Locus 5190

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,865,575 – 16,865,679
Length 104
Max. P 0.684365
window8298

overview

Window 8

Location 16,865,575 – 16,865,679
Length 104
Sequences 6
Columns 117
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.61
Mean single sequence MFE -42.70
Consensus MFE -29.33
Energy contribution -28.17
Covariance contribution -1.16
Combinations/Pair 1.50
Mean z-score -1.23
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.684365
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16865575 104 - 20766785
GU-------------CGUUUUCAGGUUGCAAGAUCAACGGACAGACGGUGGCCGAGGGCCACGAGGUGGACGCCUCCAUUGACGACCGCUGUCUGGUCUGCCAGUGCCGCGGGACGC
..-------------((((((..(((.(((.(((((...(((((.((((((((...))))..(((((....)))))........)))))))))))))))))....)))..)))))). ( -40.70)
>DroPse_CAF1 15400 112 - 1
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>DroGri_CAF1 17989 117 - 1
GUUGUUGCAUGUACACUUUUGCAGGUUGCAAGAUCAAUGGCCAGACCGUUGCCGAAGGCCAAGAGGUUGUCGCCUCGAUCGACGAUCGUUGUUUGGUCUGCCAGUGCAGCGGCAACG
((((((((.(((((..((((((.....))))))....((((.((((((..(((...)))(((..((((((((.......)))))))).)))..))))))))))))))))))))))). ( -48.90)
>DroWil_CAF1 20993 112 - 1
GUGUUUG-----UGUAUUUUGCAGGUUGCAAGAUCAAUGGCCAGACUGUUGCCGAGGGUCAAGAGGUUGUCGCCUCGAUCGAUGAUCGCUGUUUGGUCUGUCAGUGCAAUGAGAAUA
.(((((.-----((((((((((.....))))(((....((((((((....((.((..(((..(((((....)))))....)))..)))).)))))))).)))))))))....))))) ( -32.00)
>DroAna_CAF1 19475 104 - 1
UU-------------UUUCGUUAGGCUGCACGAUCAACGGCCAGACUGUGGCCAAGGGCCAGGAGGUCGUCCCCUUCAUUGACGAUCGCUGCCUGGUCUGCCAGUGCGGCGACAACC
..-------------....(((..(((((((.......(((((.....)))))..((((((((.(((((((.........)))))))....))))))))....)))))))))).... ( -45.80)
>DroPer_CAF1 16926 112 - 1
GUGCUUA-----ACUCUUUGGCAGGUUGCAAGAUCAACGGACAGACGGUCGCCGAGGGCCAAGAGGUCGUCGCCUCGAUCGACGACCGCUGCUUGGUCUGCCAUUGCGGCGACAACC
.((((..-----.......))))((((..........((......))(((((((.((((((((.((((((((.......))))))))....)))))))).......))))))))))) ( -45.50)
>consensus
GUG_UU______ACUCUUUGGCAGGUUGCAAGAUCAACGGACAGACGGUGGCCGAGGGCCAAGAGGUCGUCGCCUCGAUCGACGACCGCUGCUUGGUCUGCCAGUGCGGCGACAACC
........................((((((.......(((.(........)))).((((((((.((((((((.......))))))))....)))))))).....))))))....... (-29.33 = -28.17 +  -1.16)

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secondary structure

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