Locus 5131

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,699,111 – 16,699,271
Length 160
Max. P 0.864339
window8206 window8207

overview

Window 6

Location 16,699,111 – 16,699,231
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.78
Mean single sequence MFE -45.07
Consensus MFE -29.63
Energy contribution -29.83
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.37
Mean z-score -1.79
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.864339
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16699111 120 + 20766785
CUGAUUGCUGAACUCCGAAUCAACUACAAGGAUUUCGUCCAGGAGCUGGUCAGUACGGUGACCGGCGUACAGAAACCGCUCGAAGCGGAGCUGCACAACUGUGUUGUGGUGCAGUUCGAU
(((.(((.((((.(((.............))).))))..)))..((((((((......))))))))...)))....(((.....)))(((((((((.((......)).)))))))))... ( -40.92)
>DroVir_CAF1 7645 120 + 1
CAAGCUGUGCAGCUGCGCAUCAACUACAAGGACUUUGCCCAGGAGCUGGCCAGCACAGUGGCUGGCGUGCAGCAGCCGCUCGAGGUGGAGCUGUACAAUUGCAUUGUGGUACAGUACGAC
...(((((((..(((.(((....((....))....))).)))..((..((((((......))))))(((((((..((((.....)))).)))))))....))......)))))))..... ( -45.90)
>DroGri_CAF1 8850 120 + 1
CAGGCAGUGCAAUUGCGCAUUAACUACAAGGAUUUCGCAGAGGAAUUGGCCAGCAUUGUGGCUGGUGUGCAGCGACCGCUCGAGGUGGUGCUGCACAAUUGCUUUGUGGUGCAGUACGAC
......((((...(((((.....((....))....(((((((.((((.((((((......))))))(((((((.(((((.....)))))))))))))))).))))))))))))))))... ( -51.10)
>DroWil_CAF1 9137 120 + 1
CAUGAAGUAAAGUUGCUUAUCAACUACAAGGACUUGGCUCAGGAACUGGCCAGCACUGUGGCUGGCGUACAGAAACCACUCGAAGCAGAGCUUCACAAUUGCAUUGUGGUUCAAUAUGAC
(((((((((....)))))...((((((((.....((((.(((...)))))))(((..(((((((.....)))...))))..(((((...))))).....))).))))))))...)))).. ( -32.40)
>DroMoj_CAF1 7772 120 + 1
CAAUCGGUGCAGCUGCGCAUCAACUAUAAGGACUUUGCCCAGGAGCUGGCCAGCACAGUGGCUGGUGUGCAGCAACCCCUGGAAGUGGAGCUGCACAAUUGCAUUGUGGUGCAGUACGAC
...(((((((((((.(((.....((....)).......(((((.((((((((((......))))))...))))....)))))..))).)))))))).(((((((....))))))).))). ( -50.90)
>DroAna_CAF1 7329 120 + 1
CUGUUGGCUGUUUUGCGCCUCAACUACAAGGACUUUGCCCAGGAGUUGGCCAGCACGGUGGCCGGAGUGCAGAAGCCGCUGGAAGCGGAGCUGCACAACUGCAUUGUGGUGCAGUACGAC
...(((((..(..(((...((((((....((......))....))))))...)))..)..))))).((((((...((((.....))))..)))))).(((((((....)))))))..... ( -49.20)
>consensus
CAGGCAGUGCAGCUGCGCAUCAACUACAAGGACUUUGCCCAGGAGCUGGCCAGCACAGUGGCUGGCGUGCAGAAACCGCUCGAAGCGGAGCUGCACAAUUGCAUUGUGGUGCAGUACGAC
...........(((((......(((((((...............((((((((......))))))))((((((...((((.....))))..)))))).......))))))))))))..... (-29.63 = -29.83 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 16,699,151 – 16,699,271
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.44
Mean single sequence MFE -45.20
Consensus MFE -29.69
Energy contribution -29.67
Covariance contribution -0.02
Combinations/Pair 1.42
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.53
SVM RNA-class probability 0.770112
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16699151 120 + 20766785
AGGAGCUGGUCAGUACGGUGACCGGCGUACAGAAACCGCUCGAAGCGGAGCUGCACAACUGUGUUGUGGUGCAGUUCGAUGGCCCCAUGUCCUUCUACGUCCAGAUGGAGAGCGAUGUGC
....((((((((......))))))))(((((.....(((((((((.((((((((((.((......)).))))))))).(((....)))..)))))....(((....)))))))).))))) ( -49.20)
>DroVir_CAF1 7685 120 + 1
AGGAGCUGGCCAGCACAGUGGCUGGCGUGCAGCAGCCGCUCGAGGUGGAGCUGUACAAUUGCAUUGUGGUACAGUACGACAAUGCCAAAUCUUUCUAUGUGCAAAUGGAACAGGAUGUGC
....((..((((......))))..))(((((((..((((.....)))).)))))))....(((((((.(((...))).)))))))((.((((((((((......))))))..)))).)). ( -47.00)
>DroGri_CAF1 8890 120 + 1
AGGAAUUGGCCAGCAUUGUGGCUGGUGUGCAGCGACCGCUCGAGGUGGUGCUGCACAAUUGCUUUGUGGUGCAGUACGACAAUCCCAAGUCCUUCUAUGUGCAAAUGGAACAGGAUGUGC
.((.((((((((((......))))))(((((((.(((((.....)))))))))))).(((((........)))))....)))).))..((((((((((......)))))..))))).... ( -48.80)
>DroWil_CAF1 9177 120 + 1
AGGAACUGGCCAGCACUGUGGCUGGCGUACAGAAACCACUCGAAGCAGAGCUUCACAAUUGCAUUGUGGUUCAAUAUGACGAUCCCACUUCGUUUUAUGUGCAAAUGGAGAAGGAUGUGC
........((((((......))))))(((((....((.((((((((...))))).((.((((((.((((.((........))..))))..........)))))).)))))..)).))))) ( -35.50)
>DroMoj_CAF1 7812 120 + 1
AGGAGCUGGCCAGCACAGUGGCUGGUGUGCAGCAACCCCUGGAAGUGGAGCUGCACAAUUGCAUUGUGGUGCAGUACGACAAUGCCAAAUCGUUCUAUGUGCAAAUGGAACAGGAUGUGC
..((..((((((((......))))))(((((((..((.(.....).)).)))))))....(((((((.(((...))).)))))))))..))(((((((......)))))))......... ( -43.10)
>DroAna_CAF1 7369 120 + 1
AGGAGUUGGCCAGCACGGUGGCCGGAGUGCAGAAGCCGCUGGAAGCGGAGCUGCACAACUGCAUUGUGGUGCAGUACGACGAUCCUAGAUCGUUCUACGUGCAGAUGGAGAGUGAUGUGG
.....(((((((......))))))).((((((...((((.....))))..))))))..((.((((...(..(.(((.(((((((...))))))).))))..).)))).)).......... ( -47.60)
>consensus
AGGAGCUGGCCAGCACAGUGGCUGGCGUGCAGAAACCGCUCGAAGCGGAGCUGCACAAUUGCAUUGUGGUGCAGUACGACAAUCCCAAAUCGUUCUAUGUGCAAAUGGAAAAGGAUGUGC
.((.((((((((......))))))))((((((...((((.....))))..)))))).(((((((....))))))).........))..(((.((((((......))))))...))).... (-29.69 = -29.67 +  -0.02)

alignment

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