Locus 5267

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,130,006 – 17,130,166
Length 160
Max. P 0.984427
window8416 window8417

overview

Window 6

Location 17,130,006 – 17,130,126
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 94.00
Mean single sequence MFE -42.38
Consensus MFE -34.00
Energy contribution -35.24
Covariance contribution 1.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.69
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.773331
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17130006 120 - 20766785
CAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGCAAUUUGGAUGCGGGAACCGCCAGCCAAAUUCGAGCGGAUCAAUUGCCACAGUCACAUCUGCUGGGAAGCAGCCAGGGUAGUCGGCAGGGGUUGU
.......(((((((..((((.(((..(((((((..((((...))))...)))))))..)))))))....((((((..((....(((((....)))))....))..)).))))))))))). ( -44.90)
>DroSec_CAF1 65897 120 - 1
CAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGUAAUUUGGAUGCGGGGACCGCCAGCCAAAUUCGUUCGGAUCAAUUGCCACAGUCACAUAUACUGGGCAGCAGCCAGGGUAGUCGGCAGGGGUUGU
.......(((((((..(((((((.(.(((((((..((((...))))...))))))))))).))))....((((.((((.......))))(((....))).........))))))))))). ( -40.40)
>DroSim_CAF1 56742 120 - 1
CAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGUAAUUUGGAUGCGGGGACCGCCAGCCAAAUUCGUUCGGAUCAAUUGCCACAGUCACAUCUACUGGGCAGCAGCCAGGGUAGUCGGCAGGGGUUGU
.......(((((((..(((((((.(.(((((((..((((...))))...))))))))))).))))....((((.((((.......))))(((....))).........))))))))))). ( -40.40)
>DroEre_CAF1 71419 120 - 1
CAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGCAAUUUGGAUGCGGGAAACGCCAGCCAAAUUCGCGCGGAUCCAUUGCCACAGUCACAUCUGCUGGCUAGCAGCCAGGGUAGUCGGCAGGGGUUGU
.......(((((((..((((.((.(((((((((..(((.....)))...))))))).))))))))((((((((.(((......)))(((((.....))))))))))).))..))))))). ( -47.70)
>DroYak_CAF1 73316 120 - 1
CAAUACUCAACUCCAAGUCCAGUUGCAAUUUGGAUGCAGGAACCGCCAGCCAAAUUCGCACGGAUCAAUUGCCACAGUCACAUCUGCUGGCUAGCAGCCAGGGUAGUCGGCAAGGGUUGU
.......((((.((..((((.((.(((((((((..((.(....)))...))))))).))))))))...(((((.(((......)))(((((.....))))).......))))))))))). ( -38.50)
>consensus
CAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGCAAUUUGGAUGCGGGAACCGCCAGCCAAAUUCGCGCGGAUCAAUUGCCACAGUCACAUCUGCUGGGCAGCAGCCAGGGUAGUCGGCAGGGGUUGU
.......(((((((..((((.((((.(((((((..(((.....)))...))))))))).))))))....((((((..((....(((((....)))))....))..)).))))))))))). (-34.00 = -35.24 +   1.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 17,130,046 – 17,130,166
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 95.67
Mean single sequence MFE -33.68
Consensus MFE -31.34
Energy contribution -31.22
Covariance contribution -0.12
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.65
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 1.97
SVM RNA-class probability 0.984427
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17130046 120 - 20766785
AUGAACAGUGGACUAAGUCAUUCCAACUAUAGCCUGGGCUCAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGCAAUUUGGAUGCGGGAACCGCCAGCCAAAUUCGAGCGGAUCAAUUGCCACAGUCA
.(((...((((....(((...(((......(((.((((((...............)))))))))(((((((((..((((...))))...)))))))...)))))...))).))))..))) ( -32.36)
>DroSec_CAF1 65937 120 - 1
AUGAACAGUGGACUAAGUCAUUCCAACUACAGCCUGGGCUCAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGUAAUUUGGAUGCGGGGACCGCCAGCCAAAUUCGUUCGGAUCAAUUGCCACAGUCA
.(((...((((....(((...((((((((((((.((((((...............))))))))))))((((((..((((...))))...))))))..))).)))...))).))))..))) ( -36.46)
>DroSim_CAF1 56782 120 - 1
AUGAACAGUGGACUAAGUCAUUCCAACUACAGCCUGGGCUCAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGUAAUUUGGAUGCGGGGACCGCCAGCCAAAUUCGUUCGGAUCAAUUGCCACAGUCA
.(((...((((....(((...((((((((((((.((((((...............))))))))))))((((((..((((...))))...))))))..))).)))...))).))))..))) ( -36.46)
>DroEre_CAF1 71459 120 - 1
AUGAACAGUGGACUAAGUCAUUCCAACUACAGCCUGGGCUCAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGCAAUUUGGAUGCGGGAAACGCCAGCCAAAUUCGCGCGGAUCCAUUGCCACAGUCA
.(((...((((....(((...(((......(((.((((((...............)))))))))(((((((((..(((.....)))...))))))).))..)))...))).))))..))) ( -33.66)
>DroYak_CAF1 73356 120 - 1
AUGAACAGUGGACUAAGUCAUUCCAACUACAGUCUGGGCUCAAUACUCAACUCCAAGUCCAGUUGCAAUUUGGAUGCAGGAACCGCCAGCCAAAUUCGCACGGAUCAAUUGCCACAGUCA
.(((...((((....(((...(((.........(((((((...............))))))).((((((((((..((.(....)))...))))))).))).)))...))).))))..))) ( -29.46)
>consensus
AUGAACAGUGGACUAAGUCAUUCCAACUACAGCCUGGGCUCAAUACUCAACUCCAAGUCCAGCUGCAAUUUGGAUGCGGGAACCGCCAGCCAAAUUCGCGCGGAUCAAUUGCCACAGUCA
.(((...((((....(((...(((.....(((.(((((((...............)))))))))).(((((((..(((.....)))...))))))).....)))...))).))))..))) (-31.34 = -31.22 +  -0.12)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

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