Locus 5276

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	17,153,067 – 17,153,280
Length	213
Max. P	0.987024

overview

Window 3

Location	17,153,067 – 17,153,174
Length	107
Sequences	6
Columns	116
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.39
Mean single sequence MFE	-29.60
Consensus MFE	-16.49
Energy contribution	-17.50
Covariance contribution	1.01
Combinations/Pair	1.33
Mean z-score	-2.43
Structure conservation index	0.56
SVM decision value	1.04
SVM RNA-class probability	0.905022
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17153067 107 + 20766785
CAAUUAAAUUGGUUUCUUGGAAUUGCGGA------UUGGAUAUUCAGCUUAAAGCGGUGAGCUCUAUUAAUAGAGUUCAUCGCAUCCACUAGGAACCU---UUGUUGACCUACUAA
((((......(((((((((((...(((((------(.....)))).)).....(((((((((((((....))))))))))))).))))..))))))).---..))))......... ( -36.70)
>DroSec_CAF1 20316 107 + 1
CAAUUAAAUUGGUUUCUUGGAAUUGCAGA------UUGGAUUAUCAGCUUAAAGCGGAGAAAUCUAUUAAUAGAGUUCAUCGCAUCCACCAGGAACCU---UUGUUGACCUACUAA
((((......(((((((((((...((.((------(......))).)).....(((..(((.((((....)))).)))..))).))))..))))))).---..))))......... ( -26.30)
>DroSim_CAF1 20709 107 + 1
CAAUUAAAUUGGUUUCUUGGAAUUGCAGA------UUGGAUUUUCAGCUUAAAGCGGUGAGAUCUAUUAAUAGAGUUCAUCGCAUCCACCAGGAACCU---UUGUUGACCUACUAA
((((......(((((((((((...((.((------........)).)).....((((((((.((((....)))).)))))))).))))..))))))).---..))))......... ( -29.50)
>DroEre_CAF1 21334 107 + 1
CAAUUAAAUUGGUUUCUUGGAAUUGCAGA------UUGGAUUUUCAGCUUAAAACGGGGAGCUCUAUUAAUAGGGUUCAUCGCAUCCACCAGGAACCA---UUGUUGACCUACUAA
((((.....((((((((((((..(((.((------........))..........(..((((((((....))))))))..))))))))..))))))))---..))))......... ( -27.90)
>DroYak_CAF1 20404 107 + 1
CAAUUAAAUUGGUUUCUUGGAAUCGCAGA------UUGGAUUUUCAGCUUAAAACGGGGAGCUCUAUUAAUAGAGUUCAACGCAUCCACCAGGAAUCU---UUGUUGACCUACUAA
...((((...((.(((((((....((.((------........)).))......((..((((((((....))))))))..))......))))))).))---...))))........ ( -26.10)
>DroAna_CAF1 25347 100 + 1
---------GGGCUUCUCGGAAUCGGAGACGCCAACUGGAUUUCCAGCUUACUAUUGG----CCUAUUAUUAGUGUCG---GUAUCUGCCAGAUUCCCGACCAAUUGACCCGCCAA
---------((((...(((((((((((((..((..((((....)))).........((----((((....))).))))---)..))).)).)))).))))......).)))..... ( -31.10)
>consensus
CAAUUAAAUUGGUUUCUUGGAAUUGCAGA______UUGGAUUUUCAGCUUAAAACGGGGAGCUCUAUUAAUAGAGUUCAUCGCAUCCACCAGGAACCU___UUGUUGACCUACUAA
((((......(((((((((((..............((((....))))......((((.(((.((((....)))).))).)))).))))..)))))))......))))......... (-16.49 = -17.50 +   1.01)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	17,153,174 – 17,153,280
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	74.26
Mean single sequence MFE	-30.71
Consensus MFE	-18.39
Energy contribution	-19.87
Covariance contribution	1.48
Combinations/Pair	1.43
Mean z-score	-2.05
Structure conservation index	0.60
SVM decision value	1.68
SVM RNA-class probability	0.971608
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17153174 106 + 20766785
A--UGAUAUAGAUACAAACACAGGACACU---CCAAAGGGAAUAUU------GAGAGAG-CGCGCGUGUCCUGUGACACUUUGUCAUCUAUAU--UCAAAUCCGAGAAAAAUCAGUUGGG
.--((((((((((((((((((((((((((---((....)))...((------....)).-.....))))))))))....))))).))))))).--)))...((((((....))..)))). ( -31.50)
>DroSec_CAF1 20423 109 + 1
A--UGAUAUAGAUACAAACACAGGACACUCUUCCAAUGGGAAUAUU------GAGAGCG-CGCGCGUGUCCUGUGACAAUUUGUCAUCUAUAU--UCAAAUCCGAGAAAAAUCAGUUGGG
.--(((((((((((((((((((((((((...(((((((....))))------).))((.-...))))))))))))....))))).))))))).--)))...((((((....))..)))). ( -34.50)
>DroSim_CAF1 20816 109 + 1
A--UGAUAUAGAUACAAACACAGGACACUCUUCCAAUGGGAAUAUU------GAGAGCG-CGCGCGUGUCCUGUGACAAUUUGUCAUCUAUAU--UCAAAUCCGAGAAAAAUCAGUUGGG
.--(((((((((((((((((((((((((...(((((((....))))------).))((.-...))))))))))))....))))).))))))).--)))...((((((....))..)))). ( -34.50)
>DroEre_CAF1 21441 110 + 1
A--AGAUAUACAUACAAGCCCGGGAAGCUCAUUCAACGAGAAUAUU------GAGAGCUACGCGCGUGUCCUGGGACAAUUUGUCAUUUAUAU--UCUAAUCCGACAAAAAUCAGUUGGG
.--.((((((.(((((((((((((((((((..((((........))------)))))))((....)).)))))))....))))).)).)))))--).....(((((........))))). ( -27.90)
>DroYak_CAF1 20511 95 + 1
A--AGACAUGGAUACAAACACAGGA---------------CAUAUU------GAGAGCGACGCGCGUGUCCUGUGACAAUUUGUCAUUUAUAU--UUAAAUCGGAGAAAAAUCAGUUGGG
.--.(((((((((((((((((((((---------------(((...------....(((...)))))))))))))....))))).))))))..--........((......)).)))... ( -21.01)
>DroAna_CAF1 25447 117 + 1
AGGUGACCUAGGUC---UCCCAGUUUCCUGUUCCCUGGGGAUUCUUCGUAAAAAUAGCUGGGCGCGUGGCGCAGGCCAAUUUGUCACCUGAGUCCUGAAAUCCGAGGAAAUCCAGUAGGA
(((((((...((((---(.((((((......(((....)))..............))))))((((...))))))))).....)))))))...((((........))))..(((....))) ( -34.85)
>consensus
A__UGAUAUAGAUACAAACACAGGACACUCUUCCAAUGGGAAUAUU______GAGAGCG_CGCGCGUGUCCUGUGACAAUUUGUCAUCUAUAU__UCAAAUCCGAGAAAAAUCAGUUGGG
.....(((((((((((((((((((((((...(((....)))...............((.....))))))))))))....))))).))))))))........................... (-18.39 = -19.87 +   1.48)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 5

Location	17,153,174 – 17,153,280
Length	106
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	74.26
Mean single sequence MFE	-30.78
Consensus MFE	-14.19
Energy contribution	-15.58
Covariance contribution	1.40
Combinations/Pair	1.31
Mean z-score	-2.58
Structure conservation index	0.46
SVM decision value	2.06
SVM RNA-class probability	0.987024
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17153174 106 - 20766785
CCCAACUGAUUUUUCUCGGAUUUGA--AUAUAGAUGACAAAGUGUCACAGGACACGCGCG-CUCUCUC------AAUAUUCCCUUUGG---AGUGUCCUGUGUUUGUAUCUAUAUCA--U
.....((((......))))...(((--.((((((((.((((....(((((((((((....-)......------.....(((....))---))))))))))))))))))))))))))--. ( -31.00)
>DroSec_CAF1 20423 109 - 1
CCCAACUGAUUUUUCUCGGAUUUGA--AUAUAGAUGACAAAUUGUCACAGGACACGCGCG-CGCUCUC------AAUAUUCCCAUUGGAAGAGUGUCCUGUGUUUGUAUCUAUAUCA--U
.....((((......))))...(((--.((((((((.((((....((((((((((((...-.))....------....((((....))))..)))))))))))))))))))))))))--. ( -35.00)
>DroSim_CAF1 20816 109 - 1
CCCAACUGAUUUUUCUCGGAUUUGA--AUAUAGAUGACAAAUUGUCACAGGACACGCGCG-CGCUCUC------AAUAUUCCCAUUGGAAGAGUGUCCUGUGUUUGUAUCUAUAUCA--U
.....((((......))))...(((--.((((((((.((((....((((((((((((...-.))....------....((((....))))..)))))))))))))))))))))))))--. ( -35.00)
>DroEre_CAF1 21441 110 - 1
CCCAACUGAUUUUUGUCGGAUUAGA--AUAUAAAUGACAAAUUGUCCCAGGACACGCGCGUAGCUCUC------AAUAUUCUCGUUGAAUGAGCUUCCCGGGCUUGUAUGUAUAUCU--U
.....(((((....)))))...(((--.((((....((((..((((....)))).((.((.(((((((------(((......)))))..)))))...)).))))))...)))))))--. ( -27.40)
>DroYak_CAF1 20511 95 - 1
CCCAACUGAUUUUUCUCCGAUUUAA--AUAUAAAUGACAAAUUGUCACAGGACACGCGCGUCGCUCUC------AAUAUG---------------UCCUGUGUUUGUAUCCAUGUCU--U
..................(((....--(((((((((((.....)))((((((((.(((...)))....------....))---------------))))))))))))))....))).--. ( -19.50)
>DroAna_CAF1 25447 117 - 1
UCCUACUGGAUUUCCUCGGAUUUCAGGACUCAGGUGACAAAUUGGCCUGCGCCACGCGCCCAGCUAUUUUUACGAAGAAUCCCCAGGGAACAGGAAACUGGGA---GACCUAGGUCACCU
(((....)))((((((.((..(((.((.(.(((((.(.....).))))).)))..((.....))............)))..)).))))))(((....)))((.---(((....))).)). ( -36.80)
>consensus
CCCAACUGAUUUUUCUCGGAUUUGA__AUAUAGAUGACAAAUUGUCACAGGACACGCGCG_CGCUCUC______AAUAUUCCCAUUGGAAGAGUGUCCUGUGUUUGUAUCUAUAUCA__U
.....((((......))))........(((((((((.((((....(((((((...((.....))...............(((....)))......))))))))))))))))))))..... (-14.19 = -15.58 +   1.40)

alignment

secondary structure

dotplot

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