Locus 5263

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,128,225 – 17,128,345
Length 120
Max. P 0.663808
window8407 window8408

overview

Window 7

Location 17,128,225 – 17,128,345
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.08
Mean single sequence MFE -37.68
Consensus MFE -36.44
Energy contribution -36.12
Covariance contribution -0.32
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -1.10
Structure conservation index 0.97
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.646367
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17128225 120 + 20766785
AUGAUCCGGCCAGUCGGGAUACCAAUAGUGGUAGCAGUAGAUUUUCUGCAGGUGGUAGCUAGCACUCUGUGGCACACGAAUGCAAUAGAGCAGCACCAGCUUUCUCACCGAGUAACCAUU
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>DroSec_CAF1 64118 120 + 1
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...((((((.....))))))......((((((.((.((((.....)))).(((((.((((.((.((((((.(((......))).))))))..))...))))...)))))..)).)))))) ( -40.60)
>DroSim_CAF1 54963 120 + 1
AUGAUCCGGCCAGUCCGGAUACCAAUAGUGGUAGCAGUAGAUCUUCUGCAGGUGGUAGCUAGCACUCUGUGGCACACGAAUGCAAUAGAGCAGCACCAGCUUCCUCACCGAGUAACCAUU
...((((((.....))))))......((((((.((.((((.....)))).(((((.((((.((.((((((.(((......))).))))))..))...))))...)))))..)).)))))) ( -40.60)
>DroEre_CAF1 69646 120 + 1
AUGAUCCGGCCAGUCCGGAUACCAGUAGUGGUAGCAGUAGAUCUUUUGCAGGUGGUAGCUAGCACUCUGUGGCACACGGAUGCAAUAGAGCAGCACCAGCUUUCUCACCGAGUAACCAUU
...((((((.....))))))......((((((.((((........)))).(((((.((((.((.((((((.(((......))).))))))..))...))))...))))).....)))))) ( -37.90)
>DroYak_CAF1 71540 120 + 1
AUGAUCUGGCCAGUCAGGGUACCAAUAGUGGUAGCAGUAGAUCUUUUGCAGGUGGUAGCUAGCACUUUGUGGCACACGUAUGCAAUAGAGCAGCACCAGCUUCCUCACCGAGUAACCAUU
..(((((((((......)))((((....)))).....))))))..((((.(((((.((((.((.((((((.(((......))).))))))..))...))))...)))))..))))..... ( -31.50)
>consensus
AUGAUCCGGCCAGUCCGGAUACCAAUAGUGGUAGCAGUAGAUCUUCUGCAGGUGGUAGCUAGCACUCUGUGGCACACGAAUGCAAUAGAGCAGCACCAGCUUCCUCACCGAGUAACCAUU
...((((((.....))))))......((((((.((.((((.....)))).(((((.((((.((.((((((.(((......))).))))))..))...))))...)))))..)).)))))) (-36.44 = -36.12 +  -0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 8

Location 17,128,225 – 17,128,345
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.08
Mean single sequence MFE -38.18
Consensus MFE -35.62
Energy contribution -36.06
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.17
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.663808
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17128225 120 - 20766785
AAUGGUUACUCGGUGAGAAAGCUGGUGCUGCUCUAUUGCAUUCGUGUGCCACAGAGUGCUAGCUACCACCUGCAGAAAAUCUACUGCUACCACUAUUGGUAUCCCGACUGGCCGGAUCAU
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>DroSec_CAF1 64118 120 - 1
AAUGGUUACUCGGUGAGGAAGCUGGUGCUGCUCUAUUGCAUCCGUGUGCCACAGAGUGCUAGCUACCACCUGCAGAAGAUCUACUGCUACCACUAUUGGUAUCCGGACUGGCCGGAUCAU
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>DroSim_CAF1 54963 120 - 1
AAUGGUUACUCGGUGAGGAAGCUGGUGCUGCUCUAUUGCAUUCGUGUGCCACAGAGUGCUAGCUACCACCUGCAGAAGAUCUACUGCUACCACUAUUGGUAUCCGGACUGGCCGGAUCAU
..((((.....((((.(..(((((((...(((((...((((....))))...)))))))))))).))))).((((........)))).))))......(.((((((.....))))))).. ( -40.20)
>DroEre_CAF1 69646 120 - 1
AAUGGUUACUCGGUGAGAAAGCUGGUGCUGCUCUAUUGCAUCCGUGUGCCACAGAGUGCUAGCUACCACCUGCAAAAGAUCUACUGCUACCACUACUGGUAUCCGGACUGGCCGGAUCAU
.((((((...((((.((..(((....)))((......)).((((..(((((...((((.((((......((.....)).......)))).))))..)))))..)))))).)))))))))) ( -37.52)
>DroYak_CAF1 71540 120 - 1
AAUGGUUACUCGGUGAGGAAGCUGGUGCUGCUCUAUUGCAUACGUGUGCCACAAAGUGCUAGCUACCACCUGCAAAAGAUCUACUGCUACCACUAUUGGUACCCUGACUGGCCAGAUCAU
..((((((.((((.(.((.((((((..((((......))....(((...)))..))..)))))).))....(((..........)))(((((....)))))).)))).))))))...... ( -34.60)
>consensus
AAUGGUUACUCGGUGAGGAAGCUGGUGCUGCUCUAUUGCAUCCGUGUGCCACAGAGUGCUAGCUACCACCUGCAGAAGAUCUACUGCUACCACUAUUGGUAUCCGGACUGGCCGGAUCAU
..((((((.((((((.(..(((((((...(((((...((((....))))...)))))))))))).))))).((((........))))(((((....)))))....)).))))))...... (-35.62 = -36.06 +   0.44)

alignment

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