Locus 5340

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	17,279,622 – 17,279,812
Length	190
Max. P	0.993118

overview

Window 9

Location	17,279,622 – 17,279,732
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	77.35
Mean single sequence MFE	-34.65
Consensus MFE	-19.27
Energy contribution	-20.63
Covariance contribution	1.36
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.24
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	1.26
SVM RNA-class probability	0.937589
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17279622 110 + 20766785
UCCG--UUUGU------GUGUGUGUGUCCUGCAGCCAAUAAGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGACUAUAUAUGGGUAU
((((--(((((------(..((.(((((..(((((((....((((....))))((((((....)))))--)...........)))))))..))))).))..)))))......)))))... ( -39.10)
>DroPse_CAF1 4736 99 + 1
---------AU------GCGUGUGCGUCCUGCAGCCAAUAAGUUGCUAGCAGCCGUUGCCACUGCAGCACAAAUAUCCUU----GUCACAUGACAUUUAUGCACAUUCGUGU--GUGUGU
---------((------(.((((((((.((((((.((((..((((....)))).))))...)))))).)).........(----(((....)))).....)))))).)))..--...... ( -28.90)
>DroSec_CAF1 2660 118 + 1
UCCGCUUGUGUGUUUGUGUGUGUGUAUCCUGCAACCAAUAAGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUACCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAU
..(((.((..((.(((((..(((((.....(((((......)))))(((((((((((((....)))))--(((......))).))))).)))))))..)..))))).))..)).)))... ( -35.70)
>DroSim_CAF1 4629 110 + 1
--CGCUUGUGU------GUGUGUGUGUCCUGCAGCCAAUAAGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAU
--.(((.(((.------.((...(((((..(((((((....((((....))))((((((....)))))--)...........)))))))..))))).))..))))))............. ( -37.70)
>DroEre_CAF1 1014 95 + 1
UGC------GU------GUGUGUGUGUCCUGCAGCCAAUAAGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGU----------AUGUGUA-
.((------((------(..((.(((((..(((((((....((((....))))((((((....)))))--)...........)))))))..))))).))..)----------))))...- ( -37.60)
>DroPer_CAF1 4782 99 + 1
---------AU------GCGUGUGCGUCCUGCAGCCAAUAAGUUGCUAGCAGCCGUUGCCACUGCAGCACAAAUAUCCUU----GUCACAUGACAUUUAUGCACAUUCGUGU--GUGUGU
---------((------(.((((((((.((((((.((((..((((....)))).))))...)))))).)).........(----(((....)))).....)))))).)))..--...... ( -28.90)
>consensus
__C______GU______GUGUGUGUGUCCUGCAGCCAAUAAGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC__GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAU
.................(((((.(((((..(((((......)))))..(((((((((((....)))))..(((......))).))))))..))))).))))).................. (-19.27 = -20.63 +   1.36)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	17,279,622 – 17,279,732
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	77.35
Mean single sequence MFE	-30.22
Consensus MFE	-20.79
Energy contribution	-21.02
Covariance contribution	0.23
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.87
Structure conservation index	0.69
SVM decision value	1.32
SVM RNA-class probability	0.942065
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17279622 110 - 20766785
AUACCCAUAUAUAGUCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACUUAUUGGCUGCAGGACACACACAC------ACAAA--CGGA
....((.......(.....).....((((..((((((((.((((.....)--((((((.((....))..))).)))..))).))))))))..)))).......------.....--.)). ( -30.90)
>DroPse_CAF1 4736 99 - 1
ACACAC--ACACGAAUGUGCAUAAAUGUCAUGUGAC----AAGGAUAUUUGUGCUGCAGUGGCAACGGCUGCUAGCAACUUAUUGGCUGCAGGACGCACACGC------AU---------
......--....(..(((((.....((((....)))----).........((.((((((((....).((.....)).........))))))).)))))))..)------..--------- ( -29.60)
>DroSec_CAF1 2660 118 - 1
AUACACAUACAUAGCCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGGUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACUUAUUGGUUGCAGGAUACACACACACAAACACACAAGCGGA
.........(((((((((.......(((((.(((((..(((......)))--)))))..)))))))))))).))((((((....)))))).............................. ( -30.01)
>DroSim_CAF1 4629 110 - 1
AUACACAUACAUAGCCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACUUAUUGGCUGCAGGACACACACAC------ACACAAGCG--
.........................((((..((((((((.((((.....)--((((((.((....))..))).)))..))).))))))))..)))).......------.........-- ( -30.60)
>DroEre_CAF1 1014 95 - 1
-UACACAU----------ACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACUUAUUGGCUGCAGGACACACACAC------AC------GCA
-.......----------.......((((..((((((((.((((.....)--((((((.((....))..))).)))..))).))))))))..)))).......------..------... ( -30.60)
>DroPer_CAF1 4782 99 - 1
ACACAC--ACACGAAUGUGCAUAAAUGUCAUGUGAC----AAGGAUAUUUGUGCUGCAGUGGCAACGGCUGCUAGCAACUUAUUGGCUGCAGGACGCACACGC------AU---------
......--....(..(((((.....((((....)))----).........((.((((((((....).((.....)).........))))))).)))))))..)------..--------- ( -29.60)
>consensus
AUACACAUACAUAGACGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC__GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACUUAUUGGCUGCAGGACACACACAC______AC______G__
.........................((((..((((((((.(((.........((((((.((....))..))).)))..))).))))))))..))))........................ (-20.79 = -21.02 +   0.23)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	17,279,654 – 17,279,772
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	73.87
Mean single sequence MFE	-38.28
Consensus MFE	-15.63
Energy contribution	-19.57
Covariance contribution	3.93
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.57
Structure conservation index	0.41
SVM decision value	1.84
SVM RNA-class probability	0.979354
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17279654 118 + 20766785
AGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGACUAUAUAUGGGUAUGGGUAUGGGUAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGC
...((((.(((((((((((....)))))--(((......))).)))))).....(((((((((......)))))))))...))))..((.(((((((.(((....))).))))))))).. ( -38.70)
>DroPse_CAF1 4761 99 + 1
AGUUGCUAGCAGCCGUUGCCACUGCAGCACAAAUAUCCUU----GUCACAUGACAUUUAUGCACAUUCGUGU--GUGUGUGUCC-----UUCCUAC---------UG-CUGCACGUUGGC
.((((....))))....(((((((((((((((......))----)).....(((((.(((((((....))))--))).))))).-----.......---------.)-))))).).)))) ( -30.90)
>DroSec_CAF1 2700 113 + 1
AGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUACCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAUGUGC-----GAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGC
......(((((((((((((....)))))--(((......))).))))).)))((((.((((((((....)))))))).))))((-----((((((((.(((....))).)))))).)))) ( -43.60)
>DroSim_CAF1 4661 113 + 1
AGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAUGUGC-----GAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGC
......(((((((((((((....)))))--(((......))).))))).)))((((.((((((((....)))))))).))))((-----((((((((.(((....))).)))))).)))) ( -43.60)
>DroEre_CAF1 1042 96 + 1
AGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC--GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGU----------AUGUGUA------------UGUGCGCGCAUGUGUGCGUGCACAUUGGC
....(((((((((((((((....)))))--(((......))).))))))...((((......----------..))))(------------((((((((((....))))))))))))))) ( -42.00)
>DroPer_CAF1 4807 99 + 1
AGUUGCUAGCAGCCGUUGCCACUGCAGCACAAAUAUCCUU----GUCACAUGACAUUUAUGCACAUUCGUGU--GUGUGUGUCC-----UUCCUAC---------UG-CUGCACGUUGGC
.((((....))))....(((((((((((((((......))----)).....(((((.(((((((....))))--))).))))).-----.......---------.)-))))).).)))) ( -30.90)
>consensus
AGUUGCCAGCAGCCGUUGCCAUUGCAGC__GAAUAUCCUUUCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAUGUGC_____UAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGC
......(((((((((((((....)))))..(((......))).)))))).))((((.((((((((....)))))))).)))).........((((((.(((....))).))))))..... (-15.63 = -19.57 +   3.93)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	17,279,654 – 17,279,772
Length	118
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	73.87
Mean single sequence MFE	-33.19
Consensus MFE	-14.94
Energy contribution	-16.25
Covariance contribution	1.31
Combinations/Pair	1.17
Mean z-score	-2.23
Structure conservation index	0.45
SVM decision value	1.28
SVM RNA-class probability	0.939893
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17279654 118 - 20766785
GCGAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUACCCAUACCCAUACCCAUAUAUAGUCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACU
((((((((((..(((....)))..))))))..........(((......)))..)))).......((((((.(((((.(((......)))--(((.....)))...)))))))))))... ( -32.20)
>DroPse_CAF1 4761 99 - 1
GCCAACGUGCAG-CA---------GUAGGAA-----GGACACACAC--ACACGAAUGUGCAUAAAUGUCAUGUGAC----AAGGAUAUUUGUGCUGCAGUGGCAACGGCUGCUAGCAACU
.......(((((-((---------((.(...-----.(...(((.(--((((((((((.(.....((((....)))----).).))))))))).))..))).)..).)))))).)))... ( -27.40)
>DroSec_CAF1 2700 113 - 1
GCGAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUC-----GCACAUACACAUACAUAGCCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGGUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACU
((((.(((((..(((....)))..)))))))-----))...........(((((((((.......(((((.(((((..(((......)))--)))))..)))))))))))).))...... ( -37.71)
>DroSim_CAF1 4661 113 - 1
GCGAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUC-----GCACAUACACAUACAUAGCCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACU
((((.(((((..(((....)))..)))))))-----))...........(((((((((.......(((((.(((((..(((......)))--)))))..)))))))))))).))...... ( -37.71)
>DroEre_CAF1 1042 96 - 1
GCCAAUGUGCACGCACACAUGCGCGCACA------------UACACAU----------ACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC--GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACU
(((.((((((.((((....)))).)))))------------)......----------............(((((((.(((......)))--(((.....)))...)))))))))).... ( -36.70)
>DroPer_CAF1 4807 99 - 1
GCCAACGUGCAG-CA---------GUAGGAA-----GGACACACAC--ACACGAAUGUGCAUAAAUGUCAUGUGAC----AAGGAUAUUUGUGCUGCAGUGGCAACGGCUGCUAGCAACU
.......(((((-((---------((.(...-----.(...(((.(--((((((((((.(.....((((....)))----).).))))))))).))..))).)..).)))))).)))... ( -27.40)
>consensus
GCCAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUA_____GCACAUACACAUACAUAGACGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGAAAGGAUAUUC__GCUGCAAUGGCAACGGCUGCUGGCAACU
.....(((((..((......))..)))))....................................(((((.((((((.(((......)))..(((.....)))...)))))))))))... (-14.94 = -16.25 +   1.31)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	17,279,692 – 17,279,812
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.51
Mean single sequence MFE	-31.77
Consensus MFE	-16.65
Energy contribution	-17.29
Covariance contribution	0.64
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.18
Structure conservation index	0.52
SVM decision value	1.51
SVM RNA-class probability	0.960445
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17279692 120 + 20766785
UCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGACUAUAUAUGGGUAUGGGUAUGGGUAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGCUGCAGUAACAACUUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGCG
.......((.((((((((.(((....((((((....))))))(((.(.(.(((((((.(((....))).))))))).).)))).....................))).)))))))).)). ( -31.80)
>DroPse_CAF1 4801 99 + 1
----GUCACAUGACAUUUAUGCACAUUCGUGU--GUGUGUGUCC-----UUCCUAC---------UG-CUGCACGUUGGCUGCAACUACAACUUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGUG
----..(((.((((((((((((((((....))--))))))....-----.......---------.(-((....((((..........))))....))).........)))))))).))) ( -23.80)
>DroSec_CAF1 2738 115 + 1
UCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAUGUGC-----GAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGCUGCAGUAACAACAUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGCG
.......((.((((((((.(((..((((((((.(((...(((((-----((((((((.(((....))).)))))).)))).)))...)))))))..))))....))).)))))))).)). ( -39.70)
>DroSim_CAF1 4699 115 + 1
UCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAUGUGC-----GAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGCUGCAGUAACAACUUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGCG
.......((.((((((((.(((..((((.((..(((...(((((-----((((((((.(((....))).)))))).)))).)))...)))...)).))))....))).)))))))).)). ( -37.30)
>DroEre_CAF1 1080 98 + 1
UCUGGCUGCCUGACAUUUAUGU----------AUGUGUA------------UGUGCGCGCAUGUGUGCGUGCACAUUGGCUGCAGUAACAACUUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGCG
.......((.((((((((.(((----------(((((((------------((..(((....)))..))))))))).((((..(((....)))...))))....))).)))))))).)). ( -34.20)
>DroPer_CAF1 4847 99 + 1
----GUCACAUGACAUUUAUGCACAUUCGUGU--GUGUGUGUCC-----UUCCUAC---------UG-CUGCACGUUGGCUGCAACUACAACUUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGUG
----..(((.((((((((((((((((....))--))))))....-----.......---------.(-((....((((..........))))....))).........)))))))).))) ( -23.80)
>consensus
UCUGGCUGCCUGACAUUUAUGUACGGCUAUGUAUGUGUAUGUGC_____UAUGUGCGAGCAUGUGUGCGUGCACAUUCGCUGCAGUAACAACUUAAAGCUUUUAAUAAAAAUGUCAAGCG
......(((.((((((((.................................((((((.(((....))).))))))...(((...............))).........)))))))).))) (-16.65 = -17.29 +   0.64)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	17,279,692 – 17,279,812
Length	120
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.51
Mean single sequence MFE	-29.58
Consensus MFE	-21.59
Energy contribution	-21.57
Covariance contribution	-0.03
Combinations/Pair	1.13
Mean z-score	-2.88
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	2.37
SVM RNA-class probability	0.993118
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17279692 120 - 20766785
CGCUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAAGUUGUUACUGCAGCGAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUACCCAUACCCAUACCCAUAUAUAGUCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGA
.(((((((((((....((...(((.((.(((((....)))))..((((((..(((....)))..))))))...................)).)))..))...)))))))))))....... ( -30.00)
>DroPse_CAF1 4801 99 - 1
CACUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAAGUUGUAGUUGCAGCCAACGUGCAG-CA---------GUAGGAA-----GGACACACAC--ACACGAAUGUGCAUAAAUGUCAUGUGAC----
(((.((((((((..........((((..((((((((((....)))).)))))-).---------....)))-----)......(((--(......))))...)))))))).)))..---- ( -23.00)
>DroSec_CAF1 2738 115 - 1
CGCUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAUGUUGUUACUGCAGCGAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUC-----GCACAUACACAUACAUAGCCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGA
.(((((((((((....((...(((.((((((((....)))((((.(((((..(((....)))..)))))))-----))......)))))...)))..))...)))))))))))....... ( -35.70)
>DroSim_CAF1 4699 115 - 1
CGCUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAAGUUGUUACUGCAGCGAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUC-----GCACAUACACAUACAUAGCCGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGA
.(((((((((((....((...(((......(((...((..((((.(((((..(((....)))..)))))))-----)).))...))).....)))..))...)))))))))))....... ( -32.70)
>DroEre_CAF1 1080 98 - 1
CGCUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAAGUUGUUACUGCAGCCAAUGUGCACGCACACAUGCGCGCACA------------UACACAU----------ACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGA
.(((((((((((................(((((....)))))..((((((.((((....)))).)))))------------)......----------....)))))))))))....... ( -33.10)
>DroPer_CAF1 4847 99 - 1
CACUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAAGUUGUAGUUGCAGCCAACGUGCAG-CA---------GUAGGAA-----GGACACACAC--ACACGAAUGUGCAUAAAUGUCAUGUGAC----
(((.((((((((..........((((..((((((((((....)))).)))))-).---------....)))-----)......(((--(......))))...)))))))).)))..---- ( -23.00)
>consensus
CGCUUGACAUUUUUAUUAAAAGCUUUAAGUUGUUACUGCAGCCAAUGUGCACGCACACAUGCUCGCACAUA_____GCACAUACACAUACAUAGACGUACAUAAAUGUCAGGCAGCCAGA
.(((((((((((................(((((....)))))...(((((..((......))..))))).................................)))))))))))....... (-21.59 = -21.57 +  -0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

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