| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 2,803,230 – 2,803,336 |
| Length | 106 |
| Max. P | 0.885328 |
| Location | 2,803,230 – 2,803,336 |
|---|---|
| Length | 106 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.94 |
| Mean single sequence MFE | -42.55 |
| Consensus MFE | -26.04 |
| Energy contribution | -26.55 |
| Covariance contribution | 0.51 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -1.92 |
| Structure conservation index | 0.61 |
| SVM decision value | 0.94 |
| SVM RNA-class probability | 0.885328 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 2803230 106 - 20766785 GUGGAGG-CACAGCUAAAAGCGGUUGCAGUCUGGCU--------GCGUUUCUGUUUUGGUCAGGCUUCCGCAGAUGCGGCUGU---UGCAGUUGGUUUCGCUCUGCUGCCUGCUGUGG (((((((-(...(((((((.(((.(((((.....))--------)))...))))))))))...))))))))....(((((...---.(((((.((.....))..)))))..))))).. ( -43.10) >DroSec_CAF1 10091 88 - 1 GUGGAAGCCACAGCUAAAGGCGGUUGCAGUCCGGCU--------GCGUUUCUGUUUUGGUCAGGCUUCCGCAGAUGCGGCUGU---UGCAGUUGGUUUC------------------- (((((((((...(((((((.(((.(((((.....))--------)))...))))))))))..))))))))).....((((((.---..)))))).....------------------- ( -36.20) >DroSim_CAF1 11432 107 - 1 GUGGAAGCCACAGCUAAAGGCGGUUGCAGUCCGGCU--------GCGUUUCUGUUUUGGUCAGGCUUCCGCAGAUGCAGCUGU---UGCAGUUGGUUUCGCUCUGCUGCCUGCUGCGG (((((((((...(((((((.(((.(((((.....))--------)))...))))))))))..)))))))))...((((((...---.(((((.((.....))..)))))..)))))). ( -48.50) >DroEre_CAF1 10250 115 - 1 GUGGAAGCCAUUGCUAAAGGCGGUUGCUGUCCGGCUGCGCAACUGCGUUUCUGUUUUGGUCAGGCUUCCGCGGAUGCGGCUGC---UGCAGUUAGUUUCGCUCUGCUGCCUGCUGAGA (((((((((...(((((((((((((((.((......)))))))))).......)))))))..))))))))).....((((.((---.((((..((.....)))))).))..))))... ( -45.01) >DroYak_CAF1 10012 107 - 1 GUGGAAGCCAAAGCUAAAGGCGAUUGCUGUCCGGCU--------GCGUUUCUGUUUUGGCCAGGCUUCCGCAGAUGCGGCUGC---UGCAGCUGGUUUCGCUCGGCUGCCUGCUGUGG (((((((((...((((((((((...(((....))).--------.))).....)))))))..)))))))))....(((((...---.((((((((......))))))))..))))).. ( -46.50) >DroAna_CAF1 9975 106 - 1 ---AAUGCCAAGGCUGAAACCGAUUGCAGUUUGACU--------GCAUUUCUGUUUUGACCAGGCUUCUGGAGAUGCGGCAGCCACUUUAGCUGGUUACGCUUUGGUGCCU-CCGUGG ---...((((((((.(((((.((.(((((.....))--------)))..)).)))))((((((....((((((..((....))..))))))))))))..))))))))....-...... ( -36.00) >consensus GUGGAAGCCACAGCUAAAGGCGGUUGCAGUCCGGCU________GCGUUUCUGUUUUGGUCAGGCUUCCGCAGAUGCGGCUGC___UGCAGUUGGUUUCGCUCUGCUGCCUGCUGUGG (((((((((...(((((((.(((.(((.................)))...))))))))))..))))))))).....(((((((....)))))))........................ (-26.04 = -26.55 + 0.51)
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