consensus MFE	-24.01
Energy contribution	-23.43
Covariance contribution	-0.58
Combinations/Pair	1.19
Mean z-score	-1.44
Structure conservation index	0.70
SVM decision value	0.68
SVM RNA-class probability	0.822149
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2834451 100 + 20766785
UGAGGAGUUGCUCAUGUCGUGGUUGCGUGGUGGUGGUGGUGGAGGCUCGGGUGAUCCAUUGCCAGGAUUGCGAGCAGAGCCUG-----UGGUUCAAGUUAAGAGU
..(((..((((((.....((....))(..((..(((..(((((.((....))..)))))..)))..))..)))))))..))).-----................. ( -34.90)
>DroVir_CAF1 31317 97 + 1
CGAGGAGUUGCUCAUGUCAUGGUUACGUGGUGGUGGUGGAGGUGGCUCAGGCGAGCCAUUGCCUGGAUUGCGUGCAGAGCCUG-----CGGAAAUA---GGAUUU
(((((..((((.(....((((....))))(..((...((..(((((((....)))))))..))...))..)).))))..))).-----))......---...... ( -34.30)
>DroPse_CAF1 1158 100 + 1
UGAGGAGUUGCUCAUGUCAUGGUUGCGUGGUGGCGGUGGUGGAGGCUCGGGCGAGCCAUUUCCAGGAUUGCGAGCAGAGCCUG-----GCGAUCAUGCAGAAAGA
..(((..((((((.(..((((....))))..)(((((..(((((((((....)))))...))))..)))))))))))..))).-----((......))....... ( -37.50)
>DroWil_CAF1 1850 97 + 1
UGAGGAGUUGCUCAUAUCAUGAUUACGUGGUGGCGGUGGUGGUGGCUCAGGUGAACCAGUGCCAGGAUUACGGGCAGAACCUAAA---UAGAUUUCCCUA-----
..(((..((((((.(((((((....)))))))...(((((..((((.(.((....)).).))))..)))))))))))..)))...---............----- ( -31.60)
>DroMoj_CAF1 40443 100 + 1
CGAGGAGUUGCUCAUGUCGUGAUUACGUGGUGGUGGUGGAGGUGGCUCAGGUGAACCAUUGCCUGGAUUGCGUGCAGAACCUA--ACACAUAUUAA---GAAUAU
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>DroPer_CAF1 7430 100 + 1
UGAGGAGUUGCUCAUGUCAUGGUUGCGUGGUGGCGGUGGUGGAGGCUCGGGCGAGCCAUUUCCAGGAUUGCGAGCAGAGCCUG-----GCGAUCAUGCAGAAAGA
..(((..((((((.(..((((....))))..)(((((..(((((((((....)))))...))))..)))))))))))..))).-----((......))....... ( -37.50)
>consensus
UGAGGAGUUGCUCAUGUCAUGGUUACGUGGUGGCGGUGGUGGAGGCUCAGGCGAGCCAUUGCCAGGAUUGCGAGCAGAGCCUG_____CAGAUCAAGC_GAAAGU
..(((..((((((.(..((((....))))..)(((((..((((((.((....)).))...))))..)))))))))))..)))....................... (-24.01 = -23.43 +  -0.58)

alignment

secondary structure

dotplot

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