Locus 5181

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,848,387 – 16,848,493
Length 106
Max. P 0.981011
window8285

overview

Window 5

Location 16,848,387 – 16,848,493
Length 106
Sequences 6
Columns 106
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.75
Mean single sequence MFE -44.71
Consensus MFE -27.04
Energy contribution -27.77
Covariance contribution 0.73
Combinations/Pair 1.32
Mean z-score -3.42
Structure conservation index 0.60
SVM decision value 1.88
SVM RNA-class probability 0.981011
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16848387 106 + 20766785
GCAGCAGACGCUGAUAGCUGCACUGCAGCAUAAUCAGCGGCAGAACGCCAGUCCUGUUCGGCUGCAAACGACGGCAGGAGGCAAUCUUCUUGCCGUUGUGCAGCAG
(.(((((((((((((.(((((...)))))...))))))(((.....))).)).)))))).(((((..((((((((((((((....))))))))))))))))))).. ( -55.70)
>DroPse_CAF1 17994 106 + 1
GCAGCAGACCCUGAUUGCUGCUCUGCAGCACAAUCAGCGGCAAAAUGCCAGUCCCGUCCGGCUGCAAACCACUGCCGGUGGGAACCUGCUGGCUGUUGUCCAGCAA
.((((((...(((((((((((...))))))..))))).(((.....)))..(((((.(((((...........))))))))))..))))))((((.....)))).. ( -48.70)
>DroGri_CAF1 18253 106 + 1
GCAGCAGACUUUAAUUGCGGCGCUGCAGCAUACUCAACGGCAAAAUGCCAGCCCCGUGCGACUGCAGACCACAGCCGGUGGCAACUUGUUAGCUGUGGUGCAGCAA
((.((((.......)))).))((((((.((((((.((((((.....))).((((((.((..............))))).))).....))))).)))).)))))).. ( -40.44)
>DroWil_CAF1 18531 106 + 1
CCAGCAAACUUUAAUUGCUGCCCUUCAGCAUAAUCAGAGGCAGAAUGCCAGUCCUGUGCGUCUUCAGACCACAUCUGGUGGUAAUCUUUUGGCUGUGGUUCAGCAA
..............((((((..((.((((.....((((((.....((((((...((((.(((....))))))).)))))).....)))))))))).))..)))))) ( -33.20)
>DroAna_CAF1 17137 106 + 1
GCAAAGAACGUUGAUUGAUGCACUGCAGCACAAUCUGCGUCAGAACGCCAGUCCAGUGCGACUGCAGACCACGGCCGGAGGAAAUCUUCUCGCGGUGGUCCAGCAA
((...((.(((.(((((.(((......)))))))).))))).....((.((((......)))))).((((((.((.(((((....))))).)).))))))..)).. ( -41.50)
>DroPer_CAF1 17909 106 + 1
GCAGCAGACCCUGAUUGCUGCUCUGCAGCACAAUCAGCGGCAAAAUGCCAGUCCCGUCCGGCUGCAAACCACUGCCGGUGGGAACCUGCUGGCUGUUGUCCAGCAA
.((((((...(((((((((((...))))))..))))).(((.....)))..(((((.(((((...........))))))))))..))))))((((.....)))).. ( -48.70)
>consensus
GCAGCAGACCCUGAUUGCUGCACUGCAGCACAAUCAGCGGCAAAAUGCCAGUCCCGUGCGGCUGCAAACCACAGCCGGUGGCAACCUGCUGGCUGUGGUCCAGCAA
(((((((.......)))))))......((.......(((((.....)))((((......))))))..(((((.((((((((....)))))))).)))))...)).. (-27.04 = -27.77 +   0.73)

alignment

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Postscript

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