Locus 5160

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,794,712 – 16,794,831
Length 119
Max. P 0.976769
window8251

overview

Window 1

Location 16,794,712 – 16,794,831
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.59
Mean single sequence MFE -34.54
Consensus MFE -22.87
Energy contribution -22.93
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.78
SVM RNA-class probability 0.976769
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16794712 119 - 20766785
AAUUC-UUAAUCUUGUCCCUUAGUUCCUGGUAGAUGUGGUGGCUGUGCUGGUGAUCGUGGCCAUCGCCAACUAUUGGCUGCUCAUCCCAGCAGCCAUUAUGGUUAUACUAUUGUAUUUCU
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>DroVir_CAF1 1387 116 - 1
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>DroEre_CAF1 1417 119 - 1
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>DroYak_CAF1 1412 120 - 1
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>DroMoj_CAF1 1389 116 - 1
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>DroAna_CAF1 1426 120 - 1
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>consensus
AUUUU_UUUAUCUUGUCCCCCAGUUCCUGGUAGAUGUGGUGGCUGUGUUGGUGAUCGUGGCCAUUGCCAACUAUUGGCUACUCAUUCCAGCAGCCAUUAUGGUGAUACUAUUGUAUUUCU
...................................(((((((((((...(((((..(((((((...........))))))))))))...))))))))))).................... (-22.87 = -22.93 +   0.06)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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Postscript

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