Locus 514

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 2,791,010 – 2,791,106
Length 96
Max. P 0.552029
window971

overview

Window 1

Location 2,791,010 – 2,791,106
Length 96
Sequences 6
Columns 102
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 70.55
Mean single sequence MFE -45.52
Consensus MFE -28.14
Energy contribution -27.78
Covariance contribution -0.35
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.12
Structure conservation index 0.62
SVM decision value 0.04
SVM RNA-class probability 0.552029
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 2791010 96 - 20766785
GUCUUCAGCUUAGCGGCUCGCUGUGGCCUUCCGGAGCCGAGGGUGGUGUCCGCCGAG------ACGGGCACAGGCGGAGGCGGCAUCAGCGAGGCCGUGGAG
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>DroVir_CAF1 42796 102 - 1
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>DroPse_CAF1 26301 96 - 1
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>DroYak_CAF1 22335 96 - 1
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........(((.(((((.(((((((.(((((((..(((...))).(((((((.....------.)))))))...)))))).).)).)))))..))))).))) ( -46.50)
>DroMoj_CAF1 30268 102 - 1
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>DroPer_CAF1 24715 96 - 1
GUUUUCAAUUUGGCAGCCCGCUGCGGCCGGCCCGAGCUUAUGGUGGUGUCGGCUAGA------GUCGGUGCCGGUGGCGGCGGCAUUAACGAGGCUGUGCUG
............((((((((((((.((((((((((.(((.((((.(...).))))))------))))).)))))).))))))(......)..)))))).... ( -45.10)
>consensus
GUCUUCAAUUUGGCGGCCCGCUGCGGCCGUCCGGAGCUUAUGGUGGUGUCGGCUAAA______ACAGGCGCAGGCGGCGGCGGCAUCAGCGAGGCCGUGGUG
............((((((((((((.((((.((...(((......((((((((............))))))))))))))))).)))...))).)))))).... (-28.14 = -27.78 +  -0.35)

alignment

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secondary structure

Postscript

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Postscript

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