Locus 5157

Sequence ID	2R_DroMel_CAF1
Location	16,783,512 – 16,783,614
Length	102
Max. P	0.996390

overview

Window 6

Location	16,783,512 – 16,783,614
Length	102
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	87.56
Mean single sequence MFE	-48.28
Consensus MFE	-39.56
Energy contribution	-40.65
Covariance contribution	1.09
Combinations/Pair	1.06
Mean z-score	-5.21
Structure conservation index	0.82
SVM decision value	2.59
SVM RNA-class probability	0.995586
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16783512 102 + 20766785
CAGGAAGCUGUAAUUUCUGCCGCGGCUACGUGGCGUAUGCGCAACGAGUCGCGAAGUCAGCGCACGUUGCACAUACGCCGCGUAUG------ACAGGUAGACUAACAA
(((....))).....((((((.....(((((((((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)))))))))))))..------...))))))....... ( -49.80)
>DroSec_CAF1 95331 102 + 1
CAGGAAGCUGUAAUUUCUGCCGCGGCUACGUGGCGUAUGCGCAACGAGUCGCGAAGUCAGCGCACGUUGCACAUACGCCGCGUAUG------ACAGGUAGACUAACAA
(((....))).....((((((.....(((((((((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)))))))))))))..------...))))))....... ( -49.80)
>DroSim_CAF1 94391 102 + 1
CAGGAAGCUGUAAUUUCUGCCGCGGCUACGUGGCGUAUGCGCAACGAGUCGCGAAGUCAGCGCACGUUGCACAUACGCCGCGUAUG------ACAGGUAGACUAACAA
(((....))).....((((((.....(((((((((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)))))))))))))..------...))))))....... ( -49.80)
>DroEre_CAF1 93212 102 + 1
CAGGAAGCUGUAAUUUCUGCCGCGGCUACGUGGCGUAUGCGCAACGAGUCGUAAAGCCAGCGCACGUUGCACAUACGCCGCGUAUG------ACAGGUAGACUAACAA
(((....))).....((((((.....(((((((((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)))))))))))))..------...))))))....... ( -47.20)
>DroYak_CAF1 99662 102 + 1
CCAGAAGCUGUAAUUUCUGCCGCGGCUACGUGGCGUAUGCGCAACGAGUCGCAAAGUCAGCGCACGUUGCACAUACGCCGCGUAUG------ACAGGUAGACUAACAA
........(((....((((((.....(((((((((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)))))))))))))..------...))))))...))). ( -47.40)
>DroAna_CAF1 117041 88 + 1
CAGGAAACUGUAAUUCCUGCCGGCGCUACGUGGCGUAUGCGCAA--------------------CGUUGCACAUACGCCCCGUGUGCCAGUGGCAGGUUGACUAACAA
(((....))).....(((((((((((.(((.((((((((.(((.--------------------...))).)))))))).))))))))...))))))........... ( -45.70)
>consensus
CAGGAAGCUGUAAUUUCUGCCGCGGCUACGUGGCGUAUGCGCAACGAGUCGCGAAGUCAGCGCACGUUGCACAUACGCCGCGUAUG______ACAGGUAGACUAACAA
(((....))).....((((((.....(((((((((((((.((((((.(.(((.......)))).)))))).)))))))))))))((.......))))))))....... (-39.56 = -40.65 +   1.09)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	16,783,512 – 16,783,614
Length	102
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	87.56
Mean single sequence MFE	-44.80
Consensus MFE	-38.57
Energy contribution	-39.43
Covariance contribution	0.86
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-4.22
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.996390
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16783512 102 - 20766785
UUGUUAGUCUACCUGU------CAUACGCGGCGUAUGUGCAACGUGCGCUGACUUCGCGACUCGUUGCGCAUACGCCACGUAGCCGCGGCAGAAAUUACAGCUUCCUG
((((...(((.((.((------..((((.(((((((((((((((.((((.......))).).))))))))))))))).))))...)))).)))....))))....... ( -46.00)
>DroSec_CAF1 95331 102 - 1
UUGUUAGUCUACCUGU------CAUACGCGGCGUAUGUGCAACGUGCGCUGACUUCGCGACUCGUUGCGCAUACGCCACGUAGCCGCGGCAGAAAUUACAGCUUCCUG
((((...(((.((.((------..((((.(((((((((((((((.((((.......))).).))))))))))))))).))))...)))).)))....))))....... ( -46.00)
>DroSim_CAF1 94391 102 - 1
UUGUUAGUCUACCUGU------CAUACGCGGCGUAUGUGCAACGUGCGCUGACUUCGCGACUCGUUGCGCAUACGCCACGUAGCCGCGGCAGAAAUUACAGCUUCCUG
((((...(((.((.((------..((((.(((((((((((((((.((((.......))).).))))))))))))))).))))...)))).)))....))))....... ( -46.00)
>DroEre_CAF1 93212 102 - 1
UUGUUAGUCUACCUGU------CAUACGCGGCGUAUGUGCAACGUGCGCUGGCUUUACGACUCGUUGCGCAUACGCCACGUAGCCGCGGCAGAAAUUACAGCUUCCUG
((((...(((.((.((------..((((.(((((((((((((((.(((.........)).).))))))))))))))).))))...)))).)))....))))....... ( -41.80)
>DroYak_CAF1 99662 102 - 1
UUGUUAGUCUACCUGU------CAUACGCGGCGUAUGUGCAACGUGCGCUGACUUUGCGACUCGUUGCGCAUACGCCACGUAGCCGCGGCAGAAAUUACAGCUUCUGG
............((((------..((((.(((((((((((((((.((((.......))).).))))))))))))))).))))...))))(((((........))))). ( -46.80)
>DroAna_CAF1 117041 88 - 1
UUGUUAGUCAACCUGCCACUGGCACACGGGGCGUAUGUGCAACG--------------------UUGCGCAUACGCCACGUAGCGCCGGCAGGAAUUACAGUUUCCUG
...........((((((...(((.((((.((((((((((((...--------------------.)))))))))))).))).).))))))))).....(((....))) ( -42.20)
>consensus
UUGUUAGUCUACCUGU______CAUACGCGGCGUAUGUGCAACGUGCGCUGACUUCGCGACUCGUUGCGCAUACGCCACGUAGCCGCGGCAGAAAUUACAGCUUCCUG
((((...(((..............((((.(((((((((((((((.((((.......))).).))))))))))))))).))))((....)))))....))))....... (-38.57 = -39.43 +   0.86)

alignment

secondary structure

dotplot

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