Locus 5309

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,225,719 – 17,225,839
Length 120
Max. P 0.655843
window8482

overview

Window 2

Location 17,225,719 – 17,225,839
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 75.17
Mean single sequence MFE -50.52
Consensus MFE -25.96
Energy contribution -25.27
Covariance contribution -0.69
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -1.74
Structure conservation index 0.51
SVM decision value 0.26
SVM RNA-class probability 0.655843
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17225719 120 + 20766785
GCGCGGGCCAAACAGCUGAGGGAUCAGGUCAAGGGUCACUUGCACACCAGCCGUAUGCUGGAUCACAUCACCAUCGAGCAGGGUGCCAGGGGCAGAAGCUACCAGCGGCUGUUUGGUCCG
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>DroVir_CAF1 35084 120 + 1
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>DroGri_CAF1 32099 120 + 1
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>DroMoj_CAF1 36826 120 + 1
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>DroAna_CAF1 24508 120 + 1
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>DroPer_CAF1 25425 120 + 1
ACCCGCGCCAAGCAGCUAAGGGAGCAGGUGAAGAGCCACUUGCAAAGCAGUCGGGUACUGGACCACAUCAGCAUCGAGCGCGAUUCGCGCGGCAAGAGCUACCAGCGCCUGUUCGGUGCC
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>consensus
GCGCGCGCCAAGCAGCUGAGGGAUCAGGUCAAGGGUCACUUGCACACCAGCAAGAUGCUGGACCACAUCACCAUCGAGCGGGAUGCAAGGGGCCGAAGCUACCAGCGGCUGCUCGGCGCC
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alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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