| Sequence ID | 2R_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 16,846,733 – 16,846,841 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.729055 |
| Location | 16,846,733 – 16,846,841 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.44 |
| Mean single sequence MFE | -45.60 |
| Consensus MFE | -30.90 |
| Energy contribution | -31.35 |
| Covariance contribution | 0.45 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.81 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.42 |
| SVM RNA-class probability | 0.729055 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>2R_DroMel_CAF1 16846733 108 - 20766785 GCUGACCACGCAACAUAGUCGUGUUCAAAGUGGUUACAGCCGUGGUCUGAUGCUGUUGUU---GUGGCUGAUUGGCAGUGGUGGUCAGUACGGUGCCCACGGUGGGCAAAG (((((((((.((...((((((....).....(((((((((.(..((.....))..).)))---)))))))))))....))))))))))).(..(((((.....)))))..) ( -41.00) >DroPse_CAF1 16370 111 - 1 GCUGACCCCGCAGCAUGGCGGUGUUAAGUGUGGUCACUGCCGUGGUCUGCUGUUGCUGUUGCUGCUGUUGACUGGCAGUGGUGGUCAGCACGGAACCCACGGUGGGCAGUG (((((((.((((((((....)))))..))).)))))(..((((((((((.((((((..(..(((((.......)))))..)..).)))))))))..))))))..))).... ( -52.10) >DroEre_CAF1 16580 108 - 1 GCUGACCACGCAACAUGGCUGUGUUUAGAGUGGUUACAGCCGUGGUCUGAUGCUGCUGUU---GUUGCUGAUUGGCAGUGGUGGUCAGUACGGUGCCCACGGUGGGUAAAG (((((((((....((((((((((...........)))))))))).......(((((((..---.........))))))).))))))))).(..(((((.....)))))..) ( -45.30) >DroYak_CAF1 14984 108 - 1 GCUGACCUCGCAACAUGGCCGUGUUUAGAGUGGUUACAGCCGUGGUCUGAUGCUGUUGUU---GUUGCUGAUUGGCAGUGGUGGUCAGUACGGUGCCCACGGUGGGCAGAG (((((((.(..(((((....)))))....).))))...(((((((.(((.((((((..(.---.(((((....)))))..)..).))))))))...))))))).))).... ( -41.20) >DroAna_CAF1 15460 99 - 1 GCUGGCCCCGCAACAUGGCCGUGUUCAGGGUGGUCACCCCAGUGGUCUGCUGCUG------------CUGACUGGCCGUGGUGGUCAGAACCGAGCCCACGGUGGGCAAGG .(((((((((((((((....)))))..((.((((((...(((..(....)..)))------------.)))))).)))))).))))))..((..((((.....))))..)) ( -45.20) >DroPer_CAF1 16291 105 - 1 GCUGACCCCGCAGCAUGGCGGUGUUAAGUGUGGUCACUGCCGUGGUCUGCUGU------UGCUGCUGUUGACUGGCAGUGGUGGUCAGCACGGAACCCACGGUGGGCAGUG (((((((((((((((((((((((...........))))))))))..))))...------.((((((.......)))))))).)))))))......(((.....)))..... ( -48.80) >consensus GCUGACCCCGCAACAUGGCCGUGUUAAGAGUGGUCACAGCCGUGGUCUGAUGCUG_UGUU___GUUGCUGACUGGCAGUGGUGGUCAGUACGGAGCCCACGGUGGGCAAAG (((((((((((..((((((.(((...........))).))))))......................(((....))).)))).))))))).....((((.....)))).... (-30.90 = -31.35 + 0.45)
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