Locus 5300

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,206,772 – 17,206,866
Length 94
Max. P 0.757660
window8471

overview

Window 1

Location 17,206,772 – 17,206,866
Length 94
Sequences 6
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 87.49
Mean single sequence MFE -33.98
Consensus MFE -26.49
Energy contribution -27.20
Covariance contribution 0.71
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -2.76
Structure conservation index 0.78
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.757660
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17206772 94 - 20766785
GUGGAUGUCGAUGCCGAUGUCUCGUUGUCGUGCAUUUUGCGCUGAAUUCCUGGAUUUGGGUCAAGUGCAUGGC----AGUCCAUGGCUCAUGGCUGUU
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>DroSec_CAF1 6544 94 - 1
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>DroSim_CAF1 6517 94 - 1
GUGGAUGUCGAUGUCGAUGUCUCGUUGUCGUGCAUUUUGCGCUGAAUUCCUGGAUUUGGGUCAAGUGCAUGGC----AGCCCAUGGCUCAUGGCUGUU
..((((((((....)))))))).((((((((((((((.((.(..((((....))))..))).)))))))))))----)))(((((...)))))..... ( -38.50)
>DroEre_CAF1 6584 91 - 1
GUGGAUGUCGAUGUCGAUGUCUCGUUGUCGUGCAUUUUGCGCUGAAUUCCUGGAUUUGGGUCAAGUGCAUGGCUCAUG-------GCUCAUGGCUGUU
..((((((((....))))))))....(((((((((((.((.(..((((....))))..))).)))))))))))..(((-------((.....))))). ( -32.50)
>DroYak_CAF1 6528 98 - 1
GUGGAUGUCGAUGUCGAUGUCUCGUUGUCGUGCAUUUUGCGCUGAAUUCCUGGAUUUGGGUCAAGUGCAUGGCUCAUGGCUCAUGGCUCAUGGCUGUU
..((((((((....))))))))....(((((((((((.((.(..((((....))))..))).)))))))))))(((((((.....)).)))))..... ( -35.80)
>DroAna_CAF1 6576 77 - 1
GUGGAUGUGCCUGUCGAUGUC------UCGUGCAUUUUGCGCUGAAUU-CUGGAUUUGGGUCAAGUGCAUG--------------GCUUAUGGCAGUU
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>consensus
GUGGAUGUCGAUGUCGAUGUCUCGUUGUCGUGCAUUUUGCGCUGAAUUCCUGGAUUUGGGUCAAGUGCAUGGC____AGCCCAUGGCUCAUGGCUGUU
..((((((((....))))))))....(((((((((((.((.(..((((....))))..))).)))))))))))............((.....)).... (-26.49 = -27.20 +   0.71)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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