Locus 5123

Sequence ID 2R_DroMel_CAF1
Location 16,663,156 – 16,663,326
Length 170
Max. P 0.897603
window8192 window8193

overview

Window 2

Location 16,663,156 – 16,663,247
Length 91
Sequences 6
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.39
Mean single sequence MFE -32.53
Consensus MFE -18.85
Energy contribution -18.35
Covariance contribution -0.50
Combinations/Pair 1.18
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.58
SVM decision value 1.00
SVM RNA-class probability 0.897603
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16663156 91 - 20766785
GUUCACUGGCUGCUCUUUGCAGCGAGCACUUAUGUGUGGGUGCAGUACGUCUGGCACACAGGUGCGUCAUCCGU------------A-GUGGCAGUGGGGAGAU
.((((((((((((.....)))))((((((((.(((((.((.((.....)))).))))).)))))).))......------------.-....)))))))..... ( -35.90)
>DroVir_CAF1 9670 84 - 1
GUACAUUGGCUGCUUUUUGCAGCCAGCACAUACGUCUGGGUGCAGUACGUUUGGCAUACAGGUGCGUUA------------------AAUAAUAAUA--UUGUU
((((..(((((((.....)))))))((.((.(((((((....))).)))).))))......))))....------------------..........--..... ( -28.60)
>DroPse_CAF1 11379 103 - 1
GUUCACUGGCUGCUCUUUGCGGCCAGCACAUACGUCUGGGUGCAGUACGUCUGGCAUACAGGUGCGUCAUCCAUCUCCGGCUAUAAA-ACAGGAACAGGCAGCA
((((.((((((((.....)))))))).......(((((((((..((((..(((.....)))))))..)))))).....)))......-....))))........ ( -33.50)
>DroSec_CAF1 9067 91 - 1
GUUCACUGGCUGCUCUUCGCAGCGAGCACUUAUGUGUGGGUGCAGUACGUCUGGCAUACAGGUGCGUCUUCCGU------------A-GUGGCAGUGGGGAGAU
.((((((((((((.....)))))((((((((.(((((.((.((.....)))).))))).)))))).))......------------.-....)))))))..... ( -32.90)
>DroEre_CAF1 9147 87 - 1
GUUCACUGGCUGCUCUUUGCAGCAAGCACUUAUGUGUGGGUGCAGUACGUCUGGCACACAGGUGCGUCAUCCA---------------CUGGCAGUG--GAGAU
.((((((((((((.....)))))..((((((.(((((.((.((.....)))).))))).))))))........---------------....)))))--))... ( -35.90)
>DroAna_CAF1 9011 82 - 1
GUUCACUGGCUGCUCUUCGCGGCCAGCACGUAUGUCUGGGUGCAGUAUGUCUGGCACACAGGUGCGUCAUCUUA------------A-CU-CCA--------AU
.....((((((((.....)))))))).((((((..(((.((((((.....)).)))).))))))))).......------------.-..-...--------.. ( -28.40)
>consensus
GUUCACUGGCUGCUCUUUGCAGCCAGCACUUAUGUCUGGGUGCAGUACGUCUGGCACACAGGUGCGUCAUCCAU____________A_AUGGCAGUG__GAGAU
........(((((.....)))))..((((..(....)..)))).((((..(((.....)))))))....................................... (-18.85 = -18.35 +  -0.50)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 16,663,211 – 16,663,326
Length 115
Sequences 6
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 82.89
Mean single sequence MFE -32.95
Consensus MFE -24.45
Energy contribution -24.15
Covariance contribution -0.30
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.55
SVM RNA-class probability 0.778605
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>2R_DroMel_CAF1 16663211 115 - 20766785
AUU-UCAUUUGCAGGCAUUCUCCGUACUGUUCGUGUGCAUAGCGAUAACGUCGGAUCUGGUCUGUUUAUUCUUCAUACCCGUUCACUGGCUGCUCUUUGCAGCGAGCACUUAUGUG
...-..((..((((((....((((.((...((((.......))))....))))))....))))))..))................((.(((((.....))))).))(((....))) ( -29.40)
>DroVir_CAF1 9718 116 - 1
UUGACUUGCUGCAGGCAUUUUCUGUGCUUUUUGUGUGCAUUGCAAUAACAUCGGAUCUGGUGUGUUUGUUCUUCAUACCCGUACAUUGGCUGCUUUUUGCAGCCAGCACAUACGUC
..(((..((.(((((.....)))))))....(((((((...((((..((((((....))))))..)))).................(((((((.....)))))))))))))).))) ( -36.50)
>DroPse_CAF1 11446 115 - 1
AUU-ACUUGUACAGGCAUUCUCCGUGCUAUUCGUCUGUAUUGCGAUAACAUCGGAUCUGGUCUGCUUAUUUUUCAUACCCGUUCACUGGCUGCUCUUUGCGGCCAGCACAUACGUC
...-.......(((((....((((((.(((.(((.......)))))).)).))))....)))))...............(((...((((((((.....)))))))).....))).. ( -31.10)
>DroGri_CAF1 10190 115 - 1
CUU-UGUGCAACAGGCCUUUUCCGUGCUAUUUGUGUGCAUUGCAAUAACAUCGGAUCUGGUGUGUUUGUUCUUCAUACCCGUACAUUGGCUGCUCUUUGCGGCCAGCACAUACGUC
...-(((((((((.(((...((((((.((((.(((.....))))))).)).))))...))).))))....................(((((((.....))))))))))))...... ( -36.80)
>DroWil_CAF1 9890 115 - 1
AUC-CUUUUUGCAGGCAUUCUCCGUACUUUUCGUGUGCAUAGCGAUUACAUCGGAUUUGGUGUGUCUAUUUUUCAUACCAGUUCACUGGCUACUCUUUUUGGCCAGCACAUAUGUC
...-.........(((((..((((......((((.......))))......)))).((((((((.........))))))))....(((((((.......))))))).....))))) ( -28.00)
>DroMoj_CAF1 9638 115 - 1
UUU-UGUGCUCCAGGCAUUUUCUGUGCUAUUCGUGUGCAUUGCAAUAACAUCGGAUCUGGUGUGCUUGUUCUUCAUACCCGUACAUUGGCUGCUCUUUGCGGCCAGCACGUACGUC
...-.(..(.((((((((.....)))).((((((((...........))).))))))))).)..)..............(((((.((((((((.....))))))))...))))).. ( -35.90)
>consensus
AUU_UCUGCUGCAGGCAUUCUCCGUGCUAUUCGUGUGCAUUGCAAUAACAUCGGAUCUGGUGUGUUUAUUCUUCAUACCCGUACACUGGCUGCUCUUUGCGGCCAGCACAUACGUC
.............(((....((((......((((.......))))......))))...((((((.........))))))......((((((((.....)))))))).......))) (-24.45 = -24.15 +  -0.30)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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