Locus 5238

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 17,047,196 – 17,047,356
Length 160
Max. P 0.967486
window8366 window8367 window8368

overview

Window 6

Location 17,047,196 – 17,047,316
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 90.75
Mean single sequence MFE -38.78
Consensus MFE -31.10
Energy contribution -31.74
Covariance contribution 0.64
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.695709
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17047196 120 + 20766785
ACGAUCCAGUCCAAGUGGGUCAUUACGUUUGUAAAGACAGUGGCUUUGGAGCAGUCCGCAUGUCCGAAACUGGUGACCCCAAACUGGAACACCAUUUGGACAUGGUCAUAGGUCACGAUG
..((((((.......)))))).....((((....)))).(((((((.(((....))).((((((((((..(((((..((......))..))))))))))))))).....))))))).... ( -40.70)
>DroSec_CAF1 140752 120 + 1
ACGAUCCAGUCCAAAUGGGCCAUUACGUUUGUAAAGACAGUGGCUUUGGAGCAGUCCUCAUGUCCGAAGCUGGUGACUCCAAACUGGAACACAGUUUGGACAUGGUCAUAUGUUACGAUG
(((.....((((....)))).....)))((((((.......(((((((((.((.......))))))))))).((((((((((((((.....)))))))))....)))))...)))))).. ( -38.90)
>DroSim_CAF1 149291 120 + 1
ACGAUCCAGUCCAAAUGGGCCAUUACGUUUGUAAAGACAGUGGCUUUGGAGCAGUCCUCAUGUCCGAAGCUGGUGACUCCAAACUGGAACACCGUUUGGACAUGGUCAUAGGUUACGAUG
..((.(((((((((((((.(((....(((((...((.((.((((((((((.((.......)))))))))))).)).)).))))))))....)))))))))).)))))............. ( -43.40)
>DroEre_CAF1 144800 120 + 1
ACGAUCCACUCCAAAUGGGCCAUUACGUUGGUGAAGACAGUGGCUUUGGAGCAGUUUUCAGCACCGUAGCUUGUGACUCCAAACUGGAACACCGUUGGGACAUGACCAUAGGUGACGAUG
.((.(((.((((((...(((((((..(((......)))))))))))))))).(((((..(((((........))).))..)))))))).((((..(((.......)))..)))).))... ( -34.70)
>DroYak_CAF1 154280 120 + 1
ACGAUCCAGUCCAAAUGGGCCAUUACGUUUGUAAAGACAGUGGCUUUGGAGCAGUCUUCAAAACCGUAGCUGGUGACUCCGAACUGGAACACCGUUGGGACAUGGUCAUAGGUAACGAUG
..((.(((((((.(((((((((((((((((....))))...((.(((((((....))))))).)))))).))))...(((.....)))...))))).)))).)))))............. ( -36.20)
>consensus
ACGAUCCAGUCCAAAUGGGCCAUUACGUUUGUAAAGACAGUGGCUUUGGAGCAGUCCUCAUGUCCGAAGCUGGUGACUCCAAACUGGAACACCGUUUGGACAUGGUCAUAGGUUACGAUG
..((((..((((((((((((((((..((((....))))))))))(((((((((((...(......)..))))....)))))))........))))))))))..))))............. (-31.10 = -31.74 +   0.64)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 17,047,196 – 17,047,316
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 90.75
Mean single sequence MFE -35.56
Consensus MFE -28.44
Energy contribution -28.84
Covariance contribution 0.40
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -1.42
Structure conservation index 0.80
SVM decision value 0.10
SVM RNA-class probability 0.584851
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17047196 120 - 20766785
CAUCGUGACCUAUGACCAUGUCCAAAUGGUGUUCCAGUUUGGGGUCACCAGUUUCGGACAUGCGGACUGCUCCAAAGCCACUGUCUUUACAAACGUAAUGACCCACUUGGACUGGAUCGU
...........(((((((.((((((.(((....))).....((((((...((((.(((((.(.((.((.......)))).))))))....))))....))))))..))))))))).)))) ( -35.60)
>DroSec_CAF1 140752 120 - 1
CAUCGUAACAUAUGACCAUGUCCAAACUGUGUUCCAGUUUGGAGUCACCAGCUUCGGACAUGAGGACUGCUCCAAAGCCACUGUCUUUACAAACGUAAUGGCCCAUUUGGACUGGAUCGU
...........(((((((.((((((...(((..((((((((((((.....))))))))).(((((((.(((....)))....))))))).........)))..)))))))))))).)))) ( -35.30)
>DroSim_CAF1 149291 120 - 1
CAUCGUAACCUAUGACCAUGUCCAAACGGUGUUCCAGUUUGGAGUCACCAGCUUCGGACAUGAGGACUGCUCCAAAGCCACUGUCUUUACAAACGUAAUGGCCCAUUUGGACUGGAUCGU
...........(((((((.(((((((.((((((((.....)))).)))).(((.((....(((((((.(((....)))....)))))))....))....)))...)))))))))).)))) ( -36.80)
>DroEre_CAF1 144800 120 - 1
CAUCGUCACCUAUGGUCAUGUCCCAACGGUGUUCCAGUUUGGAGUCACAAGCUACGGUGCUGAAAACUGCUCCAAAGCCACUGUCUUCACCAACGUAAUGGCCCAUUUGGAGUGGAUCGU
((((((((((..(((.......)))..))))....((((((......)))))))))))).......(..(((((((((((.(((........)))...))))...)))))))..)..... ( -33.90)
>DroYak_CAF1 154280 120 - 1
CAUCGUUACCUAUGACCAUGUCCCAACGGUGUUCCAGUUCGGAGUCACCAGCUACGGUUUUGAAGACUGCUCCAAAGCCACUGUCUUUACAAACGUAAUGGCCCAUUUGGACUGGAUCGU
(((((((......(((...)))..))))))).(((((((((((....(((..((((.((.(((((((.(((....)))....))))))).)).)))).)))....))))))))))).... ( -36.20)
>consensus
CAUCGUAACCUAUGACCAUGUCCAAACGGUGUUCCAGUUUGGAGUCACCAGCUUCGGACAUGAGGACUGCUCCAAAGCCACUGUCUUUACAAACGUAAUGGCCCAUUUGGACUGGAUCGU
...........(((((((.(((((((.((((((((.....)))).)))).(((.((....(((((((.(((....)))....)))))))....))....)))...)))))))))).)))) (-28.44 = -28.84 +   0.40)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 17,047,236 – 17,047,356
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.58
Mean single sequence MFE -45.16
Consensus MFE -33.24
Energy contribution -35.12
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.98
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 1.61
SVM RNA-class probability 0.967486
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 17047236 120 - 20766785
CCAACACUUGUAAUGGAGAUUCCGGUGGUCCGCUGACCGCCAUCGUGACCUAUGACCAUGUCCAAAUGGUGUUCCAGUUUGGGGUCACCAGUUUCGGACAUGCGGACUGCUCCAAAGCCA
.............(((((..((((((((((....)))))))...............(((((((((((((((((((.....)))).))))).))).))))))).)))...)))))...... ( -45.20)
>DroSec_CAF1 140792 120 - 1
CCAACAAUUGCAAUGGAGAUUCCGGUGGUCCGCUGACCGCCAUCGUAACAUAUGACCAUGUCCAAACUGUGUUCCAGUUUGGAGUCACCAGCUUCGGACAUGAGGACUGCUCCAAAGCCA
.........((..(((((..((((((((((....))))))).(((((...))))).(((((((((((((.....))))))(((((.....)))))))))))).)))...)))))..)).. ( -45.50)
>DroSim_CAF1 149331 120 - 1
CCAACACUUGCAAUGGAGAUUCCGGUGGUCCGCUGACCGCCAUCGUAACCUAUGACCAUGUCCAAACGGUGUUCCAGUUUGGAGUCACCAGCUUCGGACAUGAGGACUGCUCCAAAGCCA
.........((..(((((..((((((((((....))))))).(((((...))))).(((((((.(((((((((((.....)))).)))).).)).))))))).)))...)))))..)).. ( -45.90)
>DroEre_CAF1 144840 120 - 1
CCAGCACUUGUAGUGGCGAUUCCGGUGGUCCUCUGACCGCCAUCGUCACCUAUGGUCAUGUCCCAACGGUGUUCCAGUUUGGAGUCACAAGCUACGGUGCUGAAAACUGCUCCAAAGCCA
.(((((((.(((((.(.(((((((((((((....))))))).....((((..(((.......)))..)))).........)))))).)..))))))))))))......(((....))).. ( -45.50)
>DroYak_CAF1 154320 120 - 1
CCAGCACUUGUAGUGGCGAUUCCGGUGGUCCUCUGACCGCCAUCGUUACCUAUGACCAUGUCCCAACGGUGUUCCAGUUCGGAGUCACCAGCUACGGUUUUGAAGACUGCUCCAAAGCCA
..(((..(..((((((((((...(((((((....)))))))))))))).)))..)............((((((((.....)))).)))).)))..(((((((.((....)).))))))). ( -43.70)
>consensus
CCAACACUUGUAAUGGAGAUUCCGGUGGUCCGCUGACCGCCAUCGUAACCUAUGACCAUGUCCAAACGGUGUUCCAGUUUGGAGUCACCAGCUUCGGACAUGAGGACUGCUCCAAAGCCA
.........((..(((((..((((((((((....)))))))...............(((((((....((((((((.....)))).))))......))))))).)))...)))))..)).. (-33.24 = -35.12 +   1.88)

alignment

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