Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 2,808,967 – 2,809,075 |
Length | 108 |
Max. P | 0.834281 |
Location | 2,808,967 – 2,809,075 |
---|---|
Length | 108 |
Sequences | 6 |
Columns | 117 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.75 |
Mean single sequence MFE | -40.92 |
Consensus MFE | -23.52 |
Energy contribution | -22.88 |
Covariance contribution | -0.64 |
Combinations/Pair | 1.23 |
Mean z-score | -2.19 |
Structure conservation index | 0.57 |
SVM decision value | 0.73 |
SVM RNA-class probability | 0.834281 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2808967 108 + 20766785 ACCGUGAUGGGCAUGUC---CUCCACUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGACAGUUCGGAGA------GCCUUGGUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUGAUCUUCAUGACCGCCAAUCGA .(((..((((((((((.---........))))))))))(((....)))....))).((------....(((((.((((((((((.....))))).)))))....)))))....)).. ( -41.90) >DroVir_CAF1 1313 117 + 1 ACCGUGAUGGGCAUGUCCUCGUCCAGCUAUGUGCCCAUGUCCAUGGAGAGUGGUGAGGGACUUAGCCACGAUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUCAUCUUCAUGACAGCCAAUCGC ...(((((.(((...(((((......(((((..(....)..))))).....(((((((((..(((.......)))..))))).))))))))).(((((....))))).))).))))) ( -43.00) >DroGri_CAF1 1339 102 + 1 ACCGUCAUGGGUAUAUC---CUCCAGUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGACAGCG------------GCCACGAUCUGGAUCCCUCUACCGAGGAGGUCAUAUUCAUGACGGCAAAUCGC .(((((((((((((..(---(((((((..((.(((..((((....))))..)------------))))..).)))))..((((....)))).))..)))))))))))))........ ( -45.40) >DroWil_CAF1 22791 108 + 1 ACCGUCAUGGGCAUGUC---CUCGACUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGAUAGCGCAGAGA------GUUUAGAUUUGGAUCCCUCAACUGAGGAAGUCAUCUUUAUGACAGCCAAUCGC .((((((((((((((((---...)))....)))))))))...))))............------.....((((.((...((((....))))..(((((....)))))..)))))).. ( -31.70) >DroMoj_CAF1 1288 114 + 1 ACCGUUAUGGGCAUGUC---GUCGAGCUAUGUGCCCAUGUCCAUGGAUAGCGCUGCAGAUGCUAGCCACGAUCUUGAUCCCUCCACGGAGGAGGUCAUCUUUAUGACAGCCAAUCGC .........(((.((((---((((.(((((....((((....)))))))))(((((....)).)))..))))..(((((((((....)))).))))).......)))))))...... ( -38.20) >DroAna_CAF1 15505 108 + 1 ACGGUAAUGGGCAUGUC---CUCCACGUACGUGCCCAUGUCCAUGGACAGUUCCGAAG------GCAUCGGUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUGAUCUUCAUGACGGCGAAUCGC .((((.((((((((((.---(.....).))))))))))((((((((((((..((((..------...)))).)))(((((((((.....))))).))))))))))..)))..)))). ( -45.30) >consensus ACCGUCAUGGGCAUGUC___CUCCACUUAUGUGCCCAUGUCCAUGGACAGCGCUGAGG______GCCACGAUCUGGAUCCCUCCACCGAGGAGGUCAUCUUCAUGACAGCCAAUCGC ......((((((((((............))))))))))(((.(((((......................(((....)))(((((.....))))).....)))))))).......... (-23.52 = -22.88 + -0.64)
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